發(fā)布時間：2020-05-23 03:43

【摘要】：錦鯉(Cyprinus carpio var.Koi),隸屬鯉科,是鯉魚的一個變種,因其體色變化豐富多彩,變幻多姿,是一種全球范圍內(nèi)重要的觀賞魚類。其中,紅白錦鯉為最常見品種,本文主要以紅白錦鯉作為主要的研究材料,研究體色差異的分子機制,本文通過RNA-Seq技術(shù)對紅白錦鯉的紅皮和白皮兩個樣本的轉(zhuǎn)錄組進行研究,得到的結(jié)果如下:1.采用雙端100 nt Illumina Hiseq測序,在紅皮與白皮樣本中分別得到1.03千萬條雙末端序列,以已發(fā)布的鯉魚基因組做參考,由Cufflinks對測序reads進行比對、組裝和整合,共得到85,823條組裝后的轉(zhuǎn)錄本,其中81,959(95.3%)條轉(zhuǎn)錄本能夠比對到參考基因組中,剩余3,846條轉(zhuǎn)錄本在基因組的覆蓋區(qū)域與參考注釋轉(zhuǎn)錄本不一致,這些轉(zhuǎn)錄本來自3,157個不同的基因區(qū)域,其中437個比對到外顯子反義鏈上的基因,2,720個比對到基因間隔區(qū)域。2.未比對到參考基因組的3,157個基因用Transcoder以及BLASTX進行預(yù)測和比對,預(yù)測到2,295潛在編碼蛋白的基因,剩余的862個基因與ENSEMBL中硬骨魚nc RNA數(shù)據(jù)庫以及NONCODE數(shù)據(jù)庫進行BLASTN比對,共有143個基因找到同源的已知nc RNA。3.用Cuffdiff、DESeq和edge R根據(jù)比對后所得FPKM值,對轉(zhuǎn)錄本在紅皮與白皮中的表達量差異進行分析,分別得到169,453,1453個差異基因,共同的差異基因為62個,其中52個在紅皮與白皮中都表達,但表達存在差異,有2個在紅皮特異表達,8個在白皮中特異表達。通過q RT-PCR對52個差異基因在紅皮與白皮中的表達模式進行驗證,結(jié)果顯示有3個基因表達模式與RNA-Seq不一致,有3個基因表達不顯著,有46個基因表達與RNA-Seq結(jié)果一致且在紅皮與白皮中的表達差異顯著。4.對差異基因用BS-PCR法進行甲基化分析,其中錦鯉的gpib基因與klf4a基因甲基化存在差異,gpib在紅皮中甲基化較高為83.98%,在白皮中為68.68%;klf4a在白皮中的甲基化程度較高為95.8%,在紅皮中的甲基化程度為79.8%,這與RNA-Seq結(jié)果和q RT-PCR結(jié)果成反比,說明甲基化可能參與基因的表達調(diào)控。在本研究中,使用RNA-Seq技術(shù)得到錦鯉紅白皮膚的轉(zhuǎn)錄組序列,得到其體色的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),并對紅白體色中表達差異的基因進行注釋和表達量驗證,得到了紅白皮差異基因表達譜,對其中兩個差異基因可能的甲基化修飾進行了實驗分析,探究其表觀遺傳機制,為今后研究其皮膚中的體色機制提供理論基礎(chǔ)。
【學(xué)位授予單位】：大連海洋大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S917.4

【參考文獻】

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本文編號：2677093