馬氏珠母貝是培育海水珍珠的重要雙殼貝類(lèi),也是探索生物礦化機(jī)理的十分理想的生物。本研究采用454焦磷酸測(cè)序技術(shù)對(duì)外套膜和珍珠囊這兩個(gè)馬氏珠母貝參與生物礦化的組織進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,篩選生物礦化相關(guān)基因；并以構(gòu)建的8個(gè)家系為材料,比較分析了4個(gè)生物礦化基因的表達(dá)水平及其與馬氏珠母貝表型性狀之間的相關(guān)性；結(jié)果顯示： 1.外套膜貯備細(xì)胞小片部位的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序共獲得了220824個(gè)高質(zhì)量read,共組裝了23732個(gè)unique transcripts,篩選鑒定出146個(gè)unique transcripts與49個(gè)生物礦化相關(guān)基因具有序列相似性,包括磷酸結(jié)合酶蛋白、無(wú)定型的CaCO3結(jié)合蛋白Ⅰ型、鈣調(diào)蛋白、類(lèi)鈣調(diào)蛋白、碳脫水酶、多甘氨酸貝殼基質(zhì)蛋白、多賴(lài)氨酸基質(zhì)蛋白、外套膜基因和蛋白質(zhì),Nacrein, Pearlin, Pif, Regucalcin, Shematrin;同時(shí)從轉(zhuǎn)錄組中查找到10285個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點(diǎn)和7836個(gè)插入缺失位點(diǎn)(Indel)。 2.珍珠囊的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序共獲取了186158個(gè)高質(zhì)量read,組裝得到了21729個(gè)unique transcripts,從中篩...

【文章頁(yè)數(shù)】：69 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
目錄
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 自然界生物礦化的研究進(jìn)展
        1.1 貝殼的生物礦化
        1.2 魚(yú)耳石生物生物礦化
        1.3 骨的生物礦化
        1.4 牙齒的生物礦化
        1.5 病理結(jié)石的生物礦化
    2 實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)的應(yīng)用
        2.1 病原菌檢測(cè)
        2.2 病毒檢測(cè)
        2.3 檢測(cè)基因突變及臨床應(yīng)用
        2.4 基因表達(dá)檢測(cè)和流行病學(xué)中的應(yīng)用
    3. 本研究的目的與意義
第二章 馬氏珠母貝外套膜的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與分析
    1 材料與方法
        1.1. 實(shí)驗(yàn)材料
            1.1.1 樣品來(lái)源
            1.1.2 主要實(shí)驗(yàn)試劑及配制方法
            1.1.3 主要實(shí)驗(yàn)儀器
        1.2 實(shí)驗(yàn)方法
            1.2.1 RNA的提取和cDNA文庫(kù)的準(zhǔn)備
            1.2.2 焦磷酸測(cè)序
            1.2.3 序列加工和組裝
            1.2.4 序列注釋
            1.2.5 生物礦化相關(guān)的轉(zhuǎn)錄的鑒別
            1.2.6 鑒別SNPs、缺失多態(tài)性、SSR標(biāo)記
    2 結(jié)果
        2.1 454焦磷酸測(cè)序生成表達(dá)序列數(shù)據(jù)
        2.2 測(cè)序數(shù)據(jù)的組裝
        2.3 基因注釋
        2.4 高水平表達(dá)基因
        2.5 生物礦化相關(guān)的轉(zhuǎn)錄
        2.6 分子標(biāo)記
    3 討論
第三章 馬氏珠母貝珍珠囊轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析
    1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.1 樣品來(lái)源
        1.2 主要實(shí)驗(yàn)試劑及配制方法
        1.3 主要實(shí)驗(yàn)儀器
    2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.1 RNA提取和焦磷酸測(cè)序
        2.2 序列裝配和注釋
        2.3 鑒別潛在的分子標(biāo)記序列
        2.4 生物礦化相關(guān)轉(zhuǎn)錄的鑒定
    3 結(jié)果
        3.1 序列組裝
        3.2 基因注釋
        3.3 高表達(dá)水平基因
        3.4 生物礦化相關(guān)轉(zhuǎn)錄及其表達(dá)特性分析
        3.5 分子標(biāo)記
    4 討論
第四章 不同家系馬氏珠母貝中礦化基因的表達(dá)比較
    1 材料與方法
        1.1 材料
            1.1.1 樣品來(lái)源
            1.1.2 實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備
            1.1.3 試劑與耗材
        1.2. 實(shí)驗(yàn)方法
            1.2.1 RNA提取
            1.2.2 RNA濃度和質(zhì)量檢測(cè)
            1.2.3 純化mRNA與cDNA合成
            1.2.4 實(shí)時(shí)熒光定量PCR
            1.2.5 熔解曲線(xiàn)分析
            1.2.6 數(shù)據(jù)分析
    2. 結(jié)果
        2.1 四個(gè)礦化基因表達(dá)水平與家系、發(fā)育時(shí)期和外套膜不同部位的相關(guān)性
        2.2 礦化基因在家系間表達(dá)水平的差異性
        2.3 礦化基因在馬氏珠母貝外套膜不同部位表達(dá)水平的差異性
        2.4 不同取材時(shí)期礦化基因在馬氏珠母貝外套膜中的表達(dá)水平差異性
        2.5 四個(gè)礦化基因間表達(dá)水平的相關(guān)性
        2.6 四個(gè)礦化基因表達(dá)水平與家系表型性狀之間的相關(guān)性
    3 討論
參考文獻(xiàn)
在校期間科研成果
資助項(xiàng)目
致謝



本文編號(hào)：3772849