三角魴(Megalobrama terminalis),屬鯉科(Cyprinidae)、魴屬(Megalobrama),主要分布在東南沿海,長江水系、黃河水系、黑龍江水系以及俄羅斯遠(yuǎn)東地區(qū),是魴屬中分布最廣泛的魚類。但野生三角魴資源量逐年減少,為了保護(hù)三角魴的野生資源,同時建立三角魴良種選育平臺,本實(shí)驗(yàn)室以錢塘江三角魴原種為親本,建立了50個全同胞家系。F1代5月齡時,隨機(jī)在1個家系中選取200尾個體,測量體長體重后,分別選取體重的前5%(10尾)個體的肌肉、肝臟和腦組織提RNA,各組織的RNA等量混合成1個樣品L,同樣分別選取體重的后5%(10尾)個體的肌肉、肝臟和腦組織提RNA,各組織的RNA等量混合成1個樣品S。L和S的總RNA提取mRNA后,本實(shí)驗(yàn)室按照Ion Torrent測序儀200bp讀長的轉(zhuǎn)錄組測序指南,構(gòu)建出L和S的cDNA文庫；制備318芯片后,經(jīng)本實(shí)驗(yàn)室的Ion Torrent測序儀測序。采用生物信息學(xué)方法比較分析三角魴F1代中L和S兩個轉(zhuǎn)錄組；利用微衛(wèi)星搜索軟件搜索三角魴F1代轉(zhuǎn)錄組中的SSR序列,篩選出三角魴的分子標(biāo)記,用于三角魴不同地理種群的遺傳多樣性研究。...

【文章頁數(shù)】：122 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
目錄
摘要
ABSTRACT
縮略語表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 三角魴簡介
        1.1 三角魴的分類
        1.2 三角魴的研究現(xiàn)狀
    2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究概況
        2.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)傳統(tǒng)研究方法
        2.2 新一代高通量測序技術(shù)
    3 微衛(wèi)星DNA在種群遺傳學(xué)中的應(yīng)用
        3.1 微衛(wèi)星DNA的結(jié)構(gòu)
        3.2 微衛(wèi)星DNA的特點(diǎn)
        3.3 微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選
        3.4 微衛(wèi)星標(biāo)記在種群遺傳學(xué)中的應(yīng)用
    4 本研究的目的意義
第二章 三角魴cDNA文庫構(gòu)建與測序
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)魚來源與規(guī)格
        1.2 總RNA提取
        1.3 mRNA提取
        1.4 cDNA文庫的構(gòu)建(具體操作步驟見附錄1)
        1.5 模板陽性的Ion Sphere^TM(ISPs)顆粒制備與Ion 318^TM芯片測序(具體操作步驟見附錄1)
    2 結(jié)果
        2.1 總RNA提取結(jié)果
        2.2 mRNA提取結(jié)果
        2.3 mRNA片段化
        2.4 cDNA文庫質(zhì)量評估
        2.5 Ion 318^TM芯片-加入ISPs質(zhì)量評估
    3 分析與討論
        3.1 三角魴轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建的質(zhì)量
        3.2 ISPs加入Ion 318^TM芯片的質(zhì)量分析
第三章 基于Ion Torrent測序平臺的三角魴轉(zhuǎn)錄組分析
    1 材料與方法
    2 結(jié)果
        2.1 下機(jī)序列質(zhì)量評估與序列組裝
        2.2 序列功能注釋與分類
        2.3 生長相關(guān)的功能基因
        2.4 SSR和SNP鑒別
    3 分析與討論
        3.1 Ion Torrent測序通量及測序讀長
        3.2 三角魴生長相關(guān)組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
第四章 團(tuán)頭魴微衛(wèi)星標(biāo)記在三角魴中跨種擴(kuò)增及三角魴轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星標(biāo)記篩選
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2 方法
    2 結(jié)果
        2.1 基因組DNA提取結(jié)果
        2.2 團(tuán)頭魴多態(tài)性引物在三角魴中跨種擴(kuò)增
        2.3 基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的微衛(wèi)星引物開發(fā)
        2.4 三角魴微衛(wèi)星標(biāo)記的多態(tài)性
    3 分析與討論
第五章 三角魴四個野生群體遺傳多樣性的微衛(wèi)星分析
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2 方法
    2 結(jié)果
        2.1 三角魴群體的微衛(wèi)星引物PCR擴(kuò)增結(jié)果
        2.2 三角魴群體的遺傳多樣性
        2.3 三角魴四個野生群體的遺傳分化
    3 分析與討論
        3.1 三角魴群體的遺傳多樣性
        3.2 三角魴群體的遺傳分化
        3.3 Hardy-Weinberg平衡的偏離
小結(jié)
參考文獻(xiàn)
附錄
    附錄1 cDNA文庫的構(gòu)建與測序具體操作步驟
        1 RNase Ⅲ酶切mRNA
        2 mRNA 片段純化
        3 Hybridize and Ligate the RNA
        4 執(zhí)行反轉(zhuǎn)錄
        5 cDNA 純化
        6 cDNA文庫擴(kuò)增
        7 純化已擴(kuò)增的cDNA文庫
        8 檢測已擴(kuò)增純化的cDNA文庫片段大小分布
        9 決定模板制備所需的文庫稀釋因子
        10 在Ion OneTouch^TM儀器上制備模板陽性的Ion Sphere^TM(ISPs)顆粒
        11 Ion OneTouch^TM ES富集模板陽性的ISPs
        12 清潔PGM^TM測序平臺
        13 初始化PGM^TM測序儀
        14 Ion 318^TM芯片測序步驟
    附錄2 三角魴生長基因
    附錄3 32個多態(tài)性微衛(wèi)星引物序列及退火溫度
    附錄4 攻讀博士學(xué)位期間發(fā)表論文情況
致謝



本文編號：3802429