為了解黃秋葵抗南方根結(jié)線蟲(chóng)相關(guān)基因組學(xué),利用Illumina Hi-seq TM2500高通量測(cè)序技術(shù)研究受南方根結(jié)線蟲(chóng)侵染后黃秋葵種質(zhì)12C2轉(zhuǎn)錄組基因的差異表達(dá)。結(jié)果表明,接種南方根結(jié)線蟲(chóng)18 h后,從接種和未接種的黃秋葵種質(zhì)12C2根尖中共獲得71.49 Gb有效數(shù)據(jù),Q30堿基百分比均達(dá)到94.0%以上。共獲得2 318個(gè)差異表達(dá)基因（DEGs）,包括1 156個(gè)上調(diào)基因,1 162個(gè)下調(diào)基因,其中功能注釋基因2 202個(gè)。根據(jù)unigene庫(kù)序列進(jìn)行GO、KOG和KEGG注釋,細(xì)胞壁代謝相關(guān)基因——內(nèi)切葡聚糖酶基因家族、聚半乳糖醛酸酶基因家族、葡聚糖內(nèi)-1,3-β葡糖苷酶基因家族和果膠裂解酶基因家族下調(diào)表達(dá),植物激素代謝相關(guān)基因——生長(zhǎng)素響應(yīng)蛋白基因、生長(zhǎng)素流入運(yùn)輸載體基因下調(diào)表達(dá),茉莉酸合成酶基因上調(diào)表達(dá),調(diào)控相關(guān)基因表達(dá)的WRKY和MYB轉(zhuǎn)錄因子基因家族上調(diào)表達(dá),參與植物細(xì)胞的膜聯(lián)蛋白基因家族上調(diào)表達(dá),植物細(xì)胞周期蛋白基因家族下調(diào)表達(dá)。本研究結(jié)果為開(kāi)展黃秋葵抗南方根結(jié)線蟲(chóng)基因組學(xué)和分子生物學(xué)研究奠定了基礎(chǔ)。 

【文章來(lái)源】：核農(nóng)學(xué)報(bào). 2020,34(12)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【部分圖文】：

差異表達(dá)基因KOG功能注釋

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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本文編號(hào)：3208546