茶樹是世界范圍重要的飲料作物,具有重要的經(jīng)濟價值。貴州作為茶樹的核心起源地,因其特殊的地理位置具有豐富的茶樹資源。目前貴州已成茶葉大省,茶園面積和茶葉產(chǎn)量均居世界前茅,但在品種創(chuàng)新和種質(zhì)資源保護上亟待加強以支撐貴州由茶葉大省到茶葉強省的轉(zhuǎn)變,茶樹種質(zhì)資源的遺傳多樣性分析將為貴州茶樹種質(zhì)資源的保護利用提供相應(yīng)的理論基礎(chǔ)。本研究通過高通量RNA-Seq（轉(zhuǎn)錄組測序）技術(shù)獲得大量貴州茶樹的轉(zhuǎn)錄組序列,以這些轉(zhuǎn)錄組序列為基礎(chǔ)進行茶樹單核苷酸多態(tài)性（SNP）鑒定,對貴州茶樹地方品種種質(zhì)資源進行了遺傳多樣性分析。主要研究結(jié)果如下:貴州省9個市州的51份茶樹品種通過高通量RNA-Seq技術(shù),總共獲得了519.26Gb堿基序列,在不同茶樹基因型中共發(fā)現(xiàn)659,161個SNP位點,SNP平均發(fā)生頻率為1 SNP/4.58kb,其中,轉(zhuǎn)換（A/G,C/T）類型分別占所有檢測到SNP的34%左右,顛換（A/T,G/T,A/C,C/G）類型的比例在7%-8.5%之間。茶樹樣品間遺傳相似系數(shù)在0.49-0.96之間,采用UPGMA法繪制品種聚類樹可將51份樣本材料劃分為14類,反映出這些茶葉品種間親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近... 

【文章來源】：貴州師范大學(xué)貴州省

【文章頁數(shù)】：57 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 茶樹起源分布及貴州茶樹種質(zhì)資源在茶產(chǎn)業(yè)中的地位
        1.1.1 茶樹起源分布
        1.1.2 貴州茶樹種質(zhì)資源在茶產(chǎn)業(yè)中的地位
    1.2 茶樹遺傳多樣性研究進展
        1.2.1 基于形態(tài)標(biāo)記的茶樹遺傳多樣性研究進展
        1.2.2 基于生化成分標(biāo)記的茶樹遺傳多樣性研究進展
        1.2.3 基于細(xì)胞學(xué)標(biāo)記的茶樹遺傳多樣性研究進展
    1.3 分子標(biāo)記技術(shù)在茶樹遺傳多樣性研究中的應(yīng)用
        1.3.1 分子標(biāo)記概述
        1.3.2 分子標(biāo)記的類型
        1.3.3 分子標(biāo)記技術(shù)在茶樹遺傳多樣性研究中的應(yīng)用
    1.4 現(xiàn)代測序技術(shù)的發(fā)展
        1.4.1 第一代測序技術(shù)的發(fā)展
        1.4.2 第二代測序技術(shù)的發(fā)展
        1.4.3 第三代測序技術(shù)的發(fā)展
    1.5 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在茶樹遺傳多樣性研究中的應(yīng)用
        1.5.1 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的概述
        1.5.2 論文用到的轉(zhuǎn)錄組測序分析的生物信息學(xué)軟件
        1.5.3 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在茶樹遺傳多樣性分析中的應(yīng)用
    1.6 本文的技術(shù)路線
    1.7 研究內(nèi)容和論文結(jié)構(gòu)
第二章 茶樹轉(zhuǎn)錄組測序及分析
    2.1 樣品來源和總RNA提取
        2.1.1 樣品來源
        2.1.2 總RNA提取
    2.2 文庫構(gòu)建和測序
        2.2.1 文庫構(gòu)建
        2.2.2 測序和序列質(zhì)量控制
    2.3 測序數(shù)據(jù)比對到參考基因組
第三章 茶樹SNP檢測及分析
    3.1 基于RNA-SEQ的茶樹SNP檢測流程
        3.1.1 SNP的檢測
        3.1.2 SNP的GO分析
    3.2 SNP分析結(jié)果
        3.2.1 SNP的類型及數(shù)目
        3.2.2 SNP的分布
        3.2.3 SNP的功能效應(yīng)
        3.2.4 SNP的GO注釋
        3.2.5 討論
第四章 貴州茶樹種質(zhì)資源的遺傳多樣性評價
    4.1 數(shù)據(jù)處理
    4.2 貴州茶樹品種間的SNP分析
    4.3 貴州茶樹種質(zhì)資源的遺傳相似性分析
    4.4 貴州茶樹種質(zhì)資源的聚類分析
    4.5 討論
第五章 總結(jié)與展望
    5.1 總結(jié)
    5.2 展望
參考文獻
致謝
攻讀碩士期間發(fā)表的論文
附錄


【參考文獻】：
期刊論文
[1]番木瓜果實轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)組裝及基因功能注釋[J]. 蔣邊,潘嘉琪,葉柳清,陸麗施,袁長春,劉鍇棟.  分子植物育種. 2018(21)
[2]應(yīng)用SNP標(biāo)記分析24份煙草品種的遺傳多樣性[J]. 張劍鋒,羅朝鵬,何聲寶,金靜靜,李澤鋒,許亞龍,謝小東,魏攀,王燃,楊軍.  煙草科技. 2017(11)
[3]四球茶轉(zhuǎn)錄組SSR位點信息分析[J]. 黎瑞源,邢輝,申鐵.  安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2017(04)
[4]福建省53份茶樹種質(zhì)資源遺傳多樣性ISSR分析[J]. 朱晨,張舒婷,常笑君,王仲,許長同,張梓浩,林玉玲,賴鐘雄,郭玉瓊.  熱帶作物學(xué)報. 2017(07)
[5]鳥王茶轉(zhuǎn)錄組中SSR位點信息分析[J]. 劉江濤,曹爍,黎瑞源,申鐵.  貴州師范大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2017(03)
[6]基于高通量測序的發(fā)芽苦蕎轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[J]. 陳春旭,李琦,郭元新,杜傳來,丁志剛.  生物技術(shù)通報. 2016(07)
[7]黔南60份茶樹種質(zhì)資源遺傳多樣性的SSR分析[J]. 張明澤,姚玉仙,陳世軍.  西北植物學(xué)報. 2016(06)
[8]基于茶樹芽葉轉(zhuǎn)錄組序列的EST-SSR分布特征研究[J]. 陳琪,楊華,韋朝領(lǐng),張正竹,宛曉春.  安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2016(02)
[9]新一代測序技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用[J]. 田李,張穎,趙云峰.  生物技術(shù)通報. 2015(11)
[10]基于RNA-Seq技術(shù)的“紫娟”茶樹轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 陳林波,夏麗飛,周萌,宋維希,李曉霞,焉文光,梁名志.  分子植物育種. 2015(10)

博士論文
[1]馬鈴薯種質(zhì)資源遺傳多樣性研究及塊莖性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 王艦.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]我國秈稻品種遺傳結(jié)構(gòu)與多樣性的SNP分析[D]. 徐群.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2016
[3]基于EST數(shù)據(jù)庫和轉(zhuǎn)錄組測序的茶樹DNA分子標(biāo)記開發(fā)與應(yīng)用研究[D]. 王麗鴛.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2011
[4]廣東茶樹種質(zhì)遺傳多樣性的形態(tài)和分子評價及其親緣關(guān)系研究[D]. 沈程文.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007
[5]茶組植物的分子系統(tǒng)學(xué)研究[D]. 陳亮.浙江大學(xué) 2002

碩士論文
[1]基于SRAP、SSR標(biāo)記的辣椒種質(zhì)遺傳多樣性分析與核心種質(zhì)構(gòu)建[D]. 吳茵.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]基于RNA-Seq的小麥產(chǎn)量性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 李洪娜.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]我國茶樹優(yōu)良品種遺傳多樣性分析及指紋圖譜構(gòu)建[D]. 黃丹娟.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2016
[4]楊樹干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄組測序分析[D]. 歐佳佳.南京林業(yè)大學(xué) 2015
[5]我國茶樹地方品種遺傳多樣性及人為選擇影響的研究[D]. 姜燕華.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2010
[6]中國茶樹核心種質(zhì)的初步構(gòu)建及其RAPD分析[D]. 李娟.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004



本文編號：3565562