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干旱脅迫下花生轉(zhuǎn)錄組與小RNA測(cè)序及相關(guān)基因的表達(dá)分析

發(fā)布時(shí)間:2022-01-25 04:44
  花生(Arachis hypogaea L.)是我國(guó)重要的油料作物,在我國(guó)食用油供給中具有重要作用。干旱也是影響花生生長(zhǎng)發(fā)育和產(chǎn)量的重要因素,因此闡明花生應(yīng)答干旱脅迫機(jī)制對(duì)于培育抗逆性強(qiáng)的花生新品種具有重要意義。目前,在我國(guó)花生生產(chǎn)方面普遍存在嚴(yán)重影響花生產(chǎn)量和品質(zhì)的干旱、病蟲(chóng)害等關(guān)鍵問(wèn)題,但關(guān)于花生干旱脅迫下基因和miRNA變化的文獻(xiàn)和報(bào)道不多。通過(guò)對(duì)花生轉(zhuǎn)錄組和小RNA的深入研究可以發(fā)掘出花生抗旱相關(guān)基因和miRNA,研究其在干旱脅迫條件下的差異表達(dá),結(jié)果可為開(kāi)展花生抗旱性研究,以及抗旱新品種的培育提供理論依據(jù)。本研究采用15%PEG6000模擬干旱脅迫處理的花生根部(13天),及未經(jīng)處理的花生根部為試材(HS150、HS151、HS152和HS153)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組和小RNA測(cè)序統(tǒng)計(jì)并分析了與干旱相關(guān)的差異表達(dá)基因和miRNA;測(cè)定花生葉片中葉綠素、丙二醛、脯氨酸及可溶性蛋白含量,觀察其在水分脅迫下的動(dòng)態(tài)變化;對(duì)ahyNAC25基因進(jìn)行了克隆及遺傳轉(zhuǎn)化擬南芥進(jìn)一步研究其功能及... 

【文章來(lái)源】:廣西師范大學(xué)廣西壯族自治區(qū)

【文章頁(yè)數(shù)】:100 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

干旱脅迫下花生轉(zhuǎn)錄組與小RNA測(cè)序及相關(guān)基因的表達(dá)分析


脅迫下生理指標(biāo)含量測(cè)定

質(zhì)量圖,花生,根部,質(zhì)量


112.3.1.2干旱脅迫對(duì)可溶性蛋白及丙二醛的影響一般情況下,植物在受到干旱脅迫情況下丙二醛、脯氨酸、可溶性蛋白含量升高。在本研究中,如圖1-B和圖1-C所示,脯氨酸和可溶性蛋白的含量在0-2天顯著提高,在第三天稍微下降,但仍高于未進(jìn)行干旱脅迫的植株;丙二醛含量隨著脅迫時(shí)間的增長(zhǎng)而顯著提高(圖1-D)。2.3.2RNA的質(zhì)量檢測(cè)對(duì)15%PEG6000模擬干旱脅迫處理不同天數(shù)的花生根部提取的RNA進(jìn)行質(zhì)量檢測(cè),結(jié)果見(jiàn)圖2和表3。四個(gè)樣品的RIN值在8.3-9.2之間,OD260/280值在2.0-2.05之間,說(shuō)明這四個(gè)樣品提取的RNA合格,質(zhì)量滿足建庫(kù)測(cè)序的標(biāo)準(zhǔn)。圖2花生根部總RNA的質(zhì)量檢測(cè)Fig.2ThequalityoftotalRNAinpeanutroots

長(zhǎng)度分布,長(zhǎng)度分布,基因,家族


13力的轉(zhuǎn)錄本有13387條。在具有蛋白編碼13387條中,屬于已知基因的具有編碼潛力的轉(zhuǎn)錄本為11590條,占86.57%,而屬于新基因的具有編碼潛力的轉(zhuǎn)錄本為1797條,占13.42%。圖3已知轉(zhuǎn)錄本的長(zhǎng)度分布Fig.3Thelengthdistributionofknowntranscripts2.3.4轉(zhuǎn)錄因子家族分類與統(tǒng)計(jì)分析注釋到的轉(zhuǎn)錄因子家族的基因分類及數(shù)量見(jiàn)附錄Ⅰ。轉(zhuǎn)錄因子家族主要集中在FAR1和MYB類,基因數(shù)目分別為313和226個(gè);其次是AP2-EREBP類和bHLH類,基因數(shù)目分別為159和150個(gè)。其中可能涉及干旱脅迫響應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子家族為NAC、bZIP、WRKY、MYB。NAC家族的基因?yàn)?1個(gè),在HS15_0-vs-HS15_1、HS15_1-vs-HS15_2和HS15_2-vs-HS15_3三個(gè)比較組中,有31個(gè)為差異表達(dá)的基因,其中上調(diào)的有22個(gè),下調(diào)的有9個(gè)。bZIP家族的基因?yàn)?7個(gè),三個(gè)比較組中有11個(gè)為差異表達(dá)的基因,其中上調(diào)的有5個(gè),下調(diào)的有6個(gè)。WRKY家族有88個(gè)基因,三個(gè)比較組中有51個(gè)為差異表達(dá)的基因,其中上調(diào)的有27個(gè),下調(diào)的有24個(gè)。MYB家族有226個(gè)基因,三個(gè)比較組中,有99個(gè)為差異表達(dá)的基因,其中上調(diào)的有44個(gè),下調(diào)的有55個(gè)。2.3.5基因定量分析2.3.5.1基因表達(dá)量統(tǒng)計(jì)分析統(tǒng)計(jì)每個(gè)樣品在不同F(xiàn)PKM區(qū)間(FPKM<=1、FPKM1~10、FPKM>=10)的基因數(shù)目,結(jié)果見(jiàn)表4。HS15_0樣品中,F(xiàn)PKM<=1的數(shù)目最少,F(xiàn)PKM>=10的數(shù)目最多;HS15_1樣品中,F(xiàn)PKM<=1的數(shù)目最少,F(xiàn)PKM1~10的數(shù)目最多;HS15_2樣品

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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碩士論文
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本文編號(hào):3607917

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