核桃（Juglans regia L.）又名胡桃、羌桃,屬核桃科（Juglandaceae）、核桃屬（Juglans）,是世界著名的四大干果之一。近年來,轉錄組測序技術在生物測序中逐漸興起,在生物遺傳研究中被廣泛認可。而核桃作為四大干果之一,在轉錄組序列信息、分析中鮮有研究,特別是對核桃內果皮形成的分子機理的研究,更是少之又少。因此,為了加強研究核桃的轉錄組信息,了解核桃內果皮形成的分子機制,掌握影響核桃內果皮的主要遺傳信息,本論文以“紙皮”、“溫138”兩個品種核桃硬殼形成期的內果皮為試驗材料,提取內果皮中的RNA,并進行轉錄組測序及數(shù)據(jù)信息分析,主要結果如下:1、利用Illumina HiSeq?2000測序儀進行測序,共獲得342 785 132條的raw reads,通過過濾除雜后得到clean reads 318 196 894條,長度為28 637 720 460 nt。在獲得信息的準確率為99%的條件下,有98.6%的序列信息符合分析要求,所獲得的數(shù)據(jù)信息量較大。對獲得數(shù)據(jù)信息進行拼接組裝后,獲得總Unigene 77 570條,總長97 085 606 nt,平均長度1... 

【文章來源】：塔里木大學新疆維吾爾自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：94 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 核桃的概述
        1.1.1 核桃種質資源的概述
        1.1.2 核桃果皮的發(fā)育研究
        1.1.3 核桃的國內外研究進展
    1.2 轉錄組的基本概述
        1.2.1 轉錄組的簡介及測序技術的演變
        1.2.2 轉錄組的國內外研究進展
    1.3 轉錄組測序技術在核桃研究中的應用
    1.4 課題的研究意義
第2章 試驗材料與方法
    2.1 試驗材料
    2.2 試驗方法
    2.3 Illumina測序和組裝
        2.3.1 測序的基本原理
        2.3.2 轉錄組數(shù)據(jù)的獲得
        2.3.3 轉錄組數(shù)據(jù)的組裝
    2.4 RNA——De novo注釋
        2.4.1 注釋原理
        2.4.2 轉錄組注釋數(shù)據(jù)庫
        2.4.3 差異表達分析
        2.4.4 SSR位點的查找與分析
第3章 測序結果與分析
    3.1 測序結果
    3.2 組裝結果評估
    3.3 注釋結果
        3.3.1 NR注釋結果分析
        3.3.2 COG注釋結果分析
        3.3.3 GO注釋結果分析
        3.3.4 KEGG代謝通路分析
    3.4 SSR信息分析
第4章 差異表達基因的篩選與分析
    4.1 條件特異表達基因的篩選
    4.2 差異表達基因分析
        4.2.1 差異表達基因的數(shù)量分析
        4.2.2 差異表達基因的GO功能注釋
        4.2.3 差異表達基因的KEGG功能注釋
        4.2.4 共表達基因的表達模式及聚類分析
第5章 木質素代謝相關基因的篩選與分析
    5.1 木質素代謝相關基因的篩選
    5.2 木質素代謝相關基因的功能注釋
    5.3 木質素代謝關鍵酶相關基因的差異表達分析
    5.4 木質素代謝通路分析
第6章 討論
    6.1 核桃內果皮轉錄組測序
    6.2 轉錄組序列信息功能注釋
    6.3 SSR位點分析
    6.4 差異基因的表達分析
    6.5 木質素代謝
第7章 結論
參考文獻
附錄
致謝
作者簡歷
在讀期間發(fā)表論文情況


【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3186105