茶樹(shù)是世界范圍重要的飲料作物,具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。貴州作為茶樹(shù)的核心起源地,因其特殊的地理位置具有豐富的茶樹(shù)資源。目前貴州已成茶葉大省,茶園面積和茶葉產(chǎn)量均居世界前茅,但在品種創(chuàng)新和種質(zhì)資源保護(hù)上亟待加強(qiáng)以支撐貴州由茶葉大省到茶葉強(qiáng)省的轉(zhuǎn)變,茶樹(shù)種質(zhì)資源的遺傳多樣性分析將為貴州茶樹(shù)種質(zhì)資源的保護(hù)利用提供相應(yīng)的理論基礎(chǔ)。本研究通過(guò)高通量RNA-Seq（轉(zhuǎn)錄組測(cè)序）技術(shù)獲得大量貴州茶樹(shù)的轉(zhuǎn)錄組序列,以這些轉(zhuǎn)錄組序列為基礎(chǔ)進(jìn)行茶樹(shù)單核苷酸多態(tài)性（SNP）鑒定,對(duì)貴州茶樹(shù)地方品種種質(zhì)資源進(jìn)行了遺傳多樣性分析。主要研究結(jié)果如下:貴州省9個(gè)市州的51份茶樹(shù)品種通過(guò)高通量RNA-Seq技術(shù),總共獲得了519.26Gb堿基序列,在不同茶樹(shù)基因型中共發(fā)現(xiàn)659,161個(gè)SNP位點(diǎn),SNP平均發(fā)生頻率為1 SNP/4.58kb,其中,轉(zhuǎn)換（A/G,C/T）類(lèi)型分別占所有檢測(cè)到SNP的34%左右,顛換（A/T,G/T,A/C,C/G）類(lèi)型的比例在7%-8.5%之間。茶樹(shù)樣品間遺傳相似系數(shù)在0.49-0.96之間,采用UPGMA法繪制品種聚類(lèi)樹(shù)可將51份樣本材料劃分為14類(lèi),反映出這些茶葉品種間親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近... 

【文章來(lái)源】：貴州師范大學(xué)貴州省

【文章頁(yè)數(shù)】：57 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 茶樹(shù)起源分布及貴州茶樹(shù)種質(zhì)資源在茶產(chǎn)業(yè)中的地位
        1.1.1 茶樹(shù)起源分布
        1.1.2 貴州茶樹(shù)種質(zhì)資源在茶產(chǎn)業(yè)中的地位
    1.2 茶樹(shù)遺傳多樣性研究進(jìn)展
        1.2.1 基于形態(tài)標(biāo)記的茶樹(shù)遺傳多樣性研究進(jìn)展
        1.2.2 基于生化成分標(biāo)記的茶樹(shù)遺傳多樣性研究進(jìn)展
        1.2.3 基于細(xì)胞學(xué)標(biāo)記的茶樹(shù)遺傳多樣性研究進(jìn)展
    1.3 分子標(biāo)記技術(shù)在茶樹(shù)遺傳多樣性研究中的應(yīng)用
        1.3.1 分子標(biāo)記概述
        1.3.2 分子標(biāo)記的類(lèi)型
        1.3.3 分子標(biāo)記技術(shù)在茶樹(shù)遺傳多樣性研究中的應(yīng)用
    1.4 現(xiàn)代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
        1.4.1 第一代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
        1.4.2 第二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
        1.4.3 第三代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
    1.5 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)在茶樹(shù)遺傳多樣性研究中的應(yīng)用
        1.5.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的概述
        1.5.2 論文用到的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析的生物信息學(xué)軟件
        1.5.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)在茶樹(shù)遺傳多樣性分析中的應(yīng)用
    1.6 本文的技術(shù)路線
    1.7 研究?jī)?nèi)容和論文結(jié)構(gòu)
第二章 茶樹(shù)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析
    2.1 樣品來(lái)源和總RNA提取
        2.1.1 樣品來(lái)源
        2.1.2 總RNA提取
    2.2 文庫(kù)構(gòu)建和測(cè)序
        2.2.1 文庫(kù)構(gòu)建
        2.2.2 測(cè)序和序列質(zhì)量控制
    2.3 測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)到參考基因組
第三章 茶樹(shù)SNP檢測(cè)及分析
    3.1 基于RNA-SEQ的茶樹(shù)SNP檢測(cè)流程
        3.1.1 SNP的檢測(cè)
        3.1.2 SNP的GO分析
    3.2 SNP分析結(jié)果
        3.2.1 SNP的類(lèi)型及數(shù)目
        3.2.2 SNP的分布
        3.2.3 SNP的功能效應(yīng)
        3.2.4 SNP的GO注釋
        3.2.5 討論
第四章 貴州茶樹(shù)種質(zhì)資源的遺傳多樣性評(píng)價(jià)
    4.1 數(shù)據(jù)處理
    4.2 貴州茶樹(shù)品種間的SNP分析
    4.3 貴州茶樹(shù)種質(zhì)資源的遺傳相似性分析
    4.4 貴州茶樹(shù)種質(zhì)資源的聚類(lèi)分析
    4.5 討論
第五章 總結(jié)與展望
    5.1 總結(jié)
    5.2 展望
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀碩士期間發(fā)表的論文
附錄


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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[2]基于RNA-Seq的小麥產(chǎn)量性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析[D]. 李洪娜.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]我國(guó)茶樹(shù)優(yōu)良品種遺傳多樣性分析及指紋圖譜構(gòu)建[D]. 黃丹娟.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2016
[4]楊樹(shù)干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析[D]. 歐佳佳.南京林業(yè)大學(xué) 2015
[5]我國(guó)茶樹(shù)地方品種遺傳多樣性及人為選擇影響的研究[D]. 姜燕華.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2010
[6]中國(guó)茶樹(shù)核心種質(zhì)的初步構(gòu)建及其RAPD分析[D]. 李娟.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004



本文編號(hào)：3565562