甘藍(lán)型油菜廣泛分布于世界各地,是重要的油料作物之一。甘藍(lán)型油菜是在5,000到10,000年前,由白菜和甘藍(lán)雜交和染色體自然加倍形成而來的。在自然和人工選擇的過程中,甘藍(lán)型油菜產(chǎn)生了豐富的遺傳變異和表型變異。本研究利用收集的代表性甘藍(lán)型油菜種質(zhì)資源324份,通過高通量測序和生物信息分析,鑒定了種質(zhì)資源群體中的DNA序列或基因組片段丟失變異（大片段的deletion）,并通過全基因組關(guān)聯(lián)分析方法研究了序列丟失位點(diǎn)所關(guān)聯(lián)的重要性狀;對甘藍(lán)型油菜春性、冬性和半冬性代表性品種進(jìn)行了進(jìn)一步結(jié)構(gòu)變異比較分析,以解析不同生態(tài)適應(yīng)型甘藍(lán)型油菜差異形成的遺傳基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:1.對324份甘藍(lán)型油菜品種資源進(jìn)行7倍平均測序深度的重測序,通過序列比對和生物信息分析鑒定每個材料中的序列丟失引起的結(jié)構(gòu)變異,共鑒定到2,906,978個序列丟失位點(diǎn)�；阼b定的大片段序列丟失變異對該群體構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹,清晰地將所有材料分為了3個亞群。2.以上述群體的序列丟失引起的結(jié)構(gòu)變異作為基因型,對18個重要性狀分別進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,共鑒定了39個序列丟失變異關(guān)聯(lián)區(qū)域。以千粒重和硫苷含量性狀為例,同本課題組利用SN... 

【文章頁數(shù)】：63 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
英文縮略表
第一章 引言
    1.1 甘藍(lán)型油菜概況
        1.1.1 甘藍(lán)型油菜的起源與進(jìn)化
        1.1.2 我國油菜的發(fā)展與分布
    1.2 測序的歷史及在重要農(nóng)作物中的應(yīng)用
        1.2.1 基因組測序的歷史
        1.2.2 重要農(nóng)作物基因組的發(fā)布
        1.2.3 高通量測序技術(shù)在農(nóng)作物中的應(yīng)用
    1.3 甘藍(lán)型油菜測序發(fā)展及高通量測序在油菜中的應(yīng)用
        1.3.1 甘藍(lán)型油菜親本基因組的測序以及組裝
        1.3.2 甘藍(lán)型油菜基因組的測序以及組裝
        1.3.3 高通量測序在油菜中的應(yīng)用
    1.4 結(jié)構(gòu)變異及其檢測方式
        1.4.1 結(jié)構(gòu)變異
        1.4.2 結(jié)構(gòu)變異檢測方式
    1.5 關(guān)聯(lián)分析的研究進(jìn)展及應(yīng)用
        1.5.1 連鎖不平衡
        1.5.2 關(guān)聯(lián)分析的應(yīng)用
        1.5.3 結(jié)構(gòu)變異與植物表型的關(guān)聯(lián)
    1.6 本研究的目的及意義
第二章 甘藍(lán)型油菜大片段序列丟失引起的結(jié)構(gòu)變異及全基因組關(guān)聯(lián)分析
    2.1 引言
    2.2 材料來源
    2.3 方法
        2.3.1 DNA提取及測序
        2.3.2 測序數(shù)據(jù)處理分析
            2.3.2.1 原始測序數(shù)據(jù)處理
            2.3.2.2 數(shù)據(jù)比對及預(yù)處理
            2.3.2.3 大片段序列丟失引起的結(jié)構(gòu)變異檢測
            2.3.2.4 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
        2.3.3 表型數(shù)據(jù)的處理
    2.4 結(jié)果
        2.4.1 油菜群體水平大片段序列丟失引起的結(jié)構(gòu)變異分析
        2.4.2 大片段序列丟失長度分布
        2.4.3 部分高深度測序甘藍(lán)型油菜中多種類型結(jié)構(gòu)變異檢測
        2.4.4 基于大片段序列丟失引起的結(jié)構(gòu)變異的群體親緣關(guān)系分析
        2.4.5 基于大片段序列丟失引起的結(jié)構(gòu)變異的全基因組關(guān)聯(lián)分析
        2.4.6 大片段序列丟失引起的結(jié)構(gòu)變異與硫苷含量關(guān)系分析
    2.5 討論
第三章 春性、半冬性、冬性甘藍(lán)型油菜代表性品種間的結(jié)構(gòu)變異分析
    3.1 引言
    3.2 材料和方法
        3.2.1 DNA提取及測序
        3.2.2 基因組變異檢測及注釋分析
        3.2.3 GO富集分析
    3.3 結(jié)果
        3.3.1 數(shù)據(jù)測序、質(zhì)量評估和比對
        3.3.2 結(jié)構(gòu)變異(SV)的檢測及注釋
        3.3.3 拷貝數(shù)變異(CNV)檢測及注釋
        3.3.4 GO富集分析
    3.4 討論
第四章 全文結(jié)論
第五章 創(chuàng)新點(diǎn)與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡歷


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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[2]油料作物油脂合成相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄、克隆和功能比較研究[D]. 胡亞平.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2009

碩士論文
[1]甘藍(lán)型油菜含油量性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 段繼鳳.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013



本文編號：3649995