發(fā)布時間：2021-05-14 18:17

　　核桃（Juglans regia L.）又名胡桃、羌桃,屬核桃科（Juglandaceae）、核桃屬（Juglans）,是世界著名的四大干果之一。近年來,轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在生物測序中逐漸興起,在生物遺傳研究中被廣泛認(rèn)可。而核桃作為四大干果之一,在轉(zhuǎn)錄組序列信息、分析中鮮有研究,特別是對核桃內(nèi)果皮形成的分子機(jī)理的研究,更是少之又少。因此,為了加強研究核桃的轉(zhuǎn)錄組信息,了解核桃內(nèi)果皮形成的分子機(jī)制,掌握影響核桃內(nèi)果皮的主要遺傳信息,本論文以“紙皮”、“溫138”兩個品種核桃硬殼形成期的內(nèi)果皮為試驗材料,提取內(nèi)果皮中的RNA,并進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序及數(shù)據(jù)信息分析,主要結(jié)果如下:1、利用Illumina HiSeq?2000測序儀進(jìn)行測序,共獲得342 785 132條的raw reads,通過過濾除雜后得到clean reads 318 196 894條,長度為28 637 720 460 nt。在獲得信息的準(zhǔn)確率為99%的條件下,有98.6%的序列信息符合分析要求,所獲得的數(shù)據(jù)信息量較大。對獲得數(shù)據(jù)信息進(jìn)行拼接組裝后,獲得總Unigene 77 570條,總長97 085 606 nt,平均長度1... 

【文章來源】：塔里木大學(xué)新疆維吾爾自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：94 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 核桃的概述
        1.1.1 核桃種質(zhì)資源的概述
        1.1.2 核桃果皮的發(fā)育研究
        1.1.3 核桃的國內(nèi)外研究進(jìn)展
    1.2 轉(zhuǎn)錄組的基本概述
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組的簡介及測序技術(shù)的演變
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄組的國內(nèi)外研究進(jìn)展
    1.3 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在核桃研究中的應(yīng)用
    1.4 課題的研究意義
第2章 試驗材料與方法
    2.1 試驗材料
    2.2 試驗方法
    2.3 Illumina測序和組裝
        2.3.1 測序的基本原理
        2.3.2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的獲得
        2.3.3 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的組裝
    2.4 RNA——De novo注釋
        2.4.1 注釋原理
        2.4.2 轉(zhuǎn)錄組注釋數(shù)據(jù)庫
        2.4.3 差異表達(dá)分析
        2.4.4 SSR位點的查找與分析
第3章 測序結(jié)果與分析
    3.1 測序結(jié)果
    3.2 組裝結(jié)果評估
    3.3 注釋結(jié)果
        3.3.1 NR注釋結(jié)果分析
        3.3.2 COG注釋結(jié)果分析
        3.3.3 GO注釋結(jié)果分析
        3.3.4 KEGG代謝通路分析
    3.4 SSR信息分析
第4章 差異表達(dá)基因的篩選與分析
    4.1 條件特異表達(dá)基因的篩選
    4.2 差異表達(dá)基因分析
        4.2.1 差異表達(dá)基因的數(shù)量分析
        4.2.2 差異表達(dá)基因的GO功能注釋
        4.2.3 差異表達(dá)基因的KEGG功能注釋
        4.2.4 共表達(dá)基因的表達(dá)模式及聚類分析
第5章 木質(zhì)素代謝相關(guān)基因的篩選與分析
    5.1 木質(zhì)素代謝相關(guān)基因的篩選
    5.2 木質(zhì)素代謝相關(guān)基因的功能注釋
    5.3 木質(zhì)素代謝關(guān)鍵酶相關(guān)基因的差異表達(dá)分析
    5.4 木質(zhì)素代謝通路分析
第6章 討論
    6.1 核桃內(nèi)果皮轉(zhuǎn)錄組測序
    6.2 轉(zhuǎn)錄組序列信息功能注釋
    6.3 SSR位點分析
    6.4 差異基因的表達(dá)分析
    6.5 木質(zhì)素代謝
第7章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡歷
在讀期間發(fā)表論文情況


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]新疆阿克蘇地區(qū)核桃品質(zhì)分析[J]. 賈昌路,張銳利,張宏,徐崇志,高山,張琦,張銳.  江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(04)
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[4]核桃堅果硬殼發(fā)育研究進(jìn)展[J]. 靳麗鑫,陳夢華,王玉蓮,張雪梅,李保國.  北方園藝. 2015(05)
[5]刺梨轉(zhuǎn)錄組SSR信息分析及其分子標(biāo)記開發(fā)[J]. 鄢秀芹,魯敏,安華明.  園藝學(xué)報. 2015(02)
[6]漾濞大泡核桃病程相關(guān)蛋白10基因JsPR10-1的克隆與表達(dá)分析[J]. 何華,陳朝銀,韓青,張南南,葛鋒,劉迪秋.  植物科學(xué)學(xué)報. 2014(06)
[7]新疆核桃產(chǎn)業(yè)化發(fā)展研究[J]. 李忠新,楊莉玲,阿布力孜·巴斯提,閆圣坤,劉奎,朱占江,楊忠強,劉佳,沈曉賀,買合木江,馬文強.  新疆農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(05)
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博士論文
[1]百合不同器官轉(zhuǎn)錄組分析及SSR標(biāo)記開發(fā)應(yīng)用[D]. 杜方.浙江大學(xué) 2014
[2]牦�；蚪M數(shù)據(jù)庫建設(shè)[D]. 胡泉軍.蘭州大學(xué) 2014
[3]楊樹木質(zhì)素合成酶PAL基因的克隆、鑒定及其表達(dá)載體的構(gòu)建[D]. 薛永常.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2001

碩士論文
[1]核桃胚脂肪積累期轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 張楠.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[2]人參根、莖、葉轉(zhuǎn)錄組測序及差異表達(dá)基因分析[D]. 林艷玲.長春中醫(yī)藥大學(xué) 2013
[3]基于RNA-seq測序的梅花轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 石文芳.北京林業(yè)大學(xué) 2012
[4]核桃堅果硬殼發(fā)育與木質(zhì)素代謝關(guān)系的研究[D]. 李夕勃.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[5]多輥擠壓式核桃破殼機(jī)的設(shè)計及試驗研究[D]. 董詩韓.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[6]早實核桃品質(zhì)與礦質(zhì)營養(yǎng)元素的關(guān)系研究[D]. 辛洪河.河北科技師范學(xué)院 2011
[7]一個芥菜型油菜品種資源的線粒體基因組序列分析[D]. 杜同慶.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[8]中國主栽區(qū)核桃堅果品質(zhì)研究[D]. 齊靜.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[9]核桃硬殼結(jié)構(gòu)與堅果品質(zhì)相關(guān)性的研究[D]. 趙悅平.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004



本文編號：3186105