結(jié)球甘藍(lán)花粉發(fā)育相關(guān)DHHC鋅指蛋白全基因組分析和差異性表達(dá)
發(fā)布時間:2020-05-08 03:32
【摘要】:鋅指是一種具有“指狀”結(jié)構(gòu)的調(diào)控基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子。DHHC(Asp-His-His-Cys)是富含半胱氨酸高度保守的鋅指結(jié)構(gòu)域,屬于類C2H2型鋅指,是DNA結(jié)合蛋白中經(jīng)常出現(xiàn)的結(jié)構(gòu)基元。目前在植物中對于DHHC鋅指蛋白基因研究有限。在之前的研究中,DHHC鋅指蛋白基因At4g24630是bol-miR172a的靶基因之一,參與花粉的發(fā)育。本次試驗運用生物信息學(xué)技術(shù)全面研究和分析DHHC鋅指蛋白基因家族,包括此基因家族的確認(rèn)和特征分析,生物進(jìn)化分析,基因在染色體分布情況及基因結(jié)構(gòu)分析。另外,運用半定量PCR、熒光定量PCR技術(shù)進(jìn)一步研究并分析了6個結(jié)球甘藍(lán)DHHC鋅指蛋白基因在不同器官、不同花粉發(fā)育時期(S1-S5)的差異性表達(dá)。本次試驗共得到31個DHHC鋅指蛋白,并用生物進(jìn)化樹和保守蛋白區(qū)域分析了其保守性和差異性。根據(jù)對基因家族的詳細(xì)分析,其家族成員除了差異性特別大的Bol032399/Bol015394和Bol009994/Bol022882外,被分成4個組。其表達(dá)分析表明,在不同的組織器官和不同的花粉發(fā)育時期,6個基因都表現(xiàn)出明顯的差異性表達(dá)。研究顯示,Bol032202,Bol015002,Bol009994,Bol035824和Bol037914在花粉和莖中集中表達(dá)。不同花粉發(fā)育時期的表達(dá)方式表明,Bol039449,Bol015002,Bol009994和Bol035824在保持系和細(xì)胞質(zhì)雄性不育系植株中表現(xiàn)出巨大的差異性,并在保持系中高表達(dá)。詳細(xì)的數(shù)據(jù)分析有力表明這些基因?qū)Y(jié)球甘藍(lán)的花粉發(fā)育過程具有重要作用。另外,這些研究成果為結(jié)球甘藍(lán)的花粉發(fā)育基因研究和育種工作提供幫助。
【圖文】:
壁細(xì)胞中的胃鋅指蛋白 GATA GT1 以及 GATA GT2, β 亞單位上游報告基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄,胃壁細(xì)胞中有分泌以調(diào)節(jié)這種酶的活性。Thiel 等[38]指出,鋅指轉(zhuǎn)錄因激素、生長因子等之后合成,能夠調(diào)控細(xì)胞的增殖和指蛋白Asp His His Cys)型鋅指蛋白是富含 Cys 的高度保守的鋅指,,其序列特征為:C X2 C X9 HC X2 C X4-DHHC-X5氨酸;X 任意氨基酸)[39]。其實它在鋅指蛋白大家族中DNA 結(jié)合蛋白中的一種結(jié)構(gòu)基元,當(dāng)前將富含 DHHC白,其構(gòu)成 DHHC 蛋白質(zhì)家族[40 41]。 酵母及哺乳動物的 DHHC 鋅指蛋白結(jié)構(gòu)域研究相對較庫,共 23 個包含有 DHHC 保守結(jié)構(gòu)域的基因,分別Fernandez Hernando 等[43]發(fā)現(xiàn)人類 5 種內(nèi)皮細(xì)胞膜上HC7、DHHC8、DHHC21 蛋白。Zhang 等[44]指出,DHH
白等電點顯示,10 個蛋白(Bol015068、Bol045472、Bol015394、Bol030177、Bol035Bol015002、Bol036144、Bol042048、Bol034600、Bol015917)低于 7.0,其余 2蛋白為堿性蛋白。4.1.3 結(jié)球甘藍(lán) DHHC 鋅指蛋白基因位點在染色體上分布在結(jié)球甘藍(lán)中,一共有 31 個單獨的基因位點可以編碼 DHHC 鋅指蛋白。利MapInspect 軟件對 DHHC 鋅指蛋白基因家族分析,這些 DHHC 鋅指蛋白基因全泛分布在各個染色體上,而沒有形成更大的基團(tuán)。但在 5 號染色體上沒有基因位3 號和 9 號染色體相對較多,各有 6 個基因位點。2 號、4 號和 8 號染色體各有 基因位點。1號染色體有3個基因位點,而6/7染色體上只有2個基因位點(圖4-1-
【學(xué)位授予單位】:安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號】:S635.1
本文編號:2654045
【圖文】:
壁細(xì)胞中的胃鋅指蛋白 GATA GT1 以及 GATA GT2, β 亞單位上游報告基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄,胃壁細(xì)胞中有分泌以調(diào)節(jié)這種酶的活性。Thiel 等[38]指出,鋅指轉(zhuǎn)錄因激素、生長因子等之后合成,能夠調(diào)控細(xì)胞的增殖和指蛋白Asp His His Cys)型鋅指蛋白是富含 Cys 的高度保守的鋅指,,其序列特征為:C X2 C X9 HC X2 C X4-DHHC-X5氨酸;X 任意氨基酸)[39]。其實它在鋅指蛋白大家族中DNA 結(jié)合蛋白中的一種結(jié)構(gòu)基元,當(dāng)前將富含 DHHC白,其構(gòu)成 DHHC 蛋白質(zhì)家族[40 41]。 酵母及哺乳動物的 DHHC 鋅指蛋白結(jié)構(gòu)域研究相對較庫,共 23 個包含有 DHHC 保守結(jié)構(gòu)域的基因,分別Fernandez Hernando 等[43]發(fā)現(xiàn)人類 5 種內(nèi)皮細(xì)胞膜上HC7、DHHC8、DHHC21 蛋白。Zhang 等[44]指出,DHH
白等電點顯示,10 個蛋白(Bol015068、Bol045472、Bol015394、Bol030177、Bol035Bol015002、Bol036144、Bol042048、Bol034600、Bol015917)低于 7.0,其余 2蛋白為堿性蛋白。4.1.3 結(jié)球甘藍(lán) DHHC 鋅指蛋白基因位點在染色體上分布在結(jié)球甘藍(lán)中,一共有 31 個單獨的基因位點可以編碼 DHHC 鋅指蛋白。利MapInspect 軟件對 DHHC 鋅指蛋白基因家族分析,這些 DHHC 鋅指蛋白基因全泛分布在各個染色體上,而沒有形成更大的基團(tuán)。但在 5 號染色體上沒有基因位3 號和 9 號染色體相對較多,各有 6 個基因位點。2 號、4 號和 8 號染色體各有 基因位點。1號染色體有3個基因位點,而6/7染色體上只有2個基因位點(圖4-1-
【學(xué)位授予單位】:安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號】:S635.1
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本文編號:2654045
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