草菇（Volvariella volvacea）具有典型的低溫自溶特征,基于草菇低溫自溶與一個泛素結(jié)合酶E2（ubiquitin-conjugating enzyme, UBE2）高表達及活性相關(guān),采用虛擬篩選法獲得潛在的草菇UBEV2抑制劑小分子化合物。結(jié)果表明:在2輪虛擬篩選方法得到500個靶中化合物的基礎(chǔ)上,綜合考慮可與UBEV2上的Thr73、Gly77、Ile78、Phe84、Gly85、Asp86、Tyr87、Asp79形成多個氫鍵,以及Ile78、Leu83、Phe84、Asp86、His138、Ile141等形成較強的疏水作用,最終人工挑選得到150個小分子化合物,對接打分值區(qū)間為6.58～8.06。抗凍實驗結(jié)果提示篩選的化合物能夠減輕低溫對草菇的傷害。 

【文章來源】：食用菌學(xué)報. 2020,27(04)北大核心

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

虛擬篩選工作流程

依據(jù)UBEV2(VVO_00268)蛋白序列經(jīng)過同源模建序列搜索,得到同源性最高的蛋白是來自人源的泛素結(jié)合酶 E2T(UBE2T),同源性是38.27%,UniProtKB數(shù)據(jù)庫登陸號為Q9NPD8。序列比對發(fā)現(xiàn),兩個蛋白的同源部分的重疊較少,就無法用UBE2T的晶體結(jié)構(gòu)(PDB號4CCG)來模建UBEV2的全部697個氨基酸的三維結(jié)構(gòu)(圖2)。UBE2T還有一個晶體結(jié)構(gòu)5NGZ,其氨基酸序列與4CCG相同,但5NGZ的優(yōu)勢在于存在別構(gòu)位點抑制劑EM04[12],可在后續(xù)的虛擬篩選過程中,為選擇抑制劑活性位點提供幫助,即將抑制劑EM04周圍的氨基酸定義為別構(gòu)位點。UBE2T別構(gòu)位點的氨基酸序列在UBEV2序列中也存在,兩者一致度為23.718%,高度保守(圖 3)。因此,筆者采用文獻[12]報道的UBE2T晶體結(jié)構(gòu)5NGZ模構(gòu)出UBEV2 蛋白相對應(yīng)的小分子抑制劑別構(gòu)位點,則可以基于該別構(gòu)位點的空間結(jié)構(gòu)信息開展UBEV2蛋白全新小分子抑制劑的虛擬篩選。

UBE2T還有一個晶體結(jié)構(gòu)5NGZ,其氨基酸序列與4CCG相同,但5NGZ的優(yōu)勢在于存在別構(gòu)位點抑制劑EM04[12],可在后續(xù)的虛擬篩選過程中,為選擇抑制劑活性位點提供幫助,即將抑制劑EM04周圍的氨基酸定義為別構(gòu)位點。UBE2T別構(gòu)位點的氨基酸序列在UBEV2序列中也存在,兩者一致度為23.718%,高度保守(圖 3)。因此,筆者采用文獻[12]報道的UBE2T晶體結(jié)構(gòu)5NGZ模構(gòu)出UBEV2 蛋白相對應(yīng)的小分子抑制劑別構(gòu)位點,則可以基于該別構(gòu)位點的空間結(jié)構(gòu)信息開展UBEV2蛋白全新小分子抑制劑的虛擬篩選。2.2 UBEV2模型評價

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
[1]抗藥物依賴功效藥效團模型的構(gòu)建及其虛擬篩選[D]. 劉維國.中央民族大學(xué) 2013



本文編號：3054162