大別山產(chǎn)四種石斛的分子生物學鑒定
發(fā)布時間：2021-10-13 20:23
1目的（1）基于ITS序列分析,開發(fā)霍山石斛特異性PCR引物,用于鑒別霍山石斛、鐵皮石斛和河南石斛。（2）開發(fā)霍山石斛微衛(wèi)星位點,豐富霍山石斛微衛(wèi)星文庫內(nèi)容,以期開發(fā)出一對用于鑒別霍山石斛和銅皮石斛的特異性微衛(wèi)星引物,同時為后期研究霍山石斛遺傳結(jié)構(gòu)及其多樣性提供基礎。（3）基于重測序開發(fā)霍山石斛和銅皮石斛之間的SNP位點,用于鑒別霍山石斛和銅皮石斛。2方法（1）通過測序得到四種石斛的ITS序列,聯(lián)合GenBank下載的序列,在BioEdit分析軟件進行比對分析,利用primer5及olige6軟件針對霍山石斛及其偽品鐵皮石斛和河南石斛之間序列的差異位點,設計特異性引物。PCR反應,電泳檢測,以篩選霍山石斛呈陽性反應（有亮帶）,而鐵皮石斛和河南石斛呈陰性反應（無亮帶）的引物為目標引物。并進行樣本驗證。（2）基于微衛(wèi)星位點（SSR）多態(tài)性高的特點,分別以（CT）12、（GAA）8為雜交探針,采用磁珠富集法開發(fā)霍山石斛的微衛(wèi)星位點,并在開發(fā)所得的微衛(wèi)星位點片段兩端設計正反向引物,對霍山石斛和銅皮石斛進行PCR反應,篩選能明顯區(qū)分霍山石斛和銅皮石斛的引物。（3）以鐵皮石斛基因組序列為參考基因,...
【文章來源】：安徽中醫(yī)藥大學安徽省
【文章頁數(shù)】：83 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
種石斛植株照片
大別山產(chǎn)四種石斛的分子生物學鑒定簡約法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹結(jié)果表明，2 種方法構(gòu)建的系統(tǒng)樹的拓撲結(jié)構(gòu)完全一致（圖 1-2）。此外，在貝葉斯樹中，依據(jù) AIC 標準選取 K80+G 為序列的最適模型。在以菱唇石斛 D. leptocladum 為外類群構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹中，霍山石斛與鐵皮石斛和河南石斛的所有單倍型都各自聚為單系分支。其中，鐵皮石斛和河南石斛都得到了高度的支持（BS=1.00；PP=100，BS=0.98；PP=98），而霍山石斛的自舉支持度和后驗概率值均相對較低（BS=0.90；PP=67）。此外，在系統(tǒng)發(fā)育樹中，霍山石斛與河南石斛互為姐妹類群，形成并系，親緣關系更近，而鐵皮石斛與霍山石斛和河南石斛親緣關系較遠。上述結(jié)果表明，ITS 序列可以作為霍山石斛及鐵皮石斛和河南石斛的鑒別條形碼。
第一章 特異性 PCR 鑒別霍山石斛2.2 DNA 模板質(zhì)量檢測本研究利用在保守區(qū)設計的通用引物 SH-TY1s/SH-TY1a 對所提取的樣品DNA 進行 PCR 擴增檢測。反應總體系為 25 μL，包括 DNA 模板 0.5 μL，上游引物SH-TY1s和下游引物SH-TY1a各1 μL（10 pmol），10 ×PCR Buffer 2.5 μL，MgCl2（25 mmol·L-1）1.5 μL，dNTPs（10 mmol·L-1）0.5 μL，Taq DNApolymerase（5 u/μL）0.5 μL，ddH2O 17.5 μL。結(jié)果可見圖 1-3。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]石斛SSR標記的開發(fā)及可轉(zhuǎn)移性分析[J]. 邱道壽,鄭希龍,蔡時可,鄭錦榮,羅煥明,張蕾,鄧瑞云,李武,劉曉津. 植物科學學報. 2013(05)
[2]基于ITS、Nadintron2和psbA-trnH序列探討霍山石斛的分類位置[J]. 李國良,張建霞,曾宋君,吳坤林,段俊. 廣東農(nóng)業(yè)科學. 2013(13)
[3]紅外光譜法在石斛鑒別中的應用研究進展[J]. 羅聰佩,何濤,淳澤. 應用與環(huán)境生物學報. 2013(03)
[4]霍山石斛資源與鑒定研究進展[J]. 陳存武,戴軍,姚厚軍,韓邦興,陳乃富. 現(xiàn)代中藥研究與實踐. 2013(03)
[5]珍稀細莖石斛LEAFY同源基因的克隆及在石斛藥材鑒定中的意義[J]. 邢文瑞,侯北偉,管婧姣,羅晶,丁小余. 藥學學報. 2013(04)
[6]鐵皮石斛及其混偽品的rDNA ITS序列分析與鑒別[J]. 張蕾,邱道壽,蔡時可,鄧瑞云,羅煥明,劉曉津. 安徽農(nóng)業(yè)科學. 2013(07)
[7]SNP分子標記的研究及其應用進展[J]. 唐立群,肖層林,王偉平. 中國農(nóng)學通報. 2012(12)
[8]鐵皮石斛種質(zhì)資源研究中的DNA條形碼初探[J]. 姚領愛,胡之璧,鄭志仁,周吉燕,王莉莉,化海霞,黎萬奎. 上海農(nóng)業(yè)學報. 2012(01)
[9]EST-SSR標記的開發(fā)及其在木本植物中的分布特點[J]. 許玉蘭,蔡年輝,康向陽,張瑞麗,王大瑋,何承忠,段安安. 中國農(nóng)學通報. 2012(04)
[10]道地藥材霍山石斛及其相似種的分子鑒定[J]. 劉明珍,陳乃富,劉秀珍,鄧輝,李耀亭,何祥林. 生物學雜志. 2009(05)
碩士論文
[1]利用微衛(wèi)星標記分析球花石斛的遺傳多樣性并鑒定其藥材的地理來源[D]. 袁英惠.南京師范大學 2011
本文編號：3435347
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【文章頁數(shù)】：83 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
種石斛植株照片
大別山產(chǎn)四種石斛的分子生物學鑒定簡約法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹結(jié)果表明，2 種方法構(gòu)建的系統(tǒng)樹的拓撲結(jié)構(gòu)完全一致（圖 1-2）。此外，在貝葉斯樹中，依據(jù) AIC 標準選取 K80+G 為序列的最適模型。在以菱唇石斛 D. leptocladum 為外類群構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹中，霍山石斛與鐵皮石斛和河南石斛的所有單倍型都各自聚為單系分支。其中，鐵皮石斛和河南石斛都得到了高度的支持（BS=1.00；PP=100，BS=0.98；PP=98），而霍山石斛的自舉支持度和后驗概率值均相對較低（BS=0.90；PP=67）。此外，在系統(tǒng)發(fā)育樹中，霍山石斛與河南石斛互為姐妹類群，形成并系，親緣關系更近，而鐵皮石斛與霍山石斛和河南石斛親緣關系較遠。上述結(jié)果表明，ITS 序列可以作為霍山石斛及鐵皮石斛和河南石斛的鑒別條形碼。
第一章 特異性 PCR 鑒別霍山石斛2.2 DNA 模板質(zhì)量檢測本研究利用在保守區(qū)設計的通用引物 SH-TY1s/SH-TY1a 對所提取的樣品DNA 進行 PCR 擴增檢測。反應總體系為 25 μL，包括 DNA 模板 0.5 μL，上游引物SH-TY1s和下游引物SH-TY1a各1 μL（10 pmol），10 ×PCR Buffer 2.5 μL，MgCl2（25 mmol·L-1）1.5 μL，dNTPs（10 mmol·L-1）0.5 μL，Taq DNApolymerase（5 u/μL）0.5 μL，ddH2O 17.5 μL。結(jié)果可見圖 1-3。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]石斛SSR標記的開發(fā)及可轉(zhuǎn)移性分析[J]. 邱道壽,鄭希龍,蔡時可,鄭錦榮,羅煥明,張蕾,鄧瑞云,李武,劉曉津. 植物科學學報. 2013(05)
[2]基于ITS、Nadintron2和psbA-trnH序列探討霍山石斛的分類位置[J]. 李國良,張建霞,曾宋君,吳坤林,段俊. 廣東農(nóng)業(yè)科學. 2013(13)
[3]紅外光譜法在石斛鑒別中的應用研究進展[J]. 羅聰佩,何濤,淳澤. 應用與環(huán)境生物學報. 2013(03)
[4]霍山石斛資源與鑒定研究進展[J]. 陳存武,戴軍,姚厚軍,韓邦興,陳乃富. 現(xiàn)代中藥研究與實踐. 2013(03)
[5]珍稀細莖石斛LEAFY同源基因的克隆及在石斛藥材鑒定中的意義[J]. 邢文瑞,侯北偉,管婧姣,羅晶,丁小余. 藥學學報. 2013(04)
[6]鐵皮石斛及其混偽品的rDNA ITS序列分析與鑒別[J]. 張蕾,邱道壽,蔡時可,鄧瑞云,羅煥明,劉曉津. 安徽農(nóng)業(yè)科學. 2013(07)
[7]SNP分子標記的研究及其應用進展[J]. 唐立群,肖層林,王偉平. 中國農(nóng)學通報. 2012(12)
[8]鐵皮石斛種質(zhì)資源研究中的DNA條形碼初探[J]. 姚領愛,胡之璧,鄭志仁,周吉燕,王莉莉,化海霞,黎萬奎. 上海農(nóng)業(yè)學報. 2012(01)
[9]EST-SSR標記的開發(fā)及其在木本植物中的分布特點[J]. 許玉蘭,蔡年輝,康向陽,張瑞麗,王大瑋,何承忠,段安安. 中國農(nóng)學通報. 2012(04)
[10]道地藥材霍山石斛及其相似種的分子鑒定[J]. 劉明珍,陳乃富,劉秀珍,鄧輝,李耀亭,何祥林. 生物學雜志. 2009(05)
碩士論文
[1]利用微衛(wèi)星標記分析球花石斛的遺傳多樣性并鑒定其藥材的地理來源[D]. 袁英惠.南京師范大學 2011
本文編號：3435347
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