【目的】獲得印度南瓜轉錄組信息特征,為后續(xù)印度南瓜基因功能、分子標記、次生代謝途徑及其調控機制等分析研究提供科學依據(jù)。【方法】本文以印度南瓜葉片為研究對象,采用Illumina HiSeq^TM 2000進行高通量轉錄組測序并進行數(shù)據(jù)分析。【結果】轉錄組測序共獲得26 083 711個高質量片段（clean reads）,經(jīng)Trinity de novo組裝獲得68 073條Unigenes,平均長度1236.73 nt。BLAST分析顯示分別有37 542（占總Unigenes的98.34%）、23 946（62.72%）、20 011（52.42%）、15 074（39.48%）、9938（26.03%）、21 414（56.10%）、21 823（57.16%）和33 927（88.87%）個Unigenes在Nr、Swiss-port、KOG、KEGG、COG、GO、Pfam和eggNOG數(shù)據(jù)庫得到注釋信息,涉及127個KEGG標準代謝通路,其中包括類黃酮、莨菪烷、哌啶、吡啶生物堿、花色素苷和芥子油苷等次生代謝產(chǎn)物合成途徑。借助MISA軟件發(fā)現(xiàn)5391個SS... 

【文章來源】：西南農(nóng)業(yè)學報. 2020,33(10)北大核心CSCD

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【部分圖文】：

Unigene的Nr(A、B、C)及SwissPort(D、E、F)分析

印度南瓜Unigene GO分類

使用BLAST[23]軟件將西葫蘆轉錄組測序獲得的Unigene序列分別與六大數(shù)據(jù)庫Nr、Swiss-Prot、GO、COG、KOG、eggNOG 4.5和KEGG進行比對。利用KOBAS 2.0和HMMER軟件分別與KEGG、Pfam數(shù)據(jù)庫比對獲取Unigene響應的注釋信息。在各數(shù)據(jù)庫獲得的功能注釋Unigene統(tǒng)計數(shù)如圖2所示,總共有38 177條Unigene在上述8個數(shù)據(jù)庫得到注釋,其中,Nr數(shù)據(jù)庫注釋的Unigene最多,為37 542條(占總Unigenes的98.34 %),其次為Pfam數(shù)據(jù)庫,為33 927條,在COG數(shù)據(jù)庫中注釋的結果最少,為9938條(僅占總Unigenes的26.03 %)。圖2 Unigene注釋統(tǒng)計

【參考文獻】：
期刊論文
[1]籽用南瓜種質資源形態(tài)學多樣性分析[J]. 屈淑平,劉超,葛宇,王冬杰,李雪,崔崇士.  東北農(nóng)業(yè)大學學報. 2013(10)



本文編號：3274879