黑木耳 Auricularia heimuer F.Wu,B.K.Cui&Y.C.Dai,作為我國重要的食用菌之一,因其含有多種藥理活性的天然化合物,深受人們的喜愛。而中國作為世界上栽培黑木耳產(chǎn)量最大的國家,對全國范圍的黑木耳野生種質(zhì)資源進行遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)的評價,是資源保護和品種選育的基礎(chǔ)。此外,過去對黑木耳的其它研究多集中于栽培育種和營養(yǎng)成分的提取等方面,對黑木耳的基因組研究較少,因此開展黑木耳的全基因組測序及分析,初步解析黑木耳的基因功能,為后續(xù)深入開展黑木耳的代謝途徑及調(diào)控機制研究具有重要意義。本研究分析了全國范圍的4個野生黑木耳群體共1 18個樣本的ITS序列和IGS1序列,從DNA序列水平上解析了其遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu),并對標(biāo)本Dai 13782的單孢菌株進行了全基因組測序及分析。研究結(jié)果如下:(1)基于ITS和IGS1序列分析了黑木耳的遺傳多樣性,結(jié)果顯示ITS序列全長530 bp,含6個變異位點,共產(chǎn)生17種單倍型(Hd為0.8579,Pi為0.0043);IGS1序列全長818 bp,含12個變異位點,共產(chǎn)生32種單倍型(Hd為0.9148,Pi為0.00... 

【文章來源】：北京林業(yè)大學(xué)北京市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：122 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖２－１黑木耳ＩＴＳ單倍型的地理分布??

Ｓｏｔｕｈｗｅｓｔ?Ｃｈｉｎａ??Ｈａｐ?３??圖２－３基于ｒｒｓ序列的黑木耳單倍型關(guān)系圖??注圓的大小代表不同單倍型出現(xiàn)的頻率，圖例中不同顏色分別代表黑木耳的４個群體．??Ｆｉｇ．?２－３?Ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ?ｎｅｔｗｏｒｋ?ｏｆ?Ａｕｒｉｃｕｌａｒｉａ?ｈｅｉｍｕｅｒ?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ?ｂａｓｅｄ?ｏｎ?ＩＴＳ?ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?

長度小于１０００?ｂｐ的Ｓｕｂｒｅａｄｓ。??３．２．５?Ｈｉｓｅｑ?＋?Ｐａｃｂｉｏ數(shù)據(jù)的耳關(guān)合組裝??基因組的組裝，通常要多個步驟，組裝分析流程見圖３－２。??用短序列組裝軟件ＳＯＡＰｄｅｎｏｖｏ?１．０５?（Ｌｉｅｔａｌ．?２００８，?２０１０）組裝Ｈｉｓｅｑ的干凈數(shù)??據(jù)，其中參數(shù)Ｋ值設(shè)置為６５時，組裝效果最好，而后將Ｒｅａｄｓ與組裝獲得的Ｃｏｎｔｉｇ??進行比對，再根據(jù)其與Ｐａｉｒｅｄ－ｅｎｄ和Ｏｖｅｒｌａｐ的相互關(guān)系，對組裝的結(jié)果進行優(yōu)化。??使用ＳＭＲＴ?Ａｎａｌｙｓｉｓ?Ｖ２．３．０流程對Ｐａｃｂｉｏ數(shù)據(jù)進行Ｃｏｎｔｉｇ組裝，再用軟件ＧＡＴＫ對??其結(jié)果進行單堿基糾正，參數(shù)設(shè)置為Ｄｅｐｔｈ彡２０，Ｑｕａｌｉｔｙ彡６０；利用Ｈｉｓｅｑ大片??段文庫數(shù)據(jù)使用Ｓｓｐａｃｅ軟件構(gòu)建Ｓｃａｆｆｏｌｄ；使用ＫＧＦ對所有Ｈｉｓｅｑ數(shù)據(jù)進行補洞；??利用Ｐａｃｂｉｏ數(shù)據(jù)使用ＰＢＳｕｉｔｅ?１４．９．９進行補洞；最后獲得Ｈｉｓｅｑ?＋?Ｐａｃｂｉｏ聯(lián)合組裝的??數(shù)據(jù)。??４４??

【參考文獻】：
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本文編號：2945979