南方野生稻(Oryza meridionalis)屬于AA染色體組型野生稻,是野生稻家族中的重要成員,南方野生稻因生長環(huán)境惡劣而含有豐富的有利基因,是對栽培稻進(jìn)行改良的天然種質(zhì)資源庫。南方野生稻有利基因挖掘方面的研究報道較少,其中南方野生稻抗極端溫度的研究更是鮮有報道。為了有效的挖掘南方野生稻的優(yōu)良基因,特別是在抗高溫和抗低溫的相關(guān)基因,本實(shí)驗(yàn)采用HiSeq2500 PE125雙末端測序法,對高溫(42?C)和低溫(4?C)脅迫處理的四葉期幼苗的轉(zhuǎn)錄譜進(jìn)行高通量測序,然后進(jìn)行序列拼接、功能注釋和差異基因篩選、同源序列比對等,主要結(jié)果如下。南方野生稻轉(zhuǎn)錄譜測序分析結(jié)果表明,從對照組、高溫組、低溫組3個樣品中得到clean reads21.34Gb,各樣品Clean Data均達(dá)到3.32Gb,通過Trinity軟件拼接,得到36817條unigenes,通過重復(fù)間相關(guān)性評估,測序結(jié)果較為可靠。轉(zhuǎn)錄譜基因功能注釋分析結(jié)果表明,在36817條unigenes中有32161條(87.35%)在NR、COG、GO、KEGG四個數(shù)據(jù)庫中注釋成功,4656條unigenes在數(shù)據(jù)庫中沒有找到同原序列...

【文章頁數(shù)】：77 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
1 前言
    1.1 野生稻的研究現(xiàn)狀
        1.1.1 野生稻抗病性狀相關(guān)研究
        1.1.2 野生稻抗旱性狀相關(guān)研究
        1.1.3 野生稻抗冷性狀相關(guān)研究
        1.1.4 野生稻高產(chǎn)性狀相關(guān)研究
        1.1.5 野生稻耐熱性狀相關(guān)研究
    1.2 植物溫度脅迫研究的進(jìn)展
        1.2.1 植物抗極端溫度相關(guān)基因的研究進(jìn)展
        1.2.2 溫度脅迫蛋白質(zhì)組學(xué)的研究進(jìn)展
    1.3 溫度脅迫響應(yīng)機(jī)制
    1.4 本研究的目的和意義
2 材料與方法
    2.1 試驗(yàn)材料
    2.2 試驗(yàn)方法
        2.2.1 植物材料的生長及處理
        2.2.2 Trizol法提取總RNA
        2.2.3 總RNA質(zhì)量檢測
        2.2.4 Illumina測序及數(shù)據(jù)分析
            2.2.4.1 Illumina測序流程
            2.2.4.2 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估和過濾
            2.2.4.3 轉(zhuǎn)錄本的拼接
            2.2.4.4 轉(zhuǎn)錄本基因功能注釋和分析
            2.2.4.5 差異基因表達(dá)分析
        2.2.5 南方野生稻轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)本地BLAST
        2.2.6 南方野生稻同源序列比對分析
        2.2.7 熒光定量PCR驗(yàn)證
3 結(jié)果與分析
    3.1 南方野生稻幼苗溫度脅迫表達(dá)譜分析
        3.1.1 測序樣品總RNA質(zhì)量檢測
        3.1.2 測序結(jié)果及質(zhì)量控制
        3.1.3 轉(zhuǎn)錄本的拼接
        3.1.4 基因注釋及功能分類
            3.1.4.1 基因注釋
            3.1.4.2 功能分類
        3.1.5 差異表達(dá)基因分析
        3.1.6 差異基因富集分析
    3.2 熒光定量PCR驗(yàn)證
    3.3 南方野生稻同源序列比對分析
4 討論與結(jié)論
    4.1 討論
        4.1.1 轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果和有利基因發(fā)掘
        4.1.2 南方野生稻極端溫度條件下的響應(yīng)基因
            4.1.2.1 南方野生稻高溫脅迫相關(guān)基因的分析
            4.1.2.2 南方野生稻低溫脅迫相關(guān)基因的分析
        4.1.3 高溫和低溫脅迫下差異基因表達(dá)通路差異
    4.2 結(jié)論
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄A
附錄B
附錄C



本文編號：3832268