發(fā)布時間：2020-10-11 18:17

　　 植物特異的Teosinte branched1/Cincinnata/proliferating cell factor(TCP)轉錄因子家族,其功能涉及調(diào)控細胞生殖與細胞分化,且在植物生長和發(fā)育過程中的許多方面具有重要作用。然而,目前針對TCP轉錄因子家族的研究在辣椒中未見報道。本文利用生物信息學方法對辣椒TCP轉錄因子家族成員、基因分類、基因結構、染色體定位、系統(tǒng)進化關系和結構域序列保守性進行了預測和分析。結果表明,辣椒TCP基因家族包含30個成員,CaTCP蛋白含有95~550個氨基酸,等電點為6.30~10.91。進化樹分析將其分為11個不同的亞族。辣椒TCP家族進化樹以及基因結構的進一步分析顯示辣椒TCP家族可分為兩大類,即Class I類和Class II類,而Class II類可分為兩個不同的亞類,即CIN和CYC/TB1亞類。位于同一亞家族的大多數(shù)TCP基因具有相似的內(nèi)含子和外顯子結構。此外,染色體定位分析表明辣椒TCP基因不均衡的分布于辣椒的10條染色體上,其中3號染色體上最多,有7個。本研究首次對辣椒TCP基因家族進行全基因組分析,為進一步了解辣椒TCP基因家族的分類以及功能研究提供重要信息。
【學位單位】：西北農(nóng)林科技大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2017
【中圖分類】：S641.3;Q943.2
【部分圖文】：

CaTCP30 CA08g04040 Unknow（不詳） 1287 429 47614.1 6.963.2 辣椒與擬南芥 TCP 家族系統(tǒng)進化及保守結構域分析圖3-1為辣椒上的30個CaTCP蛋白序列與24個擬南芥AtTCP蛋白序列進行比對，利用 ClustalW 程序?qū)M南芥和辣椒 TCP 蛋白序列進行多序列比對，將多序列比對結果利用 MEGA6.0 軟件進行構建，采用鄰接法（Neighbor-Joining，NJ），重復 1000 次，構建的進化樹。有的進化枝上的數(shù)值相較其他大部分數(shù)值比較低，但這在前人的研究中也出現(xiàn)過。由圖 3-1 可以看出

圖3-2 辣椒TCP轉錄因子家族多重序列比對Fig. 3-2 Multialignment of pepper TCP sequences3.3 辣椒 CaTCP 家族系統(tǒng)進化及基因結構分析為了進一步了解辣椒 CaTCP 基因的進化關系，通過對其 cDNA 序列以及對應的DNA 序列進行比對，利用 GSDS 程序（GuoAY et al. 2007; Gene Structure Display Server:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/）對每個辣椒 CaTCP 基因的外顯子/內(nèi)含子結構進行分析研究（圖 3-3）。圖 3-3a 即辣椒 TCP 基因家族進化樹，如圖我們可以看到，30 個辣椒 CaTCP 基因可分為 11 個亞族（GroupA，GroupB, GroupC, GroupD, GroupE, GroupF, GroupG, GroupH,GroupI, GroupJ 和 Group K），這 11 個亞族又可分為 class I 和 class II 兩個亞家族，其中位于 class II 類亞家族中的 Group A，GroupB 和 GroupC 屬于 CIN 進化枝

對辣椒 30 個 CaTCP 的蛋白序列進行了進化樹分析（圖 3-3a）。如圖3-3 可以看出，大部分位于同一亞家族的辣椒 CaTCP 基因擁有相似的外顯子/內(nèi)含子分布結構（外顯子長度和內(nèi)含子數(shù)量）。例如，在 GroupA（CaTCP11，CaTCP27，CaTCP2和 CaTCP5）、Group B（CaTCP29 和 CaTCP30）、Group C（CaTCP4，CaTCP23，CaTCP17，CaTCP18 和 CaTCP21）、Group D（CaTCP14
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本文編號：2836949