地黃（Rehmannia glutinosa L.）為玄參科地黃屬多年生草本植物,是我國(guó)常用大宗藥材,市場(chǎng)需求量大。地黃的種植長(zhǎng)期受限于連作障礙,連作地黃往往出現(xiàn)植株矮小,塊根膨大受阻,產(chǎn)量和品質(zhì)顯著性下降,甚至絕收。連作障礙已經(jīng)嚴(yán)重影響了地黃的可持續(xù)生產(chǎn),成為制約當(dāng)?shù)刂兴幃a(chǎn)業(yè)和經(jīng)濟(jì)發(fā)展的重大問(wèn)題。為了探尋地黃響應(yīng)連作障礙的應(yīng)答過(guò)程,進(jìn)一步揭示地黃連作障礙的分子機(jī)理,本研究以溫“85-5”為實(shí)驗(yàn)材料,開(kāi)展了如下研究工作:1、頭茬、重茬地黃不同發(fā)育時(shí)期基因表達(dá)的差異分析。本課題組前期結(jié)合組織解剖學(xué)以及地黃表型分析確認(rèn),拉線(xiàn)期和膨大前期是地黃響應(yīng)連作障礙的兩個(gè)關(guān)鍵時(shí)期,而觀察到膨大前期微管形成層的出現(xiàn),暗示該時(shí)期為地黃膨大最關(guān)鍵時(shí)期,亦可能是連作響應(yīng)最核心時(shí)期。為了深入挖掘地黃生長(zhǎng)的分子機(jī)制以及證實(shí)響應(yīng)連作發(fā)生的關(guān)鍵期,本研究用數(shù)字基因表達(dá)譜技術(shù)分別對(duì)頭、重茬地黃苗期（不定根）、拉線(xiàn)期（纖維根形成）、膨大前期（塊根形成前期）、膨大中期（塊根形成中期）和膨大后期（塊根形成后期）基因表達(dá)情況進(jìn)行分析。結(jié)果如下:A.差異表達(dá)基因的數(shù)目。本研究從縱向和橫向兩個(gè)方面對(duì)頭茬和重茬差異表達(dá)的基因數(shù)目進(jìn)行... 

【文章來(lái)源】：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)河南省

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數(shù)字基因表達(dá)譜測(cè)序(RNA-seq)技術(shù)原理

圖 1-1 Tags 制備的原理和步驟Fig.1-1 Principle and procedure of tags preparation數(shù)字基因表達(dá)譜測(cè)序（RNA-seq）技術(shù)[73,74]是最新推出的批量定量基因的方法，可進(jìn)行基因組水平的基因差異表達(dá)研究。用片tion buffer）代替 DGE 中的 NlaIII 酶切，在高溫條件下使 mRNA 片行建庫(kù)（如圖 1-2）。DGE 檢測(cè)到的轉(zhuǎn)錄本或者基因必須包含 CAT不含此識(shí)別位點(diǎn)的基因則成為了漏網(wǎng)之魚(yú)，而 RNA-seq 采用轉(zhuǎn)錄組的獲得樣品中所有帶有 polyA 的轉(zhuǎn)錄本信息。因此 RNA-seq 比 DG更多，在定量分析上更準(zhǔn)確、重復(fù)性更高、檢測(cè)到的范圍更廣等特以通過(guò)去除 rRNA 的方法去分析原核生物的差異基因表達(dá)情況，而

（4）測(cè)序質(zhì)量評(píng)估：各類(lèi) reads 所占比例分布的情況，其結(jié)果可以衡量原始數(shù)據(jù)中雜質(zhì)數(shù)據(jù)的多少。（5）測(cè)序飽和度分析：測(cè)序飽和度分析可以在一定范圍上判定測(cè)序的數(shù)據(jù)量是否滿(mǎn)足實(shí)驗(yàn)的需求。一般是隨著測(cè)序數(shù)據(jù)量(reads 數(shù)量)的增多，檢測(cè)到的基因數(shù)也隨之增多，當(dāng)測(cè)序量達(dá)到一定范圍后其能檢測(cè)到的基因數(shù)的增長(zhǎng)速度就會(huì)越來(lái)越慢，直至平緩的保持在一個(gè)范圍，此時(shí)表明檢測(cè)到的基因數(shù)已經(jīng)趨于飽和。（6）測(cè)序隨機(jī)性分析：用所測(cè)到的 reads 在轉(zhuǎn)錄組上隨機(jī)分布的情況來(lái)評(píng)定打斷的mRNA 使其片段化的隨機(jī)程度。因?yàn)樗鶇⒖嫉幕虻拈L(zhǎng)度參差不齊，各不相同，所以把 reads在參考的基因上的位置標(biāo)準(zhǔn)化到相對(duì)的位置(reads 在基因上的位置與基因長(zhǎng)度的比值)，然后進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，基因的不同位置所能比對(duì)上的 reads 總數(shù)目。reads 分布得越均勻，說(shuō)明 mRNA打斷的隨機(jī)性就越好。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]鈣信號(hào)系統(tǒng)在地黃連作障礙過(guò)程中的異常響應(yīng)[D]. 王鵬飛.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[2]地黃（Rehmannia glutinosa Libosch.）根區(qū)土壤中酚酸類(lèi)物質(zhì)的化感作用研究[D]. 杜家方.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009



本文編號(hào)：3626147