菊花為我國(guó)十大傳統(tǒng)名花之一,在園林觀賞植物中具有重要地位。菊花在秋冬季節(jié)開(kāi)花過(guò)程中經(jīng)常遭受低溫傷害,嚴(yán)重影響其經(jīng)濟(jì)和觀賞價(jià)值,因此關(guān)于菊花抗寒性的研究,對(duì)菊花生產(chǎn)應(yīng)用具有重要的意義。本文將菊花品種“金龍騰云”分為兩組進(jìn)行不同溫度處理,一組為室溫處理（T01）,一組為-8℃處理（T02）,之后通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)其葉片c DNA進(jìn)行測(cè)序并分析,主要研究結(jié)果如下:1)完成2個(gè)樣品的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,共得到13.54Gb Clean Data,各樣品的Clean Data均達(dá)到6.54Gb。De novo組裝后獲得71,917條Unigene,對(duì)Unigene進(jìn)行功能注釋,包括與NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì),共獲得33,282條Unigene的注釋結(jié)果。并運(yùn)用MISA軟件從Unigene中鑒定出7種類(lèi)型的SSR。2)對(duì)unigene進(jìn)行Nr、Swiss-Prot注釋,COG、GO分類(lèi)分析,有9,579條序列被注釋到COG數(shù)據(jù)庫(kù)并被分為24類(lèi)。一般功能基因預(yù)測(cè)數(shù)目最多,包含2,664條unigene,占27.8%,之后為復(fù)制、重組和修復(fù),有1,569條,占16.4%... 

【文章來(lái)源】：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)河南省

【文章頁(yè)數(shù)】：51 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

Unigene長(zhǎng)度分布圖

288(0.05%) 20,669(8.67%) 4,635(6.44%)Total Number 8,120,672 238,436 71,917Total Length 376,073,043 220,175,111 49,945,972N50 Length 47 1,336 1,181Mean Length 46.31 923.41 694.494.3 基因結(jié)構(gòu)分析4.3.1 ORF 預(yù)測(cè)將 Unigene 與 NR，Swiss-Prot，KEGG 等蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，得到與已知蛋白的基因序列相同或相似的 Unigene，并提取比對(duì)結(jié)果中的編碼區(qū)序列（Coding Sequence，CDS）信息。然后按照密碼子表將編碼區(qū)的序列譯成氨基酸序列。對(duì)于未與已知蛋白庫(kù)比對(duì)上的Unigene，使用 Getorf 軟件(http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/getorf.html)進(jìn)行預(yù)測(cè)，該軟件從正向和反向的前三個(gè)堿基開(kāi)始預(yù)測(cè)，遇到起始/終止密碼子預(yù)測(cè)結(jié)束，選取預(yù)測(cè)結(jié)果中最長(zhǎng)的片段作為該 Unigene 最終的 CDS，由此獲得這些基因編碼的氨基酸序列（圖 2，表 3）。在 0-300bpORF 長(zhǎng)度 Unigene 比例最高，占到了 69.57％：大于 2000bpORF長(zhǎng)度的最少，僅為 2.26％。

河南農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士論文 結(jié)果與分析part）、細(xì)胞（cell）和細(xì)胞器（organelle）所占的比例最高，分別有 14,984 條、14,812 條和12,638 條。分子功能類(lèi)型中催化活性（catalytic activity）和蛋白結(jié)合（binding）所占的比例最高，各有 12,594 條和 11,555 條。生物過(guò)程類(lèi)型中，代謝過(guò)程（metabolic process）和細(xì)胞過(guò)程（cellular process）所占的比例最高，分別為 16,249 條與 15,085 條。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
[1]麻瘋樹(shù)的抗冷性和SAD基因的克隆及表達(dá)研究[D]. 羅通.四川大學(xué) 2006



本文編號(hào)：3275927