雜種優(yōu)勢作為一種重要的遺傳學(xué)現(xiàn)象,普遍存在于自然界中,其在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中已得到了廣泛的應(yīng)用,并取得了舉世矚目的成就。關(guān)于雜種優(yōu)勢的遺傳機制,爭論了近一個世紀未得到統(tǒng)一的結(jié)論,而高通量測序技術(shù)的發(fā)展為其提供了新思路和新方法。海洋貝類是我國重要的海水養(yǎng)殖品種,海灣扇貝（Argopecten irradians）和紫扇貝（Argopecten purpuratus）的成功雜交,不僅促進了貝類養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展,也為貝類雜種優(yōu)勢的研究提供了新的材料。本研究分別從基因組和轉(zhuǎn)錄組水平上對海灣扇貝、紫扇貝及其雜交貝進行了研究,為貝類雜種優(yōu)勢研究提供更多的線索和參考。1海灣、紫貝和海紫雜交貝基因組Survey分析本研究分別構(gòu)建了海灣扇貝、紫扇貝及其雜交子代的180 bp基因組短插入片段文庫,并進行了Solexa雙末端測序,共得到測序數(shù)據(jù)108.8Gb,測序深度分別為29,29和20。利用該數(shù)據(jù)對三種扇貝進行了基因組基本特征的分析,包括基因組大小、雜合度、重復(fù)序列、GC含量等。雜交貝的基因組大小約是海灣扇貝和紫扇貝之和,且其基因組雜合度極低,如同一個單倍體,推測其分別繼承了兩親本的各一套染色體且未發(fā)生大規(guī)模染色體... 

【文章頁數(shù)】：137 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻綜述
    第一節(jié) 雜種優(yōu)勢及其產(chǎn)生機制的研究進展
        0 引言
        1 雜種優(yōu)勢及其應(yīng)用
        2 雜種優(yōu)勢經(jīng)典遺傳假說
            2.1 顯性假說
            2.2 超顯性假說
            2.3 上位效應(yīng)
            2.4 雜種優(yōu)勢的其它假說
    第二節(jié) 雜種優(yōu)勢基因組學(xué)研究
        0 引言
        1 高通量測序技術(shù)及其發(fā)展現(xiàn)狀
            1.1 454測序技術(shù)
            1.2 Solexa測序技術(shù)
            1.3 SOLiD測序技術(shù)
            1.4 第三代測序技術(shù)
        2 高通量測序技術(shù)在雜種優(yōu)勢研究中的應(yīng)用
            2.1 基因組水平的研究
            2.2 轉(zhuǎn)錄組水平的研究
            2.3 DNA甲基化分析
    第三節(jié) 海洋貝類雜交育種及雜種優(yōu)勢研究進展
        0 引言
        1 海洋貝類雜交育種研究進展
            1.1 海洋貝類雜交育種研究進展
            1.2 海灣扇貝與紫貝種間雜交研究
        2 貝類雜種優(yōu)勢研究進展
        3 本研究的目的和意義
第二章 海灣、紫貝和海紫雜交貝基因組Survery分析
    0 引言
    第一節(jié) 海灣、紫貝和雜交貝基因組Survery分析
        1 材料和方法
            1.1 實驗材料來源
            1.2 海灣、紫貝及雜交貝基因組DNA提取
            1.3 短插入片段基因組文庫的構(gòu)建及測序
            1.4 測序數(shù)據(jù)的處理分析
        2 結(jié)果與討論
            2.1 測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計
            2.2 K-mer分布及基因組大小評估
            2.3 基因組雜合度、重復(fù)序列及GC含量評價
    第二節(jié) 海灣、紫貝和雜交貝基因組denovo拼接
        1 方法
        2 結(jié)果與討論
    第三節(jié) 海灣、紫貝及雜交貝比較基因組分析
        1 方法
            1.1 海灣、紫貝基因組比較
            1.2 雜交貝與兩親本基因組比較
        2 結(jié)果與討論
            2.1 海灣、紫貝基因組比較
            2.2 雜交貝與兩親本基因組比較
第三章 海紫雜交和海灣自交家系標記偏分離分析
    0 引言
    第一節(jié) 海紫雜交及海灣自交家系構(gòu)建及SNP標記分型
        1 材料和方法
            1.1 雜交及自交家系構(gòu)建
            1.2 雜交及自交家系基因組DNA的提取
            1.3 雜交及自交家系2b-RAD文庫的構(gòu)建及測序
            1.4 測序數(shù)據(jù)預(yù)處理及基因分型
        2 結(jié)果與討論
            2.1 海灣×紫貝雜交家系及海灣自交家系構(gòu)建情況
            2.2 測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計
            2.3 雜交及自交家系基因分型
    第二節(jié) 雜交及自交家系SNP標記偏分離分析
        1 方法
        2 結(jié)果
            2.1 雜交家系偏分離情況
            2.2 自交家系偏分離情況
        3 討論
    第三節(jié) 雜交自交共享SNP偏分離分析
        1 方法
            1.1 雜交自交家系共享SNP標記統(tǒng)計
            1.2 共享SNP偏分離統(tǒng)計分析
            1.3 雜種優(yōu)勢候選位點基因注釋
        2 結(jié)果
            2.1 雜交及自交家系共享SNP情況
            2.2 共享SNP分離分析
            2.3 偏分離位點注釋
        3 討論
第四章 高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建及重要經(jīng)濟性狀的QTL定位
    0 引言
    第一節(jié) 海灣×紫貝雜交家系高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
        1 方法
            1.1 高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
        2 結(jié)果
            2.1 海灣扇貝高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
            2.2 紫扇貝高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
        3 討論
    第二節(jié) 海灣自交家系高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
        1 方法
        2 結(jié)果與討論
            2.1 高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
            2.2 偏分離聚集區(qū)統(tǒng)計
        3 討論
    第三節(jié) 雜交及自交家系重要經(jīng)濟性狀的QTL定位
        1 方法
            1.1 重要經(jīng)濟性狀的統(tǒng)計分析
            1.2 重要經(jīng)濟性狀的QTL定位
            1.3 QTL位點注釋
        2 結(jié)果與討論
            2.1 生長相關(guān)性狀分布情況
            2.2 生長相關(guān)性狀相關(guān)性分析
            2.3 生長相關(guān)性狀主成分分析
            2.4 生長相關(guān)性狀QTL定位
            2.5 殼色性狀的QTL定位
            2.6 QTL位點注釋信息
        3 討論
第五章 海紫雜交貝與親本表達譜差異分析
    0 引言
    第一節(jié) 海灣、紫貝及雜交貝閉殼肌轉(zhuǎn)錄組測序
        1 材料和方法
            1.1 實驗材料來源
            1.2 RNA-seq文庫構(gòu)建及測序
            1.3 測序數(shù)據(jù)處理
            1.4 海灣、紫貝轉(zhuǎn)錄組拼接
            1.5 海灣、紫貝轉(zhuǎn)錄組功能注釋、分類及代謝通路分析
        2 結(jié)果與討論
            2.1 測序數(shù)據(jù)處理
            2.2 海灣、紫貝轉(zhuǎn)錄組拼接
            2.3 海灣、紫貝轉(zhuǎn)錄組功能注釋
            2.4 海灣、紫貝轉(zhuǎn)錄組GO注釋
            2.5 海灣、紫貝轉(zhuǎn)錄組代謝通路分析
    第二節(jié) 海灣、紫貝比較轉(zhuǎn)錄組分析
        1 方法
            1.1 功能注釋比較
            1.2 同源序列聚類分析
        2 結(jié)果
            2.1 功能注釋比較
            2.2 同源序列比較
        3 討論
    第三節(jié) 海紫雜交貝與其親本表達譜差異分析
        1 方法
            1.1 海灣、紫貝及雜交貝表達量計算
            1.2 海灣、紫貝及雜交貝差異表達分析
            1.3 差異基因功能注釋及富集分析
        2 結(jié)果
            2.1 海灣、紫貝及雜交貝基因差異表達分析
            2.2 海灣、紫貝及雜交貝差異基因表達模式分析
            2.3 差異表達基因功能富集分析
        3 討論
參考文獻
附錄
致謝
個人簡歷
學(xué)術(shù)成果


【參考文獻】：
期刊論文
[1]香港牡蠣（Crassostrea hongkongensis）與長牡蠣（Crassostrea gigas）種間雜種遺傳力評估[J]. 張躍環(huán),王昭萍,喻子牛,閆喜武.  海洋與湖沼. 2014(06)
[2]牛亞科幾個物種的起源及其種間雜交研究進展[J]. 亐開興,黃必志,昝林森.  中國牛業(yè)科學(xué). 2014(03)
[3]尼羅羅非魚（♀）×薩羅羅非魚（♂）雜交后代F1、F2形態(tài)性狀的遺傳與變異[J]. 郭金濤,趙金良,甘遠迪,羅明坤,李思發(fā),葉衛(wèi),符云,陳輝崇.  中國水產(chǎn)科學(xué). 2014(02)
[4]雜色鮑群體間雜交的雜種優(yōu)勢分析[J]. 林壯炳,游偉偉.  南方水產(chǎn)科學(xué). 2013(04)
[5]番茄主要品質(zhì)性狀的雜種優(yōu)勢[J]. 梁瑞,張喜春,唐延晨.  中國農(nóng)學(xué)通報. 2012(19)
[6]肉兔生產(chǎn)中的雜種優(yōu)勢[J]. 張翔宇,張翠霞,楊超,鄺良德.  中國養(yǎng)兔. 2012(04)
[7]高通量測序技術(shù)在動植物研究領(lǐng)域中的應(yīng)用[J]. 岳桂東,高強,羅龍海,王軍一,許姣卉,尹燁.  中國科學(xué):生命科學(xué). 2012(02)
[8]小尾寒羊雜交利用研究現(xiàn)狀[J]. 李紅燕,陳幻喜,季建莉.  中國畜禽種業(yè). 2011(12)
[9]長牡蠣（Crassostrea gigas）與熊本牡蠣（C. sikamea）雜交的受精細胞學(xué)觀察及子一代的生長比較[J]. 滕爽爽,李琪,李金蓉.  海洋與湖沼. 2010(06)
[10]日本盤鮑與皺紋盤鮑雜交育種技術(shù)研究[J]. 李翹楚,李琪,李成林,胡煒.  齊魯漁業(yè). 2010(09)

博士論文
[1]蝦夷扇貝（Patinopecten yessoensis）近交衰退的生物學(xué)效應(yīng)及遺傳機理研究[D]. 傅強.中國海洋大學(xué) 2014
[2]蝦夷扇貝基因組結(jié)構(gòu)特征與進化基因組學(xué)分析[D]. 侯睿.中國海洋大學(xué) 2012
[3]海灣扇貝微衛(wèi)星標記的開發(fā)及遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建[D]. 李宏俊.中國科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2009
[4]長牡蠣的分子標記篩選和遺傳圖譜構(gòu)建[D]. 李莉.中國科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2003

碩士論文
[1]英國和西班牙進口大菱鲆雜交子一代的雜種優(yōu)勢分析[D]. 季士治.中國海洋大學(xué) 2006



本文編號：3686530