為了明確玉米響應(yīng)PEG脅迫的關(guān)鍵表達基因,比較PEG脅迫下玉米基因表達的差異,本實驗利用RNA-seq對正常灌溉和干旱脅迫的玉米進行轉(zhuǎn)錄本測序和數(shù)據(jù)分析,共獲得12 358個差異表達基因,其中5 275個基因為上調(diào)表達,7 083個基因為下調(diào)表達。對差異表達基因進行COG功能分類,共得到23個不同的COG功能,其中翻譯后修飾,蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)換,伴隨蛋白681個,占7.74%;信號傳導(dǎo)機制功能有轉(zhuǎn)錄本675個,占7.67%;轉(zhuǎn)錄506個,占5.75%。KEGG通路顯著富集到光合作用-天線蛋白、光合生物的固碳作用、卟啉和葉綠素代謝、脂肪酸降解、精氨酸和脯氨酸代謝、磷酸肌醇信號等生命代謝途徑。 

【文章來源】：種子. 2020,39(02)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

轉(zhuǎn)錄本組裝長度分布統(tǒng)計

表3 差異表達基因COG功能分類 Category Functional description number CELLMLARPROCESSESANDSIGNALING Posttranslational modification,protein turnover,chaperones 681 Signal transduction mechanisms 675 IntracellμLar trafficking, secretion,and vesicμLar transport 391 Cytoskeleton 125 Cell wall/membrane/envelope biogenesis 120 Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning 79 Defense mechanisms 54 Nuclear structure 1 Cell motility 1 METABOLISM Carbohydrate transport and metabolism 315 Amino acid transport and metabolism 265 Inorganic ion transport and metabolism 185 Energy production and conversion 178 Lipid transport and metabolism 166 Coenzyme transport and metabolism 99 Secondary metabolites biosynthesis,transport and catabolism 73 Nucleotide transport and metabolism 56 INFORMATIONSTORAGEANDPROCESSING Transcription 506 Translation, ribosomal structure and biogenesis 356 Replication, recombination and repair 279 Chromatin structure and dynamics 79 RNA processing and modification 76 POORLYCHARACTERIZED Function unknown 4 0392.5 干旱脅迫下玉米差異表達基因的分析

采用軟件Goatools對干旱脅迫處理后玉米的差異表達基因集中的轉(zhuǎn)錄本進行GO功能富集分析。結(jié)果見圖3,可以看出,玉米轉(zhuǎn)錄組差異表達基因富集在生物過程、細胞成分、分子功能三大類;差異表達基因富集的前20亞類中生物過程大類中有6個亞類,分別是光合作用、mRNA加工、tRNA代謝過程、ncRNA代謝過程、細胞表面受體信號通路、代謝過程。還富集在細胞成分大類中的8個亞類,分別為葉綠體、質(zhì)體、細胞質(zhì)、質(zhì)體部分、葉綠體的部分、胞質(zhì)部分、細胞內(nèi)的部分、細胞部分。分子功能大類的6個亞類得到富集,分別是GTP活性、核糖核酸結(jié)合、三磷酸鳥苷結(jié)合和鳥苷核糖核苷酸結(jié)合、鳥苷核苷酸結(jié)合、嘌呤核苷綁定。2.5.2 玉米轉(zhuǎn)錄組差異表達基因KEGG功能富集分析

【參考文獻】：
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碩士論文
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[3]木薯二倍體SC5與其有性四倍體葉片蛋白組學(xué)及相關(guān)抗逆性比較研究[D]. 孫琪.海南大學(xué) 2018
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本文編號：3510148