水稻苗期耐冷性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析及主效QTL的精細(xì)定位與應(yīng)用
發(fā)布時(shí)間:2021-09-30 16:58
植物在生長(zhǎng)過(guò)程中會(huì)遇到各種變化的環(huán)境條件。其中,低溫脅迫是影響作物生長(zhǎng)、產(chǎn)量和限制作物地理分布的主要逆境環(huán)境因素之一。水稻是世界上最主要的糧食作物之一,世界上一半人口以大米為主食。水稻起源于熱帶和亞熱帶地區(qū),相對(duì)于大麥、小麥等其它農(nóng)作物,水稻對(duì)低溫脅迫更為敏感,高緯度和高海拔地區(qū)的水稻也更容易遭受冷害的影響。即使在溫度適宜區(qū)種植水稻,連續(xù)數(shù)天的低溫也會(huì)對(duì)水稻的生長(zhǎng)和產(chǎn)量造成重要影響。因此,發(fā)掘重要的水稻耐冷資源,并剖析其耐冷機(jī)制,有利于指導(dǎo)水稻耐冷分子設(shè)計(jì)育種。本研究利用全基因組關(guān)聯(lián)分析方法,鑒定到一個(gè)主效的苗期耐冷QTL,并利用圖位克隆方法對(duì)qCT11進(jìn)行精細(xì)定位。主要結(jié)果如下:1.鑒定了550份來(lái)自53個(gè)國(guó)家的水稻種質(zhì)苗期的耐冷性。結(jié)果表明大多數(shù)秈稻品種不耐冷,粳稻品種較耐冷。也發(fā)現(xiàn)了部分極耐冷的秈稻種質(zhì)和極不耐冷的粳稻種質(zhì)。水稻種質(zhì)的耐冷性為育種等研究提供重要參考依據(jù)。2.過(guò)濾后用于GWAS分析的SNPs共有20,000個(gè)。SNP間距平均為18.6 kb,遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于水稻的LD衰退值。利用Kinship計(jì)算的親緣關(guān)系值表明,550份水稻種質(zhì)中絕大多數(shù)種質(zhì)的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。群體結(jié)構(gòu)對(duì)GW...
【文章來(lái)源】:中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁(yè)數(shù)】:83 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
007-2016年中國(guó)農(nóng)作物總成災(zāi)面積變化
中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院博士學(xué)位論文 第一章 引言化氫的清除能力,使幼穗免受脂質(zhì)過(guò)氧化傷害,從而提高低溫脅迫下小穗育性(Ns et al., 2003, Luet al., 2007, Sato et al., 2011, Garighan et al., 2014)。代謝組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究表明,活性氧信號(hào)途徑應(yīng)答是決定粳稻較強(qiáng)低溫耐受性的關(guān)鍵,水稻在低溫逆境下主要應(yīng)答是抗氧化代謝響應(yīng)(Zhanget al., 2016)。
科學(xué)院博士學(xué)位論文 第二章 水稻苗期耐冷性第二章 水稻苗期耐冷性狀的全基因組材料與方法驗(yàn)材料用到的 550 份種質(zhì)資源來(lái)源于 3000 份水稻基因組項(xiàng)目(3KRGP2中挑選的 550 份種質(zhì)來(lái)自 53 個(gè)國(guó)家,包含了秈稻(Indica)、粳稻iatetype)、Aus/boro 和 Basmati/sadri 五個(gè)類(lèi)型(圖 2.1)。550 份種別占 46%和 33%。6%1%
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Genome-wide association analyses provide genetic and biochemical insights into natural variation in rice metabolism[J]. Science Foundation in China. 2014(02)
[2]氣候變化對(duì)農(nóng)業(yè)和糧食生產(chǎn)影響的研究進(jìn)展與發(fā)展方向[J]. 覃志豪#研究員、博士生導(dǎo)師,唐華俊,李文娟,趙書(shū)河. 中國(guó)農(nóng)業(yè)資源與區(qū)劃. 2013(05)
[3]水稻芽性狀耐冷性的QTL分析[J]. 鞏迎軍,阮雯君,荀星,董彥君,林冬枝,葉勝海,張小明. 分子植物育種. 2009(02)
[4]利用重組自交系群體檢測(cè)水稻芽期耐冷性QTL[J]. 林靜,張亞?wèn)|,朱鎮(zhèn),趙凌,陳濤,王才林. 江西農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2008(03)
[5]水稻RIL群體芽期耐冷性基因的分子標(biāo)記定位[J]. 陳瑋,李煒. 武漢植物學(xué)研究. 2005(02)
[6]水稻芽期耐冷性QTL的分子定位[J]. 喬永利,韓龍植,安永平,張媛媛,曹桂蘭,高熙宗. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2005(02)
[7]低溫條件下水稻發(fā)芽力QTL的定位分析[J]. 滕勝,曾大力,錢(qián)前,國(guó)廣泰史,黃大年,朱立煌. 科學(xué)通報(bào). 2001(13)
[8]低溫脅迫期間水稻光合膜色素與蛋白水平的變化[J]. 曾乃燕,何軍賢,趙文,梁厚果. 西北植物學(xué)報(bào). 2000(01)
[9]水稻秈粳交DH群體苗期的耐冷性QTLs分析[J]. 錢(qián)前,曾大力,何平,鄭先武,陳英,朱立煌. 科學(xué)通報(bào). 1999(22)
[10]冷害類(lèi)型及其防御技術(shù)[J]. 韓學(xué)儉. 植物醫(yī)生. 1999(03)
博士論文
[1]基于SSSL的水稻耐冷QTL的定位和聚合效應(yīng)[D]. 楊梯豐.華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]水稻耐冷基因COR1的克隆與功能研究[D]. 黃李超.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2015
本文編號(hào):3416295
【文章來(lái)源】:中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁(yè)數(shù)】:83 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【部分圖文】:
007-2016年中國(guó)農(nóng)作物總成災(zāi)面積變化
中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院博士學(xué)位論文 第一章 引言化氫的清除能力,使幼穗免受脂質(zhì)過(guò)氧化傷害,從而提高低溫脅迫下小穗育性(Ns et al., 2003, Luet al., 2007, Sato et al., 2011, Garighan et al., 2014)。代謝組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究表明,活性氧信號(hào)途徑應(yīng)答是決定粳稻較強(qiáng)低溫耐受性的關(guān)鍵,水稻在低溫逆境下主要應(yīng)答是抗氧化代謝響應(yīng)(Zhanget al., 2016)。
科學(xué)院博士學(xué)位論文 第二章 水稻苗期耐冷性第二章 水稻苗期耐冷性狀的全基因組材料與方法驗(yàn)材料用到的 550 份種質(zhì)資源來(lái)源于 3000 份水稻基因組項(xiàng)目(3KRGP2中挑選的 550 份種質(zhì)來(lái)自 53 個(gè)國(guó)家,包含了秈稻(Indica)、粳稻iatetype)、Aus/boro 和 Basmati/sadri 五個(gè)類(lèi)型(圖 2.1)。550 份種別占 46%和 33%。6%1%
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Genome-wide association analyses provide genetic and biochemical insights into natural variation in rice metabolism[J]. Science Foundation in China. 2014(02)
[2]氣候變化對(duì)農(nóng)業(yè)和糧食生產(chǎn)影響的研究進(jìn)展與發(fā)展方向[J]. 覃志豪#研究員、博士生導(dǎo)師,唐華俊,李文娟,趙書(shū)河. 中國(guó)農(nóng)業(yè)資源與區(qū)劃. 2013(05)
[3]水稻芽性狀耐冷性的QTL分析[J]. 鞏迎軍,阮雯君,荀星,董彥君,林冬枝,葉勝海,張小明. 分子植物育種. 2009(02)
[4]利用重組自交系群體檢測(cè)水稻芽期耐冷性QTL[J]. 林靜,張亞?wèn)|,朱鎮(zhèn),趙凌,陳濤,王才林. 江西農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2008(03)
[5]水稻RIL群體芽期耐冷性基因的分子標(biāo)記定位[J]. 陳瑋,李煒. 武漢植物學(xué)研究. 2005(02)
[6]水稻芽期耐冷性QTL的分子定位[J]. 喬永利,韓龍植,安永平,張媛媛,曹桂蘭,高熙宗. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2005(02)
[7]低溫條件下水稻發(fā)芽力QTL的定位分析[J]. 滕勝,曾大力,錢(qián)前,國(guó)廣泰史,黃大年,朱立煌. 科學(xué)通報(bào). 2001(13)
[8]低溫脅迫期間水稻光合膜色素與蛋白水平的變化[J]. 曾乃燕,何軍賢,趙文,梁厚果. 西北植物學(xué)報(bào). 2000(01)
[9]水稻秈粳交DH群體苗期的耐冷性QTLs分析[J]. 錢(qián)前,曾大力,何平,鄭先武,陳英,朱立煌. 科學(xué)通報(bào). 1999(22)
[10]冷害類(lèi)型及其防御技術(shù)[J]. 韓學(xué)儉. 植物醫(yī)生. 1999(03)
博士論文
[1]基于SSSL的水稻耐冷QTL的定位和聚合效應(yīng)[D]. 楊梯豐.華南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]水稻耐冷基因COR1的克隆與功能研究[D]. 黃李超.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2015
本文編號(hào):3416295
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