尼羅羅非魚(Oreochromis niloticus)原產(chǎn)于非洲,是一種重要的世界性經(jīng)濟(jì)養(yǎng)殖魚類。自1978年從蘇丹引入我國以來,一直在我國南方廣泛養(yǎng)殖。但是隨著高密度集約化養(yǎng)殖的發(fā)展,各種病害的頻發(fā)嚴(yán)重制約了羅非魚養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展,隸屬于扁形動(dòng)物門單殖亞綱的單殖吸蟲可導(dǎo)致羅非魚幼魚大量死亡。本研究通過實(shí)驗(yàn)感染和轉(zhuǎn)錄組測序等手段,對(duì)尼羅羅非魚感染麗魚三代蟲(Gyrodactylus cichlidarum)后,免疫相關(guān)通路及基因表達(dá)的變化進(jìn)行了生物信息學(xué)分析;根據(jù)轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果,對(duì)主要組織相容性復(fù)合體(major histocompatibility complex,MHC)家族基因在三代蟲感染后的表達(dá)進(jìn)行了詳細(xì)研究;并進(jìn)一步對(duì)MHCⅡα和MHCⅡβ基因的多態(tài)性以及等位基因型與羅非魚對(duì)三代蟲易感性/抗感染性的關(guān)系進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析與驗(yàn)證,研究主要獲得如下結(jié)果。轉(zhuǎn)錄組測序共完成76個(gè)二代樣品測序及1個(gè)三代樣品全長測序,其中三代測序首次獲得尼羅羅非魚全長轉(zhuǎn)錄本,使用7個(gè)cells獲得18.32 Gb的有效數(shù)據(jù),得到插入序列485040條,其中全長非嵌合序列256476條;經(jīng)聚類后獲得一致性轉(zhuǎn)錄本...

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

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圖2-1轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)流程

圖2-1轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)流程Fig.2-1Experimentalprocedureoftranscriptomesequencing.7轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析基于第二代高通量測序平臺(tái)的RNA-Seq2.0技術(shù)目前應(yīng)用最為普遍，但長較短而存在多種缺點(diǎn)，往往不能準(zhǔn)確得到....

圖2-2轉(zhuǎn)錄組生物信息分析流程

中山大學(xué)博士學(xué)位論文列的缺失也可能是非全長序列，本研究將僅5'末端外顯子存在差異，其余外均一致的序列進(jìn)行了合并，取其中最長的序列作為最終的轉(zhuǎn)錄本序列。最終的轉(zhuǎn)錄本序列可直接用于后續(xù)的基因家族、等位基因、SSR、Isoform、同源、可變剪接、lncRNA等分析。轉(zhuǎn)錄組生物信息....

圖2-3轉(zhuǎn)錄組建庫ROI序列分類情況

尼羅羅非魚對(duì)麗魚三代蟲感染的免疫機(jī)制研究本次數(shù)據(jù)中的全長序列長度與建庫大小一致。除建庫時(shí)cDNALNC長度還受試劑和測序時(shí)間等因素的影響，故全長序列的不同cell中的差異很大，本次數(shù)據(jù)中F01總體FL%為53.17%MRTbell或adaptor濃度過低，會(huì)....

圖2-4轉(zhuǎn)錄組完整性評(píng)估結(jié)果

圖2-4轉(zhuǎn)錄組完整性評(píng)估結(jié)果Fig.2-4Resultoftranscriptomeintegrityassessment基因轉(zhuǎn)錄生成的前體mRNA（pre-mRNA）有多種剪接方式，比如選擇不外顯子產(chǎn)生不同的成熟mRNA，從而翻譯為不同的蛋白質(zhì)，由此構(gòu)成了生....

本文編號(hào)：3974719