哈維氏弧菌(Vibrio harveyi)是引起半滑舌鰨(Cynoglossus semilaevis)弧菌病的主要病原之一,嚴(yán)重影響了半滑舌鰨工廠化養(yǎng)殖的發(fā)展。本論文利用高通量測序技術(shù),對抗病家系和易感家系半滑舌鰨以及哈維氏弧菌脅迫后的抗病家系和易感家系半滑舌鰨進行轉(zhuǎn)錄組測序,旨在獲得與抗哈維氏弧菌免疫應(yīng)答過程的免疫基因,為了解半滑舌鰨哈維氏弧菌脅迫下免疫應(yīng)答的生物學(xué)過程提供理論基礎(chǔ),篩選出與抗病性狀相關(guān)的基因和分子標(biāo)記,為抗病品系半滑舌鰨的選育提供可靠的資源。(1)使用Illumina HiSeq測序技術(shù)對4組半滑舌鰨的12個樣品進行測序,獲得高質(zhì)量的雙端150 bp測序數(shù)據(jù)。在12個RNA-seq文庫中共獲得合計10.95億條clean reads,使用TopHat2與半滑舌鰨參考基因組比對,71.32%的reads成功比對到基因組上,共注釋了23,088個基因,平均長度為2,485 bp。使用Cufflinks和ASprofiling,共獲得57,521個可變剪切事件,其中注釋的差異可變剪切24個,位于12個基因,并預(yù)測了805個新轉(zhuǎn)錄本。對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進一步挖掘,共獲得495,...

【文章頁數(shù)】：115 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 引言
    1.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)
    1.2 測序技術(shù)發(fā)展概況
        1.2.1 Roche 454 焦磷酸測序平臺
        1.2.2 Illumina測序平臺
        1.2.3 ABI的 SOLiD測序平臺
    1.3 高通量測序在轉(zhuǎn)錄組學(xué)中的應(yīng)用
        1.3.1 編碼蛋白質(zhì)基因注釋
        1.3.2 基因表達譜
        1.3.3 分子標(biāo)記的開發(fā)
        1.3.4 非編碼RNA的檢測
        1.3.5 轉(zhuǎn)錄本重排
        1.3.6 單細(xì)胞測序
    1.4 高通量測序在魚類研究中的應(yīng)用
    1.5 魚類免疫相關(guān)基因的研究進展
        1.5.1 魚類抗病免疫基因
        1.5.2 半滑舌鰨抗病免疫相關(guān)基因
    1.6 本研究的目的和意義
    1.7 技術(shù)路線及設(shè)計思路
第二章 半滑舌鰨轉(zhuǎn)錄組的初步分析
    2.1 引言
    2.2 材料與方法
        2.2.1 實驗用魚
        2.2.2哈維氏弧菌感染實驗
        2.2.3 樣品的采集與保存
        2.2.4 RNA提取和質(zhì)量檢測
        2.2.5 文庫構(gòu)建
        2.2.6 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估和過濾
        2.2.7 序列的比對分析
        2.2.8 新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測和可變剪切分析
        2.2.9 SNP和 InDel分析
        2.2.10 基因表達水平分析
        2.2.11 RNA-Seq整理質(zhì)量檢測
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 RNA提取
        2.3.2 原始數(shù)據(jù)質(zhì)量評估與初步分析
        2.3.3 參考序列比對分析
        2.3.4 可變剪切分析和新基因的預(yù)測
        2.3.5 SNP和 InDel分析
        2.3.6 基因表達水平分析
    2.4 討論
第三章 半滑舌鰨轉(zhuǎn)錄組比較分析
    3.1 引言
    3.2 材料與方法
        3.2.1 實驗數(shù)據(jù)
        3.2.2 樣本相關(guān)性分析
        3.2.3 差異表達基因的分析
        3.2.4 差異基因GO富集分析
        3.2.5 差異基因KEGG富集分析
        3.2.6 差異表達基因的qPCR驗證
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 RNA-seq相關(guān)性檢測
        3.3.2 不同實驗組基因表達水平對比
        3.3.3 差異表達分析
        3.3.4 差異表達基因的GO富集分析
        3.3.5 差異表達基因的KEGG富集分析
        3.3.6 Real-time qPCR驗證差異表達基因
    3.4 討論
第四章 轉(zhuǎn)錄組中長非編碼RNA的識別和分析
    4.1 引言
    4.2 材料與方法
        4.2.1 數(shù)據(jù)來源
        4.2.2 LncRNA的識別
        4.2.3 差異表達lncRNA的分析
        4.2.4 Real-time qPCR驗證
    4.3 結(jié)果與分析
        4.3.1 半滑舌鰨lncRNA識別
        4.3.2 lncRNA差異表達分析
        4.3.3 差異表達lncRNA的驗證
    4.4 討論
第五章 IL-6Rα和 GP130 基因的克隆與表達分析
    5.1 引言
    5.2 材料和方法
        5.2.1 實驗材料
        5.2.2 主要試劑
        5.2.3 引物
        5.2.4 實驗方法
    5.3 結(jié)果與分析
        5.3.1 il-6rα和 gp130 基因全長的克隆
        5.3.2 半滑舌鰨IL-6Rα和 GP130 系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析
        5.3.3 il-6rα和 gp130 基因組織表達分布
        5.3.4 哈維氏弧菌感染后il-6rα和 gp130 基因的表達變化
        5.3.5 il-6rα和 gp130 基因在抗病家系和易感家系中的表達差異
    5.4 討論
第六章 結(jié)論、創(chuàng)新點與展望
參考文獻
科研成果
致謝



本文編號：3749304