不結(jié)球白菜開(kāi)花基因BcMAF2的低溫應(yīng)答及BcFT的互作蛋白篩選
【學(xué)位授予單位】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類(lèi)號(hào)】:S634.3
【圖文】:
不結(jié)球白菜開(kāi)花基因尸2的低溫應(yīng)答及gcFr的互作蛋白篩選的分子式為C925H1552N2700305S5,含有192個(gè)氨基酸,相對(duì)分子質(zhì)量為21.5x點(diǎn)為6.22,其中包含正電殘基(Asp+Glu)邋28?jìng)(gè),負(fù)電殘基(Arg+Lys)邋白的不穩(wěn)定系數(shù)為58.14,脂肪系數(shù)為97.40,平均親水性系數(shù)為-0.496。P酸疏水性圖譜(圖1-1-A)顯示該蛋白的C端和N端都偏向親水性,中間疏水性交替出現(xiàn),總體而言親水性表現(xiàn)更強(qiáng)。DAS、PredictProtein預(yù)測(cè)區(qū)域。根據(jù)BcMAF2的氨基酸序列,利用SOPMA進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),,BcMAF2蛋白中a螺旋所占比例最大,為49.48%;不規(guī)則卷曲結(jié)構(gòu)次23.96%邋;邋p轉(zhuǎn)角所占比例最少,僅為8.33%。PredictProtein預(yù)測(cè)69?106及171?187氨基酸之間,富集蛋白結(jié)合位點(diǎn),可能是蛋白互作的關(guān)鍵區(qū)域。該蛋白1?60個(gè)氨基酸殘基之間存在一個(gè)MADS結(jié)構(gòu)域(圖1-1-B)。MA白通常形成二聚體,以保守的MADS結(jié)構(gòu)域結(jié)合下游基因DNArG-box,實(shí)現(xiàn)其調(diào)控功能。逡逑
Consensus邋sq邋g邐s邋n邋sg邋etlpll逡逑圖2-3邋/IrM/m和5cA^F2氨基酸序列同源性比較逡逑Fig.邋2-3邋Alignment邋of邋amino邋acid邋sequences邋of邋AtMAF2邋and邋BcMAF2逡逑在擬南芥中,JMMF2有5個(gè)同源基因,J/FZJl/、其逡逑中/irFLM位于染色體I,AFZC位于染色體V邋,邐在染色體V上串聯(lián)逡逑重復(fù)排列,形成一個(gè)22-kb的基因簇。這些基因形成一個(gè)小的基因家族,在調(diào)控開(kāi)花逡逑過(guò)程中行使各自的功能。與此相似,不結(jié)球白菜的同源基因有逡逑BcFLCl?BcFLC3、BcFLM、BcMAF3、BcMAF4,Xiao(2Q\3、iK為邋BrFLC2邋是&菜邋4邋個(gè)逡逑5rFLC^基因中調(diào)控開(kāi)花的關(guān)鍵基因,在不結(jié)球白菜中對(duì)應(yīng)的是5cfZC2。利逡逑用DNAMAN8.0軟件分析這些同源基因的進(jìn)化關(guān)系,結(jié)果如圖1-4,與逡逑最先聚類(lèi)
邐140邐168逡逑圖2-2邋BcMAF2蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)逡逑藍(lán)色表示ot螺旋,綠色表示p轉(zhuǎn)角,紅色表示延伸鏈,紫色表示不規(guī)則卷曲逡逑Fig.邋2-2邋Secondarystructure邋of邋BcMAF2邋protein逡逑Blue邋represents邋for邋alpha邋helix,邋green邋represents邋for邋beta邋turn,邋red邋represents邋for逡逑extended邋strand,邋purple邋represents邋for邋random邋coil逡逑2.2邋BcMAF2氨基酸序列同源性比較及同源基因進(jìn)化分析逡逑下載擬南芥序列(https://www.arabidopsis.org/index.jsp),對(duì)擬南芥和不結(jié)逡逑球白菜M4F2的氨基酸序列進(jìn)行同源性比較,結(jié)果如圖1-3,二者氨基酸序列相似度逡逑為72%
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