基于金針菇基因組與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),利用在線軟件BLAST鑒定了一個擴張蛋白類似物編碼基因,命名為fvexpl2,并對其基因結(jié)構(gòu)進行了鑒定,通過構(gòu)建進化樹的方法分析了fvexpl2與擔子菌、子囊菌擴張蛋白類似物以及植物擴張蛋白之間的親緣關系。結(jié)果表明:擴張蛋白類似物外顯子的數(shù)目為4個,內(nèi)含子的數(shù)目為3個,并且CDS的長度是438 bp,分子量為15 746.88 Da,等電點為4.93;進化樹圖顯示fvexpl2與擔子菌類擴張蛋白處于同一亞支,親緣關系較近。實時熒光定量PCR結(jié)果則表明fvexpl2在菌柄伸長部位具有較高的表達水平,其表達水平遠遠高于菌蓋、原基以及菌絲部位的表達水平,且其在伸長較快部位表達水平顯著高于伸長較慢部位表達水平,所以fvexpl2可能對菌柄伸長起重要作用。 

【文章來源】：北方園藝. 2020,(12)北大核心

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

FVEXPL2系統(tǒng)進化分析

對fvexpl2基因組序列前后延長500 bp,作為參考序列,傳至ZOOM軟件利用金針菇轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行結(jié)構(gòu)分析,發(fā)現(xiàn)其有4個外顯子,3個內(nèi)含子,內(nèi)含子與外顯子相接處為GT-AG,起止位置分別為638～688、806～859和948～997,長度分別是51、54、50 bp。去除內(nèi)含子序列后,得到fvexpl2的CDS序列,長438 bp,可編碼146個氨基酸。利用GSDS2.0繪制其結(jié)構(gòu)(圖2)。參數(shù)設置:reads為pair-end的模式;reads的容錯長度為40 bp。圖2 fvexpl2的基因結(jié)構(gòu)

fvexpl2的基因結(jié)構(gòu)

【參考文獻】：
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本文編號：3291445