桃高密度SNP圖譜構(gòu)建于果實(shí)質(zhì)地和酸度全基因組關(guān)聯(lián)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-06-17 05:37
桃(Prunus persica [L.] Batsch)原產(chǎn)中國(guó),是世界上栽培范圍最為廣泛的樹(shù)種,也是薔薇科李屬重要的核果類果樹(shù)。果實(shí)質(zhì)地與酸度是果實(shí)品質(zhì)的重要指標(biāo),硬溶質(zhì)可延長(zhǎng)桃的貨架期,酸含量是決定果實(shí)口感的主要因素之一。但不同的遺傳群體其遺傳基礎(chǔ)目前仍不清楚,蘊(yùn)藏著較大的研究?jī)r(jià)值。我國(guó)是桃的起源地,資源豐富,因此有必要探索與質(zhì)地和酸度相關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記,從而在分子水平上闡明其遺傳機(jī)理,了解其遺傳特性,這對(duì)培育高品質(zhì)桃品種具有重大意義。本研究利用8個(gè)高多態(tài)性的SSR標(biāo)記對(duì)親本組合’Chula’×’02-25-106’及其593個(gè)雜交后代在ABI3130測(cè)序系統(tǒng)中進(jìn)行親子鑒定,選擇出真雜種為雜交群體,采用Illumina peach 9K SNP芯片對(duì)親本及篩選的雜交群體進(jìn)行SNP位點(diǎn)檢測(cè),構(gòu)建遺傳連鎖圖譜以及簡(jiǎn)單性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析和QTL定位。主要結(jié)果如下:1.雜交實(shí)生苗的親子鑒定及分析從桃T×E遺傳連鎖圖譜上選取均勻分布于8條連鎖群上的16對(duì)SSR引物,以母本‘Chula’和父本‘02-25-106’為模板,進(jìn)行SSR測(cè)試,從中篩選出8對(duì)具有父本特征性條帶且清晰的SSR引物。...
【文章來(lái)源】:浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:68 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
致謝
摘要
Abstract
縮略語(yǔ)表
1 緒論
1.1 基因組學(xué)研究
1.1.1 連鎖圖譜構(gòu)建
1.1.2 桃全基因組測(cè)序
1.1.3 桃重要候選基因的定位
1.1.4 桃數(shù)量性狀的基因定位
1.1.5 分子標(biāo)記在桃遺傳育種中的應(yīng)用
1.1.6 SNP分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)及應(yīng)用
1.1.7 分子標(biāo)記輔助育種的應(yīng)用
1.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析
1.2.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析的概念及其基本原理
1.2.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析在植物復(fù)雜性狀分析中的應(yīng)用
1.2.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析在桃上的應(yīng)用
1.3 本論文研究意義和主要內(nèi)容
2 桃親子鑒定與F1代雜交群體構(gòu)建
2.1 材料和方法
2.1.1 植物材料DNA提取
2.1.2 引物來(lái)源
2.1.3 PCR反應(yīng)體系和程序
2.2 數(shù)據(jù)分析
2.3 結(jié)果與分析
2.3.1 桃基因組DNA質(zhì)量檢測(cè)與濃度調(diào)整
2.3.2 多態(tài)性引物篩選及特異性分析
2.3.3 雜交后代篩選
2.4 討論
2.5 本章小結(jié)
3 桃高密度SNP遺傳圖譜構(gòu)建
3.1 材料和方法
3.1.1 植物材料及DNA的提取
3.1.2 儀器與試劑
3.1.3 桃Illumina 9K SNP芯片檢測(cè)的步驟
3.2 數(shù)據(jù)分析
3.2.1 SNP基因分型
3.2.2 SNP圖譜構(gòu)建
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 SNP基因分型
3.3.2 作圖群體SNP標(biāo)記多態(tài)性分析與分離檢測(cè)
3.3.3 高密度SNP圖譜構(gòu)建
3.4 討論
3.4.1 偏分離現(xiàn)象
3.4.2 ‘C0’連鎖圖譜及其與桃基因組測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)
3.5 本章小結(jié)
4 基于連鎖圖譜的QTL定位
4.1 材料與方法
4.1.1 作圖群體
4.1.2 SNP標(biāo)記檢測(cè)
4.1.3 表型檢測(cè)
4.1.4 遺傳圖譜的構(gòu)建
4.2 數(shù)據(jù)分析
4.3 結(jié)果與分析
4.3.1 作圖群體的表型性狀的統(tǒng)計(jì)與描述
4.3.2 酸度、質(zhì)地關(guān)聯(lián)分析及QTL定位
4.4 討論
4.4.1 F1代雜交群體表型性狀的多態(tài)性
4.4.2 表型性狀的QTL分析
4.5 本章小結(jié)
5 結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
作者簡(jiǎn)介及在校期間取得的科研成果
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展[J]. 段忠取,朱軍. 浙江大學(xué)學(xué)報(bào)(農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版). 2015(04)
[2]應(yīng)用SSR分子標(biāo)記技術(shù)鑒定張氏紅山茶雜交F1代真實(shí)性的研究[J]. 李琳琳,黃萬(wàn)堅(jiān),劉信凱,高繼銀,李凱凱,葉創(chuàng)興,石祥剛. 廣東園林. 2014(02)
[3]辣椒雜交種SSR分子標(biāo)記鑒定及表型比較分析[J]. 劉子記,李靜婷,楊衍,曹振木. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2014(01)
[4]桃基因組及全基因組關(guān)/聯(lián)分析研究進(jìn)展[J]. 李雄偉,賈惠娟,高中山. 遺傳. 2013(10)
[5]幾種DNA提取方法對(duì)紅樹(shù)植物秋茄葉片DNA提取效果的比較[J]. 仇建標(biāo),丁文勇,陳少波. 浙江海洋學(xué)院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2012(05)
[6]SSR技術(shù)檢測(cè)‘津優(yōu)48’種子純度試驗(yàn)[J]. 楊瑞環(huán),崔興華,李鵬宇,張桂華,李淑菊. 北方園藝. 2012(16)
[7]茄子SSR多態(tài)性引物的篩選及品種純度鑒定[J]. 王利英,喬軍,石瑤,王振英,李素文. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2012(04)
[8]甘藍(lán)一代雜種純度SSR鑒定與田間鑒定的一致性研究[J]. 高海娜,張恩慧,李殿榮,王灝,馬英夏,許忠民. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2012(05)
[9]梨AFLP標(biāo)記遺傳圖譜構(gòu)建及果實(shí)相關(guān)性狀的QTL定位[J]. 張瑞萍,吳俊,李秀根,楊健,王龍,王蘇珂,張紹鈴. 園藝學(xué)報(bào). 2011(10)
[10]花椰菜新品種浙801雜交種純度的SSR鑒定[J]. 趙振卿,盛小光,虞慧芳,王建升,張曉輝,顧宏輝. 長(zhǎng)江蔬菜. 2011(18)
本文編號(hào):3234581
【文章來(lái)源】:浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:68 頁(yè)
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摘要
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縮略語(yǔ)表
1 緒論
1.1 基因組學(xué)研究
1.1.1 連鎖圖譜構(gòu)建
1.1.2 桃全基因組測(cè)序
1.1.3 桃重要候選基因的定位
1.1.4 桃數(shù)量性狀的基因定位
1.1.5 分子標(biāo)記在桃遺傳育種中的應(yīng)用
1.1.6 SNP分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)及應(yīng)用
1.1.7 分子標(biāo)記輔助育種的應(yīng)用
1.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析
1.2.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析的概念及其基本原理
1.2.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析在植物復(fù)雜性狀分析中的應(yīng)用
1.2.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析在桃上的應(yīng)用
1.3 本論文研究意義和主要內(nèi)容
2 桃親子鑒定與F1代雜交群體構(gòu)建
2.1 材料和方法
2.1.1 植物材料DNA提取
2.1.2 引物來(lái)源
2.1.3 PCR反應(yīng)體系和程序
2.2 數(shù)據(jù)分析
2.3 結(jié)果與分析
2.3.1 桃基因組DNA質(zhì)量檢測(cè)與濃度調(diào)整
2.3.2 多態(tài)性引物篩選及特異性分析
2.3.3 雜交后代篩選
2.4 討論
2.5 本章小結(jié)
3 桃高密度SNP遺傳圖譜構(gòu)建
3.1 材料和方法
3.1.1 植物材料及DNA的提取
3.1.2 儀器與試劑
3.1.3 桃Illumina 9K SNP芯片檢測(cè)的步驟
3.2 數(shù)據(jù)分析
3.2.1 SNP基因分型
3.2.2 SNP圖譜構(gòu)建
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 SNP基因分型
3.3.2 作圖群體SNP標(biāo)記多態(tài)性分析與分離檢測(cè)
3.3.3 高密度SNP圖譜構(gòu)建
3.4 討論
3.4.1 偏分離現(xiàn)象
3.4.2 ‘C0’連鎖圖譜及其與桃基因組測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)
3.5 本章小結(jié)
4 基于連鎖圖譜的QTL定位
4.1 材料與方法
4.1.1 作圖群體
4.1.2 SNP標(biāo)記檢測(cè)
4.1.3 表型檢測(cè)
4.1.4 遺傳圖譜的構(gòu)建
4.2 數(shù)據(jù)分析
4.3 結(jié)果與分析
4.3.1 作圖群體的表型性狀的統(tǒng)計(jì)與描述
4.3.2 酸度、質(zhì)地關(guān)聯(lián)分析及QTL定位
4.4 討論
4.4.1 F1代雜交群體表型性狀的多態(tài)性
4.4.2 表型性狀的QTL分析
4.5 本章小結(jié)
5 結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
作者簡(jiǎn)介及在校期間取得的科研成果
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展[J]. 段忠取,朱軍. 浙江大學(xué)學(xué)報(bào)(農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版). 2015(04)
[2]應(yīng)用SSR分子標(biāo)記技術(shù)鑒定張氏紅山茶雜交F1代真實(shí)性的研究[J]. 李琳琳,黃萬(wàn)堅(jiān),劉信凱,高繼銀,李凱凱,葉創(chuàng)興,石祥剛. 廣東園林. 2014(02)
[3]辣椒雜交種SSR分子標(biāo)記鑒定及表型比較分析[J]. 劉子記,李靜婷,楊衍,曹振木. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2014(01)
[4]桃基因組及全基因組關(guān)/聯(lián)分析研究進(jìn)展[J]. 李雄偉,賈惠娟,高中山. 遺傳. 2013(10)
[5]幾種DNA提取方法對(duì)紅樹(shù)植物秋茄葉片DNA提取效果的比較[J]. 仇建標(biāo),丁文勇,陳少波. 浙江海洋學(xué)院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2012(05)
[6]SSR技術(shù)檢測(cè)‘津優(yōu)48’種子純度試驗(yàn)[J]. 楊瑞環(huán),崔興華,李鵬宇,張桂華,李淑菊. 北方園藝. 2012(16)
[7]茄子SSR多態(tài)性引物的篩選及品種純度鑒定[J]. 王利英,喬軍,石瑤,王振英,李素文. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2012(04)
[8]甘藍(lán)一代雜種純度SSR鑒定與田間鑒定的一致性研究[J]. 高海娜,張恩慧,李殿榮,王灝,馬英夏,許忠民. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2012(05)
[9]梨AFLP標(biāo)記遺傳圖譜構(gòu)建及果實(shí)相關(guān)性狀的QTL定位[J]. 張瑞萍,吳俊,李秀根,楊健,王龍,王蘇珂,張紹鈴. 園藝學(xué)報(bào). 2011(10)
[10]花椰菜新品種浙801雜交種純度的SSR鑒定[J]. 趙振卿,盛小光,虞慧芳,王建升,張曉輝,顧宏輝. 長(zhǎng)江蔬菜. 2011(18)
本文編號(hào):3234581
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