高通量測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步加速了人們對(duì)非模式生物的轉(zhuǎn)錄組研究。絞股藍(lán)是葫蘆科絞股藍(lán)屬一種重要的中藥材,含有與人參皂苷結(jié)構(gòu)相似的絞股藍(lán)皂苷以及黃酮、多糖等多種有效成分。但絞股藍(lán)屬內(nèi)物種之間由于形態(tài)特征交叉過(guò)渡現(xiàn)象嚴(yán)重,導(dǎo)致種間分類和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系一直模糊。且以前的研究所涉及的種間關(guān)系只包含少數(shù)物種,沒(méi)有從根本上解決該屬的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。本研究采用Illumina HiSeq TM2000測(cè)序技術(shù)對(duì)絞股藍(lán)屬的絞股藍(lán)和心籽絞股藍(lán)兩個(gè)物種進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。經(jīng)組裝后分別獲得了 40257個(gè)和44000個(gè)unigene,將二者合并后共獲得了 71607個(gè)非冗余unigene,比較后獲得了 4517個(gè)差異表達(dá)基因,將這些非冗余unigene和差異基因分別在Nr、Swissprot、GO、COG和KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行了注釋,通過(guò)對(duì)注釋的結(jié)果初步總結(jié)和分析,獲得了絞股藍(lán)屬中三萜皂苷合成相關(guān)的酶基因。分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)是分析群體遺傳結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ),本研究用MISA軟件在71607個(gè)unigene中搜索到了 3891個(gè)EST-SSR位點(diǎn),其中2586個(gè)位點(diǎn)能夠成功設(shè)計(jì)引物。我們隨機(jī)選擇了 360個(gè)位點(diǎn)在6個(gè)絞股藍(lán)個(gè)體中進(jìn)行驗(yàn)...

【文章頁(yè)數(shù)】：126 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖２－３．比對(duì)到蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)的Ｕｎｉｇｅｎｅｓ的長(zhǎng)度分布（Ｕｎｉｇｅｎｅｓ越長(zhǎng)比對(duì)到蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)??的比例越大）??

ｃａｃａｏ??ｍｅｄｉｃａｇｏ?ｔｒｕｎｃａｔｕｌａ??圖２－２：絞股藍(lán)屬兩個(gè)物種ＢＬＡＳＴＸ到數(shù)據(jù)庫(kù)中的物種分布??Ｆｉｇｕｒｅ２－２?：?Ｔｏｐ－ｈｉｔ?ｓｐｅｃｉｅｓ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ＢＬＡＳＴＸ?ｍａｔｃｈｅｓ?ｏｆ?ｔｒｖｏ?Ｇｙｎｏｓｔｅｍｍａ?ｓｐｅ....

圖２－４．?Ｕｎｉｇｅｎｅ的ＧＯ分類（主要分為３大類：生物過(guò)程，細(xì)胞組成和分子功能，共??３５％８的ｕｎｉｇｅｎｅ比對(duì)到ＧＯ數(shù)據(jù)庫(kù)中）??Ｆｉｇｕｒｅ?２－４．?Ｇｅｎｅ?Ｏｎｔｏｌｏｇｙ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ａｓｓｅｍｂｌｅｄ?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ．?Ｔｈｅ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ａｒｅ??

Ｒ：Ｇｅｎｅｒａｌ?ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ?ｏｎｌｙ??Ｓ：Ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｕｎｋｎｏｗｎ??圖２＿５注釋到ＣＯＧ數(shù)據(jù)庫(kù)中的Ｕｎｉｇｅｎｅ的分類，共有２Ｏ５８５個(gè)Ｕｎｉｇｅｎｅ注釋到了??ＣＯＧ數(shù)據(jù)庫(kù)的２５個(gè)類別中??Ｆｉｇｕｒｅ?２－５．?Ｈｉｓｔｏｇｒａｍ?....

圖２－６差異表達(dá)基因ＭＡ圖??

?２．４．３差異表達(dá)基因篩選結(jié)果??對(duì)絞股藍(lán)和心籽絞股藍(lán)進(jìn)行Ｕｎｉｇｅｎｅ表達(dá)差異分析，圖２－６顯示了這兩個(gè)物種中整??體的差異情況。從數(shù)量上來(lái)說(shuō)，絞股藍(lán)與心籽絞股藍(lán)相比，共發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)的??Ｕｎｉｇｅｎｅ?４５１７個(gè)（表２－５），其中上調(diào)的有１９８９個(gè)，下調(diào)的有２５２８?jìng)�(gè)（圖２....

圖２－７：絞股萊和心籽絞股藍(lán)差異表達(dá)基因的ＧＯ分類圖

?２．４．３差異表達(dá)基因篩選結(jié)果??對(duì)絞股藍(lán)和心籽絞股藍(lán)進(jìn)行Ｕｎｉｇｅｎｅ表達(dá)差異分析，圖２－６顯示了這兩個(gè)物種中整??體的差異情況。從數(shù)量上來(lái)說(shuō)，絞股藍(lán)與心籽絞股藍(lán)相比，共發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)的??Ｕｎｉｇｅｎｅ?４５１７個(gè)（表２－５），其中上調(diào)的有１９８９個(gè)，下調(diào)的有２５２８?jìng)�(gè)（圖２....

本文編號(hào)：3991632