皺紋盤鮑(Haliotis discus hannai)是我國重要的海水養(yǎng)殖經(jīng)濟(jì)貝類,主要分布于山東、遼寧、福建等地,因其肉質(zhì)鮮美,營養(yǎng)豐富,深受消費者喜愛。然而,近年來由于人工苗種的累代養(yǎng)殖、近親繁殖和養(yǎng)殖海區(qū)環(huán)境的惡化等問題,皺紋盤鮑種質(zhì)退化嚴(yán)重,有害基因彰顯,養(yǎng)殖群體遺傳多樣性不斷下降,子代出現(xiàn)了生長慢、抗逆性差、死亡率高等問題,迫切需要開發(fā)養(yǎng)殖新品種。皺紋盤鮑雌性個體的卵色十分豐富,研究發(fā)現(xiàn)其卵色可能與生長、抗逆等經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān),這為皺紋盤鮑的選育提供了新的思路。本文的研究內(nèi)容主要包括以下兩個部分:利用RNA-seq技術(shù)對皺紋盤鮑綠卵和灰卵個體的性腺組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,通過GO和KEGG富集分析后,篩選與卵色形成相關(guān)的差異基因和代謝通路;對卵色相關(guān)基因GLT1進(jìn)行c DNA末端的快速擴(kuò)增實驗,得到基因全長序列后進(jìn)行相關(guān)分析,然后采用熒光定量PCR方法對GLT1基因在皺紋盤鮑不同月份不同組織中的表達(dá)模式進(jìn)行分析。研究結(jié)果一方面為深入了解皺紋盤鮑卵色的遺傳機(jī)制提供理論基礎(chǔ),另一方面能夠挖掘卵色相關(guān)基因,為探究卵色相關(guān)基因的功能及調(diào)控機(jī)理提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。主要研究結(jié)果如下:1兩種卵色皺紋盤...

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
引言
    1 皺紋盤鮑生物學(xué)概述
    2 國內(nèi)外卵色研究進(jìn)展
        2.1 家蠶卵色的研究
        2.2 水產(chǎn)動物卵色的研究
        2.3 其他物種卵色的研究
    3 轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)研究進(jìn)展
        3.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)簡介
        3.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在水產(chǎn)動物研究中的應(yīng)用
        3.3 轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在皺紋盤鮑研究中的應(yīng)用
    4 谷氨酸合酶概述
    5 本研究的主要目的及意義
第一章 兩種卵色皺紋盤鮑性腺組織轉(zhuǎn)錄組分析
    1 材料與方法
        1.1 實驗材料
        1.2 實驗方法
            1.2.1 皺紋盤鮑性腺組織RNA的提取
            1.2.2 轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建及測序
            1.2.3 RNA-seq數(shù)據(jù)分析
                1.2.3.1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
                1.2.3.2 轉(zhuǎn)錄本拼接
                1.2.3.3 基因功能注釋
                1.2.3.4 基因表達(dá)水平分析
                1.2.3.5 差異基因分析
                1.2.3.6 篩選目的基因
            1.2.4 qRT-PCR驗證分析
                1.2.4.1 cDNA的合成
                1.2.4.2 引物的設(shè)計和檢測
                1.2.4.3 qRT-PCR反應(yīng)
    2 實驗結(jié)果
        2.1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控結(jié)果
            2.1.1 堿基錯誤率檢查
            2.1.2 AT/GC含量分布
            2.1.3 測序數(shù)據(jù)過濾結(jié)果
            2.1.4 RNA-seq數(shù)據(jù)總結(jié)
        2.2 轉(zhuǎn)錄本拼接
        2.3 基因功能注釋
            2.3.1 NR注釋結(jié)果
            2.3.2 GO注釋結(jié)果
            2.3.3 KOG注釋結(jié)果
            2.3.4 KEGG注釋結(jié)果
        2.4 基因表達(dá)水平分析
        2.5 差異基因分析
            2.5.1 差異基因火山圖分析
            2.5.2 差異基因表達(dá)水平聚類分析
            2.5.3 差異基因GO富集分析
            2.5.4 差異基因KEGG富集分析
        2.6 篩選目的基因
        2.7 qRT-PCR驗證
            2.7.1 總RNA檢測結(jié)果
            2.7.2 引物驗證結(jié)果
            2.7.3 qRT-PCR結(jié)果
    3 討論
第二章 谷氨酸合酶基因(GLT1)的克隆及表達(dá)分析
    1 材料與方法
        1.1 實驗材料
            1.1.1 實驗樣品
            1.1.2 實驗主要引物
        1.2 實驗方法
            1.2.1 GLT1基因全長cDNA的克隆
                1.2.1.1 總RNA提取
                1.2.1.2 核心片段驗證
                1.2.1.3 生成RACE-Ready cDNA
                1.2.1.4 cDNA末端快速擴(kuò)增實驗(RACE)
                1.2.1.5 RACE產(chǎn)物的回收
                1.2.1.6 RACE產(chǎn)物的克隆及測序
            1.2.2 GLT1全長序列分析
            1.2.3 皺紋盤鮑不同月份不同組織GLT1基因mRNA的表達(dá)分析
                1.2.3.1 總RNA的提取
                1.2.3.2 cDNA的合成
                1.2.3.3 引物的設(shè)計和檢測
                1.2.3.4 qRT-PCR反應(yīng)
    2 實驗結(jié)果
        2.1 GLT1基因全長cDNA的特征
        2.2 GLT1基因的同源性分析
        2.3 GLT1基因的系統(tǒng)進(jìn)化分析
        2.4 GLT1基因的mRNA在皺紋盤鮑不同月份性腺組織中的表達(dá)規(guī)律
        2.5 GLT1基因的mRNA在皺紋盤鮑不同組織中的表達(dá)分布情況
    3 討論
小結(jié)
參考文獻(xiàn)
已完成文章
致謝



本文編號：3800204