茶樹（Camelliasinensis（L.）O.Kuntze）屬于山茶科山茶屬,是一種多年生常綠木本植物。茶樹鮮葉是非酒精飲料加工中重要的原材料。茶葉中富含了多種人體有益的次生代謝物質(zhì),如茶多酚（尤其是兒茶素）、茶氨酸和咖啡堿。這些在茶葉中特異積累的代謝物質(zhì)可以有效清除自由基,預(yù)防癌癥、心血管病和神經(jīng)病變,緩解疲勞和增強(qiáng)免疫力。茶葉中功能物質(zhì)的含量與茶葉質(zhì)量和保健功效相關(guān)。研究發(fā)現(xiàn),茶葉中特異代謝產(chǎn)物的生物合成受到了茶葉發(fā)育階段和季節(jié)氣候等因素的影響。在植物中,葉發(fā)育和內(nèi)含物質(zhì)代謝受到了復(fù)雜的分子調(diào)控。葉形態(tài)建成從頂端分生組織（SAM）的細(xì)胞分裂和分化開始,經(jīng)過葉原基的形成、葉的極性生長(zhǎng)和葉形態(tài)大小調(diào)控等連續(xù)的發(fā)育過程。葉生長(zhǎng)發(fā)育受到眾多基因在轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄后和蛋白水平等多方面的調(diào)控。研究發(fā)現(xiàn),部分基因同時(shí)參與到了葉形態(tài)建成和內(nèi)含物質(zhì)的形成中。這說明葉發(fā)育和內(nèi)含物質(zhì)代謝在一個(gè)分子網(wǎng)絡(luò)中受到了統(tǒng)一而精確的調(diào)控。本研究以茶樹品種’龍井43’為材料,鑒定了用于茶樹葉不同發(fā)育階段（第一葉、第二葉、第三葉、第四葉和老葉）中基因定量表達(dá)的內(nèi)參基因。通過高通量測(cè)序方法初步解析這五個(gè)發(fā)育階段茶樹葉的mi... 

【文章來源】：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：213 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
本文所用主要縮略詞
第一部分 文獻(xiàn)綜述
    第一章 植物葉發(fā)育過程及研究進(jìn)展
        1 植物葉形態(tài)建成
        2 植物葉發(fā)育分子調(diào)控機(jī)理
            2.1 頂端分生組織
            2.2 葉原基起始發(fā)育
            2.3 葉極性發(fā)育
            2.4 葉片大小的調(diào)控
        3 植物microRNA (miRNA)在葉發(fā)育中的作用
            3.1 miRNA的形成與調(diào)控機(jī)制
            3.2 miRNA參與葉原基形成和極性生長(zhǎng)
            3.3 miRNA參與葉形態(tài)建成
            3.4 miRNA參與葉的衰老
        4 茶樹葉發(fā)育與內(nèi)含物質(zhì)代謝
            4.1 茶樹葉形態(tài)發(fā)育特點(diǎn)
                4.1.1 茶葉葉發(fā)育
                4.1.2 茶樹葉形態(tài)特征
            4.2 茶樹葉發(fā)育與內(nèi)含物質(zhì)形成相關(guān)性
                4.2.1 茶多酚的合成
                4.2.2 茶氨酸的合成
                4.2.3 咖啡堿的合成
    第二章 植物葉采后學(xué)研究進(jìn)展
        1 植物葉采后學(xué)研究現(xiàn)狀
        2 茶樹葉萎凋技術(shù)及采后生理變化
            2.1 自然萎凋和日光萎凋
            2.2 不同溫濕度對(duì)萎凋的影響
            2.3 不同時(shí)間對(duì)萎凋的影響
本研究的目的與意義
第二部分 研究報(bào)告
    第三章 茶樹葉的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析
        1 材料和方法
            1.1 植物材料和RNA提取
            1.2 cDNA庫(kù)的構(gòu)建和illumina測(cè)序
            1.3 數(shù)據(jù)過濾和從頭組裝
            1.4 Unigenes的功能注釋
            1.5 DEGs的功能富集分析
            1.6 RP-HPLC色譜條件
            1.7 實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證
        2 結(jié)果與分析
            2.1 茶樹轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和組裝分析
            2.2 功能注釋和分類
            2.3 GO分類
            2.4 COG分類
            2.5 KEGG分類
            2.6 茶樹轉(zhuǎn)錄組中的差異表達(dá)基因
            2.7 基于茶樹轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)揭示其中參與類黃酮合成途徑的基因
            2.8 RP-HPLC檢測(cè)四個(gè)茶樹品種中兒茶素的含量
            2.9 茶樹中兒茶素合成相關(guān)基因的表達(dá)分析
        3 討論
    第四章 茶樹葉發(fā)育及響應(yīng)激素刺激的內(nèi)參基因選擇
        1 材料與方法
            1.1 植物材料與處理
            1.2 RNA提取與cDNA反轉(zhuǎn)錄
            1.3 候選基因的選擇、引物設(shè)計(jì)和基因克隆
            1.4 qRT-PCR實(shí)驗(yàn)
            1.5 數(shù)據(jù)分析
        2 結(jié)果與分析
            2.1 茶樹候選內(nèi)參基因的克隆
            2.2 茶樹候選內(nèi)參基因表達(dá)譜分析
            2.3 茶樹候選內(nèi)參基因表達(dá)穩(wěn)定性分析
                2.3.1 GeNorm分析
                2.3.2 NormFinder分析
                2.3.3 BestKeeper分析
            2.4 茶樹內(nèi)參基因驗(yàn)證
        3 討論
    第五章 茶樹葉結(jié)構(gòu)發(fā)育特征及microRNA鑒定與分析
        1 材料和方法
            1.1 植物材料
            1.2 茶樹葉樹脂切片和光合指標(biāo)測(cè)定
            1.3 小RNA文庫(kù)的構(gòu)建和測(cè)序
            1.4 小RNA序列的質(zhì)量控制和生物信息學(xué)分析
        2 結(jié)果與分析
            2.1 茶樹葉在不同發(fā)育階段的解剖特征
            2.2 光合強(qiáng)度和呼吸強(qiáng)度
            2.3 茶樹葉中小RNA的高通量測(cè)序分析
            2.4 鑒定茶樹葉中保守的和新的miRNA
            2.5 茶樹葉miRNA靶基因的預(yù)測(cè)和注釋
            2.6 茶樹葉發(fā)育過程中miRNA表達(dá)的豐度和差異分析
        3 討論
    第六章 茶樹葉發(fā)育相關(guān)GRF和GIF家族基因的鑒定與分析
        1 材料和方法
            1.1 植物材料與處理
            1.2 數(shù)據(jù)的來源與控制
            1.3 序列分析、系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建和小RNA靶位點(diǎn)預(yù)測(cè)
            1.4 茶樹材料RNA分離、cDNA逆轉(zhuǎn)錄和qRT-PCR檢測(cè)
        2 結(jié)果與分析
            2.1 茶樹的GRF和GIF基因家族的鑒定和序列分析
            2.2 茶樹CsGRF和CsGIF蛋白系統(tǒng)進(jìn)化樹和保守基序分析
            2.3 茶樹CsGRF轉(zhuǎn)錄本的miRNA靶位點(diǎn)預(yù)測(cè)
            2.4 CsGRF和CsGIF基因在茶樹葉發(fā)育期間的表達(dá)分析
            2.5 茶樹CsGRF和CsGIF基因在激素處理下的表達(dá)譜
        3 討論
    第七章 茶樹葉發(fā)育相關(guān)TCP家族基因鑒定與分析
        1 材料和方法
            1.1 植物材料、生長(zhǎng)條件和激素處理
            1.2 茶樹TCP序列的檢索
            1.3 系統(tǒng)進(jìn)化樹、序列特征和互作網(wǎng)絡(luò)分析
            1.4 亞細(xì)胞定位和microRNA靶位點(diǎn)預(yù)測(cè)
            1.5 茶樹材料RNA分離、cDNA逆轉(zhuǎn)錄和qRT-PCR分析
        2 結(jié)果與分析
            2.1 茶樹TCP家族蛋白的鑒定和系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建
            2.2 茶樹CsTCP蛋白的序列特征
            2.3 茶樹CsTCP蛋白的亞細(xì)胞定位
            2.4 茶樹CsTCP蛋白的功能注釋和互作網(wǎng)絡(luò)分析
            2.5 茶樹CsTCP轉(zhuǎn)錄本microRNA靶位點(diǎn)的預(yù)測(cè)
            2.6 茶樹葉發(fā)育過程中CsTCP基因的表達(dá)譜
            2.7 CsTCP基因在激素處理后茶樹葉中的表達(dá)譜
            2.8 TCP功能冗余對(duì)分析
        3 討論
    第八章 茶樹葉采后不同時(shí)間萎凋處理對(duì)蛋白質(zhì)組的影響
        1 材料和方法
            1.1 植物材料和萎凋處理
            1.2 茶樹材料蛋白質(zhì)提取、消化和iTRAQ標(biāo)記
            1.3 LC-MS/MS分析
            1.4 蛋白質(zhì)鑒定和定量
            1.5 生物信息學(xué)和注釋
            1.6 基因表達(dá)檢測(cè)
        2 結(jié)果與分析
            2.1 采摘后茶樹葉表型變化和蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定
            2.2 茶葉DEPs的GO注釋
            2.3 茶葉DEPs的KEGG注釋
            2.4 茶葉中蛋白-蛋白相互作用(PPI)
            2.5 茶葉DEPs轉(zhuǎn)錄和蛋白水平的比較分析
        3 討論
            3.1 采摘后的茶樹葉具有衰老生物學(xué)特征
            3.2 茶葉DEPs在初級(jí)代謝中起抑制作用
            3.3 DEPs參與了茶葉特異化合物的次生代謝途徑
    第九章 茶樹葉采后不同溫度萎凋處理對(duì)蛋白質(zhì)組的影響
        1 材料和方法
            1.1 植物材料和萎凋處理
            1.2 蛋白質(zhì)提取、消化和iTRAQ標(biāo)記
            1.3 LC-MS/MS分析
            1.4 蛋白質(zhì)鑒定和定量
            1.5 生物信息學(xué)和注釋
            1.6 基因表達(dá)檢測(cè)
        2 結(jié)果與分析
            2.1 采后茶葉在高溫和低溫萎凋處理中DEPs的鑒定與分析
            2.2 茶樹不同溫度萎凋DEPs的GO注釋
            2.3 茶樹不同溫度萎凋DEPs的KEGG注釋
            2.4 茶樹不同溫度萎凋蛋白-蛋白相互作用(PPI)
            2.5 茶樹不同溫度萎凋處理qRT-PCR檢測(cè)分析
        3 討論
            3.1 DEPs在采后茶葉中參與了對(duì)極限溫度的響應(yīng)
            3.2 茶樹葉不同溫度萎凋DEPs涉及到了茶葉特有化合物的代謝途徑
            3.3 茶樹葉不同溫度萎凋DEPs參與葉能量代謝
            3.4 內(nèi)源性激素相關(guān)的DEPs被激活或抑制
            3.5 茶樹葉不同溫度萎凋DEPs涉及到了細(xì)胞發(fā)育的抑制作用
    第十章 茶樹葉采后遮蔭/光照萎凋?qū)Φ鞍踪|(zhì)組的影響
        1 材料和方法
            1.1 植物材料和萎凋處理
            1.2 蛋白質(zhì)提取、消化和iTRAQ標(biāo)記
            1.3 LC-MS/MS分析
            1.4 蛋白質(zhì)鑒定和定量
            1.5 生物信息學(xué)和注釋
        2 結(jié)果與分析
            2.1 采后茶葉光照和遮蔭萎凋處理中DEPs的鑒定與分析
            2.2 茶樹葉光照和遮蔭萎凋處理DEPs的GO注釋
            2.3 茶樹葉光照和遮蔭萎凋處理DEPs的KEGG注釋
            2.4 茶樹葉光照和遮蔭萎凋處理蛋白-蛋白相互作用(PPI)
        3 討論
            3.1 茶樹葉光照和遮蔭萎凋處理DEPs參與了光合作用和光合固碳
            3.2 茶樹葉光照和遮蔭萎凋處理DEPs涉及到了茶葉兒茶素的合成
全文結(jié)論
本研究的創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀博士學(xué)位期間發(fā)表及待發(fā)表論文
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3434626