種系特異性基因指通過同源序列檢索,在其他種系中找不到任何同源序列的一類基因,被認(rèn)為主要在物種特有性狀和適應(yīng)性進(jìn)化方面發(fā)揮功能。茄屬（Solanum）是有花植物中重要的一個(gè)大屬,包含許多具有經(jīng)濟(jì)、觀賞和藥用價(jià)值的植物,是甾體糖苷生物堿的主要來源。其中,馬鈴薯（Solanum tuberosum）是世界第一大非谷類糧食作物,在保障糧食安全和促進(jìn)經(jīng)濟(jì)發(fā)展方面具有重要作用。對馬鈴薯中種系特異性基因的研究,有助于了解馬鈴薯乃至茄屬植物特殊性狀產(chǎn)生的機(jī)理,為改良作物農(nóng)藝性狀和抗性育種提供了新的思路,也為未知功能基因的研究奠定基礎(chǔ)。本研究基于局部序列比對,在馬鈴薯參考基因組雙單倍體DM（S.tuberosum group Phureja DM1-3 516 R44）中鑒定出2521個(gè)馬鈴薯特異基因和3331個(gè)茄屬特異基因,在野生種二倍體馬鈴薯CMM（S.commersonii）中鑒定出1361個(gè)馬鈴薯特異基因和1687個(gè)茄屬特異基因,在野生種二倍體馬鈴薯自交系M6（S.chacoense）中鑒定出1023個(gè)馬鈴薯特異基因和617個(gè)茄屬特異基因。并從中鑒定出26個(gè)單拷貝馬鈴薯特異性同源群和22個(gè)單拷貝... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：98 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語表
1 前言
    1.1 研究問題的由來
    1.2 種系特異性基因研究進(jìn)展
    1.3 茄屬植物基因組測序進(jìn)展
    1.4 馬鈴薯基因組測序進(jìn)展
    1.5 研究目的與內(nèi)容
2 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 數(shù)據(jù)來源
        2.1.2 植物材料
        2.1.3 菌株及載體
        2.1.4 引物
    2.2 同源序列檢索
        2.2.1 特異基因的鑒定
        2.2.2 同源群分類
    2.3 基因特征分析
    2.4 基因染色體分布分析
    2.5 基因功能注釋
        2.5.1 Nr注釋和UniProtKB/Swiss-Prot注釋
        2.5.2 GO注釋和富集分析
        2.5.3 KEGG注釋和富集分析
        2.5.4 亞細(xì)胞定位預(yù)測
    2.6 基于RNA-seq數(shù)據(jù)的特異基因表達(dá)分析
    2.7 定量PCR
    2.8 農(nóng)桿菌介導(dǎo)的本氏煙草瞬時(shí)表達(dá)
        2.8.1 亞細(xì)胞定位
        2.8.2 細(xì)胞壞死反應(yīng)觀察
    2.9 轉(zhuǎn)錄激活
3 結(jié)果與分析
    3.1 馬鈴薯種系特異性基因的鑒定
        3.1.1 DM、CMM和 M6 馬鈴薯種系特異性基因的鑒定
        3.1.2 種系特異性基因同源群分類
    3.2 基因功能注釋
    3.3 DM馬鈴薯特異基因、茄屬特異基因和進(jìn)化保守基因的特征分析
    3.4 馬鈴薯種系特異性基因的染色體分布
    3.5 表達(dá)分析
    3.6 亞細(xì)胞定位
    3.7 轉(zhuǎn)錄激活
    3.8 本氏煙草葉片上瞬時(shí)表達(dá)PGSC0003DMG400046242 表型觀測
4 討論
    4.1 馬鈴薯中種系特異性基因的數(shù)量和比例
    4.2 馬鈴薯中種系特異性基因的結(jié)構(gòu)和表達(dá)特點(diǎn)
    4.3 馬鈴薯中種系特異性基因的潛在功能
    4.4 研究展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝



本文編號：3478639