【摘要】：新疆野扁桃(Prunus tenella Batsch.syn Amygdalus nana L.or Amygdalus ledebouriana Schlecht.),又被稱為矮扁桃,薔薇科桃屬灌木,是極為珍貴的野生植物資源。本試驗(yàn)以研究新疆野扁桃的遺傳多樣性為目的,利用其全基因組數(shù)據(jù)設(shè)計引物,通過TP-M13-SSR技術(shù)和毛細(xì)管熒光電泳檢測分析其多態(tài)性和遺傳多樣性,為該珍稀植物的保育工作提供理論依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:(1)本試驗(yàn)充分利用新疆野扁桃全基因組序列,開發(fā)出新疆野扁桃TP-M13-SSR引物庫,引物庫中包含23627條序列,分為二、三、四、五、六核苷酸共5類重復(fù)類型,其中二核苷酸類型數(shù)量最多,五、六核苷酸數(shù)量極少。該引物庫中的引物PCR產(chǎn)物以100-349 bp居多,而二核苷酸的PCR產(chǎn)物最大,六核苷酸的最小。(2)從引物庫中篩選出12對多態(tài)性較好的TP-M13-SSR引物以供后續(xù)研究使用。經(jīng)數(shù)據(jù)分析后發(fā)現(xiàn),以上引物的PCR產(chǎn)物大小在100-300 bp之間,所選引物多為二堿基重復(fù),僅有引物PT-2為三堿基重復(fù)。(3)在毛細(xì)管電泳熒光檢測中,共選用4種熒光引物,其中熒光引物FAM峰型最為正常且特異峰清晰,不常發(fā)生非特異性峰。與之相反,熒光引物ROX所顯示出的非特異峰種類數(shù)量最多,且特異峰不易辨認(rèn)。在6種異常情況中,N+1峰出現(xiàn)次數(shù)最多,高低峰出現(xiàn)次數(shù)最少。(4)將12對引物與96份新疆野扁桃樣品擴(kuò)增后,可得出以上引物的等位基因數(shù)(No.of allele)均為2個,有效等位基因數(shù)(Ne)的范圍為3.5310-9,觀測雜合度(Ho)的范圍為0-0.6667,期望雜合度(He)的范圍為0.72-0.89,固定指數(shù)(F)的范圍為0.25-1,香農(nóng)指數(shù)(I)的范圍為1.48-2.44,特異等位基因(Na)的范圍為8-18,多態(tài)性信息含量(PIC)的范圍為0.6690-0.8790,標(biāo)記指數(shù)(MI)的范圍為5.35-15.82,Nei's多樣性指數(shù)的范圍為0.2195-0.4308,遺傳相似性系數(shù)(Gst)的范圍為0.0020-.00426,基因流(Nm)的范圍為34.7560-252.1964。(5)在對居群的遺傳多樣性分析后,發(fā)現(xiàn)塔城地區(qū)的新疆野扁桃多態(tài)性與遺傳多樣性水平在5個居群中處于最高水平,托里居群處于最低水平。經(jīng)UPGMA聚類后發(fā)現(xiàn),托里與裕民的新疆野扁桃親緣關(guān)系為最近,布爾津、哈巴河、塔城的新疆野扁桃均被單獨(dú)聚為一類。
【學(xué)位授予單位】：新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：S662.9
【圖文】：

三核苷酸的出現(xiàn)總次數(shù)遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于二核苷酸，但仍高于其他核21398 次位居第二，占總數(shù)的 9.37%。四、五、六核苷酸的出現(xiàn)頻率出現(xiàn)特點(diǎn)見表 2-5。表 2-5 重復(fù)單元的分布特點(diǎn)Table 2-5 The distribution characteristics of repeat motifs酸數(shù)量 所占比例（%）出現(xiàn)頻率（%）主要重復(fù)單元 19664 93.43 89.49 AC、AG、AT 3464 6.01 9.37AAC、AAG、AAT、ACC、AAGG、ATC、CCG 380 0.44 0.87AAAC、AAAT、AACC、AATACAG、ACAT、ACTC、 66 0.06 0.16 AAAAG、AAGCC 53 0.06 0.12 ACAGAG、ACATC

M13-SSR 引物開發(fā)及遺傳多樣性應(yīng)用研究扁桃引物庫中 SSR 的特征酸重復(fù)類型的 PCR 產(chǎn)物大小平均值為 241.43 bp，大小介于 90大小多集中于 100-349 bp 之間，大小在 300-349 bp 以內(nèi)的引物低于 100 bp 或高于 349 bp 的引物數(shù)目非常少，二者共占總數(shù)苷酸的 PCR 產(chǎn)物平均大小分別為：278.46 bp、229.63 bp、230bp，其中，二核苷酸的 PCR 產(chǎn)物為最大，六核苷酸的為最小。

疆野扁桃 TP-M13-SSR 引物開發(fā)及遺傳多樣性應(yīng)用研究上可直觀的看到擴(kuò)增片段的大小，不必像聚丙烯酰胺凝膠電泳、瓊脂糖電泳等方法靠眼估算擴(kuò)增片段大小。由于多方面因素共同作用，導(dǎo)致峰的形態(tài)豐富多樣，這為實(shí)驗(yàn)員在識別和讀取峰值方面增加不少難度。根據(jù)以往的研究可以得知，擴(kuò)增產(chǎn)物在正常況下常呈現(xiàn)單峰或雙峰的形態(tài)，單峰和雙峰分別代表純合子和雜合子。而毛細(xì)管電泳結(jié)果受多因素干擾，會出現(xiàn)各種異�，F(xiàn)象，這些現(xiàn)象很容易干擾到對具有良好峰型的標(biāo)片段的取值，為避免遺漏和取值錯誤等情況的發(fā)生，王鳳格等人[105]和顧麗華等人[10對此進(jìn)行深入研究，并統(tǒng)計峰的類型和發(fā)生情況。一般將主峰峰型較為圓潤、面積較寬周邊無小突起峰的峰稱為非特異性峰，相反，主峰峰型較為尖銳、面積較窄、旁邊有突起峰的峰稱為特異峰，二者區(qū)別見圖 2-3。在圖 2-3 中，A 圖顯示的峰為典型的特異峰，B、C、D 圖顯示的為不同類型的非特異性峰。相對 A 圖而言，其余 3 張圖中顯示的部分峰均呈現(xiàn)出非特異性峰的部分特點(diǎn)。

【相似文獻(xiàn)】

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1 劉夢雯;曾斌;王波;王建友;;新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的多態(tài)性分析[J];北方園藝;2018年02期

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1 劉夢雯;新疆野扁桃TP-M13-SSR引物開發(fā)及遺傳多樣性應(yīng)用研究[D];新疆農(nóng)業(yè)大學(xué);2017年

本文編號：2762275