基于matK基因和ITS序列的江蘇地方豆類植物的親緣關(guān)系分析
發(fā)布時(shí)間:2021-01-12 05:33
近年來(lái),江蘇省選育了許多地方豆類品種,其中包括菜豆等食用豆類,它們是重要的蔬菜來(lái)源。但是這些品種大多由不同科研單位在不同年份選育而成,而且命名缺乏系統(tǒng)規(guī)范性,這就導(dǎo)致各個(gè)地方品種相互之間的親緣關(guān)系不明確。為了探究江蘇地方豆類植物之間的親緣關(guān)系,本研究選取常用的DNA條形碼葉綠體基因組maatK基因與核基因組ITS序列作為目標(biāo)序列,從分子水平上對(duì)14種豆科植物進(jìn)行了深入分析,以鑒定不同豆類之間的親緣關(guān)系,旨在為后續(xù)豆類植物的種質(zhì)創(chuàng)新和遺傳改良提供理論依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:1 matK基因和ITS序列序列分析結(jié)果14種豆類材料與GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中的大豆(Glycine max)、菜豆(Phaseolus vulgaris)、紅小豆(Vignaangularis)、綠豆(Vignaradiata)4種其他品種的豆類的martK基因和ITS序列比對(duì)分析結(jié)果表明,18種豆科材料的matK基因序列比對(duì)后長(zhǎng)度為750 bp,其中變異位點(diǎn)數(shù)為85,信息位點(diǎn)數(shù)為82。ITS序列比對(duì)后長(zhǎng)度為795 bp,其中變異位點(diǎn)數(shù)為260,信息位點(diǎn)數(shù)為242。通過(guò)SNP和INDEL位點(diǎn)分析可知,蘇長(zhǎng)粒飯豆與紅小...
【文章來(lái)源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:104 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-3?ITS序列的結(jié)構(gòu)圖??
ITS1?ITS2??圖1-3?ITS序列的結(jié)構(gòu)圖??Fig?1-3?The?structure?of?ITS?sequence??2.4.2?ITS序列的研究進(jìn)展??Baldwin于1993年首次把ITS序列應(yīng)用于植物系統(tǒng)發(fā)育研宄[73】,2005年Kress??等人首次將ITS序列視為植物DNA條形碼的候選片段[37],ITS序列己經(jīng)逐漸成為系??統(tǒng)發(fā)育研宄中最受歡迎的序列之一[73]。ITS序列在蘭科植物的鑒定方面得到了廣泛的??應(yīng)用。黃明忠等人利用ITS序列作為DNA條形碼,成功用于鑒定海南野生蘭科植物。??Cox等人用核糖體DNA?ITS序列作為DNA條形碼,對(duì)5個(gè)不同蘭屬的150-170個(gè)種??之間進(jìn)行了親緣關(guān)系的鑒定,其鑒定結(jié)果與傳統(tǒng)分類基本一致[74]。此外,ITS序列在??分析藥用植物親緣關(guān)系方面也具有很高的可靠性DBaraketGhada等人的研究證明核基??因的ITS序列可用于無(wú)花果的遺傳多樣性分析【75]。薛華杰等人采用ITS序列PCR直??接測(cè)序的方法,成功對(duì)東亞地區(qū)當(dāng)歸屬Angelica?s.s及其近緣7個(gè)屬40個(gè)種的代表植??物進(jìn)行了親緣關(guān)系的分析176]。李驍?shù)热藢?duì)8種野豌豆屬的藥用植物核糖體DNA的ITS??序列進(jìn)行了分析
3結(jié)果與分析??3.1?DNA提取??14種豆類樣品經(jīng)過(guò)DNA提取(圖2-1)后得到清晰的片段,說(shuō)明DNA提取的效??果較好,可以用于下一步的實(shí)驗(yàn)。??1?2?3?4?5?6?7?8?9?10?H?12?13?14??圖2-1本實(shí)驗(yàn)室收集的14種豆類植物DNA提取電泳圖??Fig?2-1?Agarose?gel?electrophoresis?of?14?legumes?collected?by?our?laboratory??圖中編號(hào)同表1。??The?number?is?the?same?as?the?code?in?Table?1.??表24本實(shí)驗(yàn)室收集的14種豆類植物DNA提取純度和濃度???Tabcl?2-4?The?purity?and?concentraction?of?14?legumes?collected?by?our?laboratory??編號(hào)?OD值?DNA濃度(ig/pL???No.?A260/28Q?DNA?concentraction?叫/pL??1?1.88?1
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于matK序列對(duì)白頭翁及其偽品的鑒別[J]. 趙月梅,陳碩. 陜西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(01)
[2]滇產(chǎn)糙蘇屬3種藥用植物的ITS及matK分子鑒別[J]. 符德歡,朱高倩,蒲星宇,王麗,周培軍,戚育芳,李學(xué)芳. 中藥材. 2016(07)
[3]大豆共生固氮在農(nóng)業(yè)減肥增效中的貢獻(xiàn)及應(yīng)用潛力[J]. 李欣欣,許銳能,廖紅. 大豆科學(xué). 2016(04)
[4]豆科六種牧草DNA條形碼鑒定技術(shù)研究[J]. 李永青,趙生國(guó),焦婷. 分子植物育種. 2017(01)
[5]馬藍(lán)與路邊青的matK序列差異與分子鑒定方法分析[J]. 魏藝聰,陳建雄,黃澤豪,盧偉,梁一池. 中國(guó)民族民間醫(yī)藥. 2016(12)
[6]四個(gè)大豆栽培種的花序轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 張馳,高振蕊,董友魁,崔敏龍. 生態(tài)學(xué)雜志. 2015(12)
[7]野豌豆屬蒙藥藥用植物的rDNA-ITS序列分析[J]. 李驍,趙龍,王佩,鞠愛(ài)華. 中草藥. 2015(12)
[8]大豆轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究進(jìn)展綜述[J]. 劉佳偉,姚丹,趙東海,石放放. 安徽農(nóng)學(xué)通報(bào). 2015(08)
[9]基于基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的雜草稻葉綠體分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)[J]. 朱國(guó)忠,戴偉民,陳曉鋒,張晶旭,強(qiáng)勝. 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2015(02)
[10]DNA條形碼技術(shù)的應(yīng)用研究[J]. 李超,王正亮,楊倩倩,俞曉平. 中國(guó)計(jì)量學(xué)院學(xué)報(bào). 2014(03)
博士論文
[1]丹參的葉綠體和線粒體基因組研究[D]. 錢俊.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2014
[2]大豆根瘤固氮特性與影響因素的研究[D]. 姚玉波.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[3]利用DNA條形碼技術(shù)鑒定藥用雙子葉植物[D]. 高婷.中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué) 2010
碩士論文
[1]基于matK序列的核桃品種的親緣關(guān)系的研究[D]. 梅霞.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[2]ITS,rbcL和matK序列作為中藥雞骨草條形碼的研究[D]. 王曉明.遵義醫(yī)學(xué)院 2013
[3]基于matK基因和ITS序列的海南野生蘭科植物DNA條形碼探討[D]. 黃明忠.海南大學(xué) 2010
本文編號(hào):2972253
【文章來(lái)源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
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【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖1-3?ITS序列的結(jié)構(gòu)圖??
ITS1?ITS2??圖1-3?ITS序列的結(jié)構(gòu)圖??Fig?1-3?The?structure?of?ITS?sequence??2.4.2?ITS序列的研究進(jìn)展??Baldwin于1993年首次把ITS序列應(yīng)用于植物系統(tǒng)發(fā)育研宄[73】,2005年Kress??等人首次將ITS序列視為植物DNA條形碼的候選片段[37],ITS序列己經(jīng)逐漸成為系??統(tǒng)發(fā)育研宄中最受歡迎的序列之一[73]。ITS序列在蘭科植物的鑒定方面得到了廣泛的??應(yīng)用。黃明忠等人利用ITS序列作為DNA條形碼,成功用于鑒定海南野生蘭科植物。??Cox等人用核糖體DNA?ITS序列作為DNA條形碼,對(duì)5個(gè)不同蘭屬的150-170個(gè)種??之間進(jìn)行了親緣關(guān)系的鑒定,其鑒定結(jié)果與傳統(tǒng)分類基本一致[74]。此外,ITS序列在??分析藥用植物親緣關(guān)系方面也具有很高的可靠性DBaraketGhada等人的研究證明核基??因的ITS序列可用于無(wú)花果的遺傳多樣性分析【75]。薛華杰等人采用ITS序列PCR直??接測(cè)序的方法,成功對(duì)東亞地區(qū)當(dāng)歸屬Angelica?s.s及其近緣7個(gè)屬40個(gè)種的代表植??物進(jìn)行了親緣關(guān)系的分析176]。李驍?shù)热藢?duì)8種野豌豆屬的藥用植物核糖體DNA的ITS??序列進(jìn)行了分析
3結(jié)果與分析??3.1?DNA提取??14種豆類樣品經(jīng)過(guò)DNA提取(圖2-1)后得到清晰的片段,說(shuō)明DNA提取的效??果較好,可以用于下一步的實(shí)驗(yàn)。??1?2?3?4?5?6?7?8?9?10?H?12?13?14??圖2-1本實(shí)驗(yàn)室收集的14種豆類植物DNA提取電泳圖??Fig?2-1?Agarose?gel?electrophoresis?of?14?legumes?collected?by?our?laboratory??圖中編號(hào)同表1。??The?number?is?the?same?as?the?code?in?Table?1.??表24本實(shí)驗(yàn)室收集的14種豆類植物DNA提取純度和濃度???Tabcl?2-4?The?purity?and?concentraction?of?14?legumes?collected?by?our?laboratory??編號(hào)?OD值?DNA濃度(ig/pL???No.?A260/28Q?DNA?concentraction?叫/pL??1?1.88?1
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于matK序列對(duì)白頭翁及其偽品的鑒別[J]. 趙月梅,陳碩. 陜西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(01)
[2]滇產(chǎn)糙蘇屬3種藥用植物的ITS及matK分子鑒別[J]. 符德歡,朱高倩,蒲星宇,王麗,周培軍,戚育芳,李學(xué)芳. 中藥材. 2016(07)
[3]大豆共生固氮在農(nóng)業(yè)減肥增效中的貢獻(xiàn)及應(yīng)用潛力[J]. 李欣欣,許銳能,廖紅. 大豆科學(xué). 2016(04)
[4]豆科六種牧草DNA條形碼鑒定技術(shù)研究[J]. 李永青,趙生國(guó),焦婷. 分子植物育種. 2017(01)
[5]馬藍(lán)與路邊青的matK序列差異與分子鑒定方法分析[J]. 魏藝聰,陳建雄,黃澤豪,盧偉,梁一池. 中國(guó)民族民間醫(yī)藥. 2016(12)
[6]四個(gè)大豆栽培種的花序轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 張馳,高振蕊,董友魁,崔敏龍. 生態(tài)學(xué)雜志. 2015(12)
[7]野豌豆屬蒙藥藥用植物的rDNA-ITS序列分析[J]. 李驍,趙龍,王佩,鞠愛(ài)華. 中草藥. 2015(12)
[8]大豆轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究進(jìn)展綜述[J]. 劉佳偉,姚丹,趙東海,石放放. 安徽農(nóng)學(xué)通報(bào). 2015(08)
[9]基于基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的雜草稻葉綠體分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)[J]. 朱國(guó)忠,戴偉民,陳曉鋒,張晶旭,強(qiáng)勝. 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2015(02)
[10]DNA條形碼技術(shù)的應(yīng)用研究[J]. 李超,王正亮,楊倩倩,俞曉平. 中國(guó)計(jì)量學(xué)院學(xué)報(bào). 2014(03)
博士論文
[1]丹參的葉綠體和線粒體基因組研究[D]. 錢俊.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2014
[2]大豆根瘤固氮特性與影響因素的研究[D]. 姚玉波.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[3]利用DNA條形碼技術(shù)鑒定藥用雙子葉植物[D]. 高婷.中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué) 2010
碩士論文
[1]基于matK序列的核桃品種的親緣關(guān)系的研究[D]. 梅霞.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[2]ITS,rbcL和matK序列作為中藥雞骨草條形碼的研究[D]. 王曉明.遵義醫(yī)學(xué)院 2013
[3]基于matK基因和ITS序列的海南野生蘭科植物DNA條形碼探討[D]. 黃明忠.海南大學(xué) 2010
本文編號(hào):2972253
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