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蠟梅花芽分化及發(fā)育過(guò)程中的轉(zhuǎn)錄組特征分析

發(fā)布時(shí)間:2020-12-05 17:27
  蠟梅(Chimonanthus praecox(L.)Link),屬于蠟梅科蠟梅屬植物,原產(chǎn)中國(guó),是我國(guó)傳統(tǒng)的名貴觀賞花木,在中國(guó)有近1000年的栽培歷史。與大多數(shù)木本植物在春夏開(kāi)花不同,蠟梅盛開(kāi)于寒冷的冬季,花色淡黃,花香四溢,因此具有極高的觀賞價(jià)值和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。但其盛開(kāi)在冬季的具體的原因暫未有人報(bào)導(dǎo)。目前,對(duì)蠟梅花期的相關(guān)研究?jī)H僅停留在對(duì)其花芽發(fā)育不同階段的石蠟切片觀察上,缺少這種變化相關(guān)分子機(jī)理的研究。本文在前人對(duì)蠟梅花芽發(fā)育過(guò)程中花芽石蠟切片形態(tài)學(xué)研究的基礎(chǔ)上,對(duì)蠟梅的花芽連續(xù)采樣并進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,得到了蠟梅花芽從開(kāi)始分化直至開(kāi)花全階段的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),并結(jié)合切片觀察數(shù)據(jù)對(duì)發(fā)育重點(diǎn)階段的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行差異表達(dá)基因分析。獲得的主要結(jié)果如下:1、通過(guò)對(duì)蠟梅花芽樣品的連續(xù)采樣,提取RNA并測(cè)序,得到了未分化期,分化過(guò)渡期,花被片原基形成期,雄蕊原基形成期,雌蕊原基形成期,花芽發(fā)育期,花芽緩慢發(fā)育期,子房及胚珠發(fā)育期,花粉粒發(fā)育期,初花期等10個(gè)時(shí)期的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)。結(jié)合切片觀察結(jié)果,以及測(cè)序數(shù)據(jù)的相關(guān)性及PCA分析,將這10個(gè)階段劃分為3個(gè)關(guān)鍵過(guò)程:花芽分化期(未分化期-雌蕊原基分化期);花器官... 

【文章來(lái)源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】:104 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

蠟梅花芽分化及發(fā)育過(guò)程中的轉(zhuǎn)錄組特征分析


蠟梅花芽分化各時(shí)期樣品形態(tài)

測(cè)序,字母,占比,轉(zhuǎn)錄組


各時(shí)期測(cè)序原始數(shù)據(jù)占比Fig.2Class近口tionofraw沈adsineach‘ta譽(yù)圖中字母代表時(shí)期:幾u(yù)D.b.皿衛(wèi)已TPD,

測(cè)序,生物學(xué),樣品,數(shù)據(jù)


25圖 3 10 個(gè)時(shí)期共 30 個(gè)樣品測(cè)序數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性比較Fig.3 Correlation between sequence data of 30 samples in all ten stages本次采樣共 10 個(gè)時(shí)期,每個(gè)時(shí)期設(shè)有 3 個(gè)生物學(xué)重復(fù),生物學(xué)重復(fù)間樣品的差異過(guò)大會(huì)影響到后續(xù)的所有分析。為了奠定可靠的分析基礎(chǔ),進(jìn)行生物學(xué)重復(fù)間的相關(guān)性比較十分的有必要。本實(shí)驗(yàn)通過(guò)皮爾遜相關(guān)系數(shù)來(lái)統(tǒng)計(jì)各生物學(xué)樣品間的差異以及不同時(shí)期之間的差異。原則上,相同時(shí)期的生物學(xué)重復(fù)間的相關(guān)性應(yīng)大于80%。通過(guò)圖 3 可以發(fā)現(xiàn),所有時(shí)期的生物學(xué)重復(fù)間的相關(guān)系數(shù)均大于 90,說(shuō)明這些生物學(xué)重復(fù)是可靠的,可以進(jìn)行后續(xù)分析。通過(guò)該圖還能發(fā)現(xiàn), EFP 階段的 3 個(gè)生物學(xué)重復(fù)整體上與其他 9 個(gè)時(shí)期有較大差異,相關(guān)性較低,平均為 60%,這說(shuō)明該階段相比與開(kāi)花前的幾個(gè)階段,基因表達(dá)出現(xiàn)了較大差異。在相關(guān)性分析的基礎(chǔ)上,本實(shí)驗(yàn)還對(duì)總共 30 個(gè)樣品進(jìn)行了 PCA 主成分分析分

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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[8]蠟梅花被片表層形態(tài)觀察及其意義[J]. 方子義,趙凱歌,陳龍清.  廣西植物. 2013(04)
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碩士論文
[1]蠟梅科四種植物花芽分化及花發(fā)育的形態(tài)學(xué)比較研究[D]. 李來(lái).華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]蠟梅抗寒相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子CpICE1a、CpICE1b和CpDREB1的克隆及功能初探[D]. 張倩.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]蠟梅類(lèi)黃酮3’-羥化酶基因(CpF3’H)及其啟動(dòng)子功能初探[D]. 俞美麗.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[4]蠟梅科植物基因組大小預(yù)測(cè)與核型分析[D]. 董雷.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017



本文編號(hào):2899819

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