鹽脅迫下苦苣菜的生理響應(yīng)及轉(zhuǎn)錄組分析
【圖文】:
圖 2-1 技術(shù)路線圖Fig. 2-1 Technology roadmap法料苗采用無性繁殖方法培育,用其根部種植。根部材料來自甘′N, 104°47′E)。本實驗在農(nóng)業(yè)部黃土高原生態(tài)環(huán)境重點野外科)進(jìn)行(36°02′N, 103°44′W),雨天用防雨棚遮雨,晴天露然降水。處理方法驗方法 cm,直徑約 25 cm 的塑料桶,,每桶裝土 14 kg,裝土容重大約種植,正常澆水,待出苗后長至 5 葉以上,每盆挑選長勢一NaCl 處理 15d,NaCl 濃度為 0(CK)、66、133、200、250、3 3 個重復(fù)。處理期間桶內(nèi)水分保持在其田間持水量的 70%。
測序原理是單分子實時測序(Single-Molecule Real-Time,圖 2-2A 主要包括 4 步:全長 cDNA 合成:使用 Clontech SMARTer PCR cDNASynthe片段選擇及 PCR 擴(kuò)增:采用 BluePippinTM 儀器進(jìn)行片段選2 kb, 2~3 kb, 3~6 kb, 5~ 10 kb;SMRTbell 文庫制備:不同插入片段文庫加上 SMRTbell 模板并測序:文庫進(jìn)行質(zhì)控后上機(jī)測序。參考基因的物種來說,信息分析流程如圖 2-2B 主要包括:過濾含接頭,低質(zhì)量以及過短的序列;根據(jù) reads 讀到接頭與 polyA 的情況,分別全長與非全長轉(zhuǎn)錄對全長轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行聚類,得到一致性序列;用所有 reads 對一致性序列進(jìn)行比對,得到 HQ 全長轉(zhuǎn)錄本;對多個文庫的數(shù)據(jù)進(jìn)行合并去冗余,得到該項目的最終高質(zhì)量長轉(zhuǎn)錄本比對數(shù)據(jù)庫注釋(Nr、Nt、Swissprot、KEGG、GO、CO預(yù)測編碼蛋白框(CDS)及 SSR 預(yù)測;
【學(xué)位授予單位】:西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號】:S636.9
【參考文獻(xiàn)】
相關(guān)期刊論文 前10條
1 任毅鵬;張佳慶;孫瑜;吳振峰;阮吉壽;賀秉軍;劉國卿;高山;卜文俊;;基于PacBio平臺的全長轉(zhuǎn)錄組測序[J];科學(xué)通報;2016年11期
2 許天委;張曉楠;劉煜;葉綿源;張世杰;劉然;劉盛琨;張穎;;海馬齒小熱激蛋白SpHSP18.1基因的克隆及鹽脅迫表達(dá)分析[J];應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報;2015年05期
3 馬進(jìn);鄭鋼;裴翠明;張振亞;;抗壞血酸-谷胱甘肽循環(huán)在紫花苜蓿突變體耐鹽性中的作用[J];植物生理學(xué)報;2015年10期
4 李建國;濮勵杰;韓明芳;朱明;張潤森;向仰州;;中國土壤鹽漬化研究的現(xiàn)狀及未來(英文)[J];Journal of Geographical Sciences;2014年05期
5 邱念偉;楊翠翠;盧正珂;李遵寧;岳賢軍;程秀秀;許瑩瑩;周峰;;蒔蘿蒿適應(yīng)鹽漬環(huán)境的Na~+區(qū)域化方式和生理特征[J];生態(tài)學(xué)報;2014年21期
6 龐永奇;王高奇;王旭初;陳珈;王學(xué)臣;;植物水孔蛋白的亞細(xì)胞分布與生理功能研究淺析[J];生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展;2012年10期
7 陳貴華;石嶺;;Ca~(2+)-CaM系統(tǒng)對野生苦菜耐鹽抗氧化系統(tǒng)的調(diào)控[J];長江蔬菜;2012年06期
8 張怡;路鐵剛;;植物中的活性氧研究概述[J];生物技術(shù)進(jìn)展;2011年04期
9 王佳麗;黃賢金;鐘太洋;陳志剛;;鹽堿地可持續(xù)利用研究綜述[J];地理學(xué)報;2011年05期
10 李洪燕;鄭青松;姜超強(qiáng);劉兆普;劉國紅;辛本榮;;籽粒莧幼苗對不同鹽離子脅迫響應(yīng)的比較研究[J];草業(yè)學(xué)報;2010年05期
本文編號:2683655
本文鏈接:http://sikaile.net/nykjlw/yylw/2683655.html