為了明確玉米響應(yīng)PEG脅迫的關(guān)鍵表達(dá)基因,比較PEG脅迫下玉米基因表達(dá)的差異,本實(shí)驗(yàn)利用RNA-seq對(duì)正常灌溉和干旱脅迫的玉米進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本測(cè)序和數(shù)據(jù)分析,共獲得12 358個(gè)差異表達(dá)基因,其中5 275個(gè)基因?yàn)樯险{(diào)表達(dá),7 083個(gè)基因?yàn)橄抡{(diào)表達(dá)。對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行COG功能分類,共得到23個(gè)不同的COG功能,其中翻譯后修飾,蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)換,伴隨蛋白681個(gè),占7.74%;信號(hào)傳導(dǎo)機(jī)制功能有轉(zhuǎn)錄本675個(gè),占7.67%;轉(zhuǎn)錄506個(gè),占5.75%。KEGG通路顯著富集到光合作用-天線蛋白、光合生物的固碳作用、卟啉和葉綠素代謝、脂肪酸降解、精氨酸和脯氨酸代謝、磷酸肌醇信號(hào)等生命代謝途徑。 

【文章來源】：種子. 2020,39(02)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

轉(zhuǎn)錄本組裝長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)

表3 差異表達(dá)基因COG功能分類 Category Functional description number CELLMLARPROCESSESANDSIGNALING Posttranslational modification,protein turnover,chaperones 681 Signal transduction mechanisms 675 IntracellμLar trafficking, secretion,and vesicμLar transport 391 Cytoskeleton 125 Cell wall/membrane/envelope biogenesis 120 Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning 79 Defense mechanisms 54 Nuclear structure 1 Cell motility 1 METABOLISM Carbohydrate transport and metabolism 315 Amino acid transport and metabolism 265 Inorganic ion transport and metabolism 185 Energy production and conversion 178 Lipid transport and metabolism 166 Coenzyme transport and metabolism 99 Secondary metabolites biosynthesis,transport and catabolism 73 Nucleotide transport and metabolism 56 INFORMATIONSTORAGEANDPROCESSING Transcription 506 Translation, ribosomal structure and biogenesis 356 Replication, recombination and repair 279 Chromatin structure and dynamics 79 RNA processing and modification 76 POORLYCHARACTERIZED Function unknown 4 0392.5 干旱脅迫下玉米差異表達(dá)基因的分析

采用軟件Goatools對(duì)干旱脅迫處理后玉米的差異表達(dá)基因集中的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行GO功能富集分析。結(jié)果見圖3,可以看出,玉米轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因富集在生物過程、細(xì)胞成分、分子功能三大類;差異表達(dá)基因富集的前20亞類中生物過程大類中有6個(gè)亞類,分別是光合作用、mRNA加工、tRNA代謝過程、ncRNA代謝過程、細(xì)胞表面受體信號(hào)通路、代謝過程。還富集在細(xì)胞成分大類中的8個(gè)亞類,分別為葉綠體、質(zhì)體、細(xì)胞質(zhì)、質(zhì)體部分、葉綠體的部分、胞質(zhì)部分、細(xì)胞內(nèi)的部分、細(xì)胞部分。分子功能大類的6個(gè)亞類得到富集,分別是GTP活性、核糖核酸結(jié)合、三磷酸鳥苷結(jié)合和鳥苷核糖核苷酸結(jié)合、鳥苷核苷酸結(jié)合、嘌呤核苷綁定。2.5.2 玉米轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因KEGG功能富集分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]河南夏玉米苗期抗旱性評(píng)價(jià)體系的建立[J]. 劉延波,唐艷彥,王肖行,趙志軍,孫西玉,潘春梅.  種子. 2019(09)
[2]基于生理生化指標(biāo)的玉米雜交種苗期抗旱性評(píng)價(jià)[J]. 賈曉艷,趙永鋒,王亞卿,祝麗英.  種子. 2019(08)
[3]干旱脅迫下過表達(dá)TaER小麥的轉(zhuǎn)錄組及光合特性分析[J]. 李慧娟,楊陽,常平,鄭甲成,陳亮,胡銀崗.  麥類作物學(xué)報(bào). 2019(08)
[4]杜仲內(nèi)生拮抗細(xì)菌DZSY21誘導(dǎo)玉米抗病基因表達(dá)變化的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[J]. 王其,陳小潔,顧雙月,張欣悅,杭天露,丁婷.  浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2019(03)
[5]玉米自交系響應(yīng)花粒期高溫脅迫差異表達(dá)基因的分析[J]. 李川,喬江方,朱衛(wèi)紅,代書桃,黃璐,張美微,劉京寶.  華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2019(01)
[6]玉米抗旱生理生化指標(biāo)的研究進(jìn)展[J]. 徐建霞,鄭常祥.  農(nóng)技服務(wù). 2018(04)
[7]水分脅迫下馬鈴薯葉片光合特性的變化及其響應(yīng)機(jī)制研究[J]. 劉素軍,蒙美蓮,陳有君,焦瑞棗.  西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2018(08)
[8]木薯葉片響應(yīng)干旱脅迫的磷酸化蛋白質(zhì)組差異分析[J]. 常麗麗,王力敏,郭安平,楊倩,王旭初.  植物生理學(xué)報(bào). 2018(01)
[9]轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序方法及應(yīng)用研究概述[J]. 姚娜,劉秀明,董園園,王南,孟璐璐,李海燕.  北方園藝. 2017(12)
[10]玉米抗旱性功能基因研究進(jìn)展[J]. 高志勇,謝恒星,王志平,劉史力.  作物研究. 2016(06)

博士論文
[1]高溫和干旱脅迫下茶樹轉(zhuǎn)錄組分析及Histone H1基因的功能鑒定[D]. 王偉東.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]香蕉SOD基因家族的全基因組鑒定及功能分析[D]. 馮新.福建農(nóng)林大學(xué) 2016
[3]土壤鹽分影響棉花（Gossypium hirsutum L.）生長(zhǎng)的生理機(jī)制研究[D]. 張國(guó)偉.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011

碩士論文
[1]基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)研究五子衍宗丸對(duì)NTDs細(xì)胞模型凋亡途徑的調(diào)控作用[D]. 李瑞雪.山西中醫(yī)藥大學(xué) 2019
[2]番茄SYTA的功能及其與Fd Ⅰ互作研究[D]. 潘琪.西南大學(xué) 2018
[3]木薯二倍體SC5與其有性四倍體葉片蛋白組學(xué)及相關(guān)抗逆性比較研究[D]. 孫琪.海南大學(xué) 2018
[4]香蕉響應(yīng)鹽脅迫轉(zhuǎn)錄組及蛋白質(zhì)組分析[D]. 吉福桑.海南大學(xué) 2017
[5]玉米K305ms突變體花藥敗育的細(xì)胞學(xué)觀察和差異表達(dá)基因分析[D]. 谷榮歡.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017



本文編號(hào)：3510148