馬鞭草(Verbena officinalis Linn.),多年生草本植物,為馬鞭草科(Verbenaceae)馬鞭草屬(Verbena)植物。馬鞭草在我國是一種歷史悠久的傳統(tǒng)藥用植物,其研究主要都集中在藥理作用、化學(xué)成分等方面,關(guān)于其譜系結(jié)構(gòu)、遺傳格局方面的研究幾乎沒有。本研究基于三種分子標(biāo)記(cpDNA、nrDNA、SSR),以細(xì)葉美女櫻(Verbenatenera)為外類群,對我國22個馬鞭草居群進(jìn)行親緣地理學(xué)和遺傳結(jié)構(gòu)的分析,以此來說明馬鞭草在我國的遺傳多樣性水平、歷史動態(tài)、分布格局等方面的特征。1.親緣地理學(xué)分析利用cpDNA序列、ITS序列分析馬鞭草在我國的演化歷程。從通用葉綠體引物中篩選出2對引物(trnL-trnF、psbD-trnT)進(jìn)行分析。trnL-trnF序列在國內(nèi)居群中產(chǎn)生2種單倍型,其變異位點百分率為0.11%,單倍型多態(tài)性Hd=0.087,核苷酸多態(tài)性π=0.00010;psbD-trnT在國內(nèi)的居群中僅占有3種單倍型,其變異位點百分率為1.8%,單倍型多態(tài)性Hd= 0.345,核苷酸多態(tài)性π=0.00046;ITS序列產(chǎn)生2種單倍型,其變異位點百分率為...

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【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第1章 引言
    1.1 馬鞭草植物概述
        1.1.1 馬鞭草的生物學(xué)和生態(tài)學(xué)特征
        1.1.2 馬鞭草的國內(nèi)外研究進(jìn)展
    1.2 馬鞭草研究中存在的問題
    1.3 譜系地理學(xué)
        1.3.1 譜系地理學(xué)概念及研究內(nèi)容
        1.3.2 譜系地理學(xué)相關(guān)理論
    1.4 本實驗使用的分子標(biāo)記
        1.4.1 葉綠體DNA分子標(biāo)記
        1.4.2 核基因ITS分子標(biāo)記
        1.4.3 簡單重復(fù)序列分子標(biāo)記(SSR)
    1.5 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)
    1.6 研究內(nèi)容和意義
        1.6.1 研究內(nèi)容
        1.6.2 研究意義
第2章 親緣地理學(xué)分析
    2.1 實驗材料和方法
        2.1.1 樣本材料的采集
        2.1.2 實驗儀器和主要試劑
    2.2 實驗方法
        2.2.1 基因組DNA的提取
        2.2.2 cpDNA引物篩選
        2.2.3 ITS序列引物信息
        2.2.4 數(shù)據(jù)處理與分析
    2.3 實驗結(jié)果與分析
        2.3.1 引物篩選結(jié)果
        2.3.2 葉綠體序列分析
        2.3.3 ITS序列分析
        2.3.4 聯(lián)合數(shù)據(jù)分析
    2.4 討論
        2.4.1 引物篩選結(jié)果
        2.4.2 ITS和cpDNA進(jìn)化特點分析
        2.4.3 馬鞭草單倍型親緣關(guān)系
        2.4.4 馬鞭草居群歷史動態(tài)
    2.5 本章小結(jié)
第3章 馬鞭草轉(zhuǎn)錄組測序和SSR位點分析
    3.1 實驗材料來源
    3.2 實驗方法
        3.2.1 轉(zhuǎn)錄組測序方法
        3.2.2 SSR位點搜索
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 馬鞭草轉(zhuǎn)錄組RNA提取結(jié)果
        3.3.2 馬鞭草轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)質(zhì)控
        3.3.3 馬鞭草SSR位點類型與特點
        3.3.4 馬鞭草轉(zhuǎn)錄組SSR重復(fù)次數(shù)
    3.4 討論
    3.5 本章小結(jié)
第4章 基于SSR的馬鞭草的群體遺傳多樣性
    4.1 實驗材料與方法
        4.1.1 實驗材料
        4.1.2 實驗方法
    4.2 SSR數(shù)據(jù)的讀取以及統(tǒng)計分析
    4.3 實驗結(jié)果與分析
        4.3.1 SSR引物篩選結(jié)果與位點分析
        4.3.2 馬鞭草群體的哈迪—溫伯格平衡檢測和遺傳多樣性分析
        4.3.3 馬鞭草主成分分析
        4.3.4 群體聚類分析
        4.3.5 群體的Structure結(jié)構(gòu)分析
        4.3.6 遺傳分化分析與分子方差分析
        4.3.7 IBD分析
        4.3.8 瓶頸效應(yīng)檢測
    4.4 討論
        4.4.1 馬鞭草遺傳多樣性
        4.4.2 馬鞭草居群雜合子過剩現(xiàn)象
        4.4.3 馬鞭草遺傳結(jié)構(gòu)與遺傳分化
        4.4.4 馬鞭草瓶頸效應(yīng)的驗證
        4.4.5 關(guān)于馬鞭草為外來植物的推測
    4.5 本章小結(jié)
第5章 結(jié)論與展望
    5.1 結(jié)論
    5.2 展望
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄A 常用的20對cpDNA引物序列及退火溫度
附錄B 部分馬鞭草cpDNA測序結(jié)果
附錄C 馬鞭草圖片
攻讀碩士學(xué)位期間的研究成果



本文編號：3836990