蘭科（Orchidaceae）植物全科約有700屬20,000個(gè)物種,分布在全球熱帶地區(qū)和亞熱帶地區(qū),少數(shù)的種類也分布于溫帶地區(qū)。蘭科植物屬于被子植物,主要分布在熱帶地區(qū),具有草本習(xí)性和物種多樣性高等特點(diǎn)。我國(guó)約有171屬1247個(gè)物種及亞種、變種或變型。蘭科植物其外形艷麗具有極高的觀賞價(jià)值,蘭科以生殖和生態(tài)適應(yīng)性而聞名于世,是最多樣化的植物家族之一,但是其許多物種卻由于自然原因和人類活動(dòng)而變得十分稀少。蘭屬（Cymbidium）與兜蘭屬（Paphiopedilum）植物是蘭科植物的主要組成類群,它們都具有極高的藥用價(jià)值和觀賞價(jià)值。蘭科是一個(gè)進(jìn)化復(fù)雜的科,但目前為止對(duì)蘭科的親緣關(guān)系研究仍然不夠全面,由于人們對(duì)蘭科植物的基因組缺乏了解,使其成為當(dāng)今蘭科研究的瓶頸。由各項(xiàng)研究所知,葉綠體基因組更適合用來(lái)研究植物的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系,是由于葉綠體基因組具有序列長(zhǎng)度小、單親遺傳、核苷酸替換率低和基因組結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單保守等特點(diǎn)。我們測(cè)序組裝了六個(gè)兜蘭屬和兩個(gè)蘭屬物種的葉綠體全基因組序列,還從Genbank數(shù)據(jù)庫(kù)中下載了十一個(gè)蘭科其他屬的葉綠體基因組序列,其中包括三個(gè)網(wǎng)上已經(jīng)公布的兜蘭屬序列,三個(gè)百合科序列作... 

【文章來(lái)源】：西北大學(xué)陜西省 211工程院校

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

九個(gè)兜蘭屬物種的形態(tài)圖

第三章結(jié)果與分析13圖2.九個(gè)兜蘭屬物種葉綠體基因組圖譜注：九種兜蘭的葉綠體基因組結(jié)構(gòu)相似。位于內(nèi)緣的基因以順時(shí)針?lè)较蜣D(zhuǎn)錄，而位于外緣的基因則以逆時(shí)針?lè)较蜣D(zhuǎn)錄。彩色條帶表示已知的不同的蛋白編碼基因。內(nèi)圈的灰色虛線顯示了相應(yīng)基因的GC含量百分比�！癓SC”表示一個(gè)大的單拷貝區(qū)，“SSC”表示一個(gè)小的單拷貝區(qū)，“IRa和IRb”分別表示兩個(gè)反向重復(fù)區(qū)。Figure2.ChloroplastgenomephysicalmapforninePaphiopedilumspecies.ThechloroplastgenomestructureofninespeciesofPaphiopedilumissimilar.Geneslocatedtheinterrimaretranscribedinaclockwisedirection,whilegeneslocatedoutsidetheouterrimaretranscribedinacounterclockwisedirection.Coloredstripsindicatedifferentfunctionalgroupsthatareknown.ThedottedgrayareaoftheinnercircleshowsthepercentageofGCcontentofthecorrespondinggene."LSC"meansalargesinglecopy,"SSC"meansasmallsinglecopy,"IRaandIRb"respectivelyrepresenttwoinvertedrepeats.

西北大學(xué)碩士學(xué)位論文163，表5）。圖3九種兜蘭屬葉綠體基因組重復(fù)序列分析注：九個(gè)兜蘭屬植物葉綠體基因組中重復(fù)序列和SSR的類型和數(shù)量。（a）三種重復(fù)類型的百分比；（b）三種重復(fù)類型的數(shù)量；（c）SSR類型的百分比；（d）SSR的數(shù)量及其類型分布。Figure3.AnalysisofchloroplastgenomerepeatsinninePaphiopedilumspeciesThetypeandpresenceofrepeatedsequencesandsimplesequencerepeats(SSR)inthechloroplastgenomesofninePaphiopedilumspecies.(a)Percentageofthreerepeattypes;(b)numberofthreetypesrepeats;(c)percentageofSSRtypes;(d)numberofSSRsandtheirtypes.簡(jiǎn)單重復(fù)序列（SSR）作為經(jīng)典分子標(biāo)記，被廣泛應(yīng)用到群體遺傳進(jìn)化析研究。我們分析了九種兜蘭屬物種的葉綠體簡(jiǎn)單重復(fù)序列（SSR）結(jié)果顯示：平均SSR數(shù)量為98.3，簡(jiǎn)單重復(fù)序列（SSR）重復(fù)次數(shù)最多的是小葉兜蘭：P.barbigerm（108），重復(fù)次數(shù)最少的是優(yōu)優(yōu)兜蘭：P.barbigerum×P.dianthum（90）最少（表6，附表1）。在九種兜蘭屬物種中共發(fā)現(xiàn)的885個(gè)簡(jiǎn)單重復(fù)序列中，單核苷酸類型共有448個(gè)（51%）、二核苷酸類型共有72個(gè)（8%）、三核苷酸類型共有56個(gè)（6%）、四核苷酸類型共有93個(gè)（10%）、五核苷酸類型共有15個(gè)（2%）、六核苷酸類型共有32個(gè)（4%）、復(fù)合重復(fù)共有169個(gè)（19%）（圖3）。研究所得結(jié)果將為今后葉綠體SSR標(biāo)記的研究提供依據(jù)，并為日后的兜蘭屬的親緣關(guān)系和遺傳多樣性研究打下了基矗

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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