貴紫麥1號轉錄組EST-SSR標記發(fā)掘與應用
發(fā)布時間：2021-09-07 10:34
為了開發(fā)新的小麥分子標記,利用前期小麥品種貴紫麥1號的轉錄組測序結果,對所得序列進行EST-SSR（Expressed sequence tags-simple sequence repeat）標記開發(fā),并對開發(fā)的標記進行了染色體定位、多態(tài)性篩選。結果表明,在119 572條總Unigenes序列中得到8 749條含SSR位點的EST序列,占7.3%,平均每8.04 kb就會出現1個SSR;EST序列中SSR類型的分布特點為三核苷酸重復類型最多,而五、六核苷酸重復類型出現頻次很少,單核苷酸重復以A/T出現頻次最多,二核苷酸重復以AG/CT出現頻次最多,三核苷酸重復以CCG/CGG出現頻次最多;對含SSR位點的EST序列進行引物設計,成功設計出引物的序列有5 503條,占總EST序列的62.9%,從中篩選到341對有效性EST-SSR引物;以中國春為對照,利用16份中國春缺體-四體系材料對341對EST-SSR引物進行染色體定位,共定位153對引物、201個位點,涉及除3A、5A、3B、4B及1D外的16條染色體,其中5B染色體定位引物對最多,達23對;篩選出53對多態(tài)性EST-SSR引...
【文章來源】：河南農業(yè)科學. 2020,49(05)北大核心
【文章頁數】：16 頁
【部分圖文】：
部分EST-SSR引物有效性檢測的電泳結果
表5 EST-SSR位點分布情況Tab.5 The distribution of EST-SSR sites個 同源群Homologous group 染色體組 Chromosome set 總計 Total A B D 1 21 18 — 39 2 12 12 7 31 3 — — 11 11 4 11 — 9 20 5 — 23 9 32 6 4 11 15 30 7 15 8 15 38 總計 Total 63 72 66 2012.3 52份小麥材料的EST-SSR遺傳多樣性分析
選用53對在貴紫麥1號和ZY96-3間具有多態(tài)性的EST-SSR引物,對52份小麥材料進行PCR擴增檢測(圖3),能夠在52份小麥材料中擴增出穩(wěn)定清晰且具多態(tài)性條帶的EST-SSR引物18對(多態(tài)率為34%)。由表6可知,18對EST-SSR引物在52份小麥材料中檢測到100個等位基因位點,變幅為3～10個,平均等位基因數5.6個;PIC值為0.303～0.791,平均為0.568。引物GZES652的等位基因位點最多,達10個,其PIC值也較高,為0.663;引物GZES529的PIC值最高,達0.791,等位基因位點也較多;引物GZES040的PIC值最低,為0.303,僅3個等位基因位點。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]貴紫麥1號籽粒色素形成相關基因的差異表達[J]. 徐熙,任明見,李魯華,楊喜翠,徐如宏. 中國農業(yè)科學. 2018(02)
[2]小麥EST-SSR標記在偃麥草中的通用性分析[J]. 王瑞晶,李培英. 分子植物育種. 2016(06)
[3]基于轉錄組序列的小麥ETS-SSR標記篩選與染色體定位[J]. 楊會,楊在君,魏淑紅,廖明莉,楊宇鳳,王育偉,王清海,彭正松. 西華師范大學學報(自然科學版). 2014(04)
[4]基于EST的普通小麥近緣物種第二部分同源群染色體特異分子標記[J]. 覃碧,王海燕,紀劍輝,曹愛忠,黃倬,王秀娥. 南京農業(yè)大學學報. 2011(02)
[5]EST-SSR標記在冬小麥品種DUS測試中的應用[J]. 張晗,姚鳳霞,劉永杰,宋衛(wèi)華,許金芳,王東建,李汝玉. 麥類作物學報. 2010(05)
[6]小麥EST-SSR標記的開發(fā)和遺傳作圖[J]. 潘海濤,汪俊君,王盈盈,齊照良,李斯深. 中國農業(yè)科學. 2010(03)
[7]62個小麥品種基于EST-SSR標記的遺傳多樣性分析[J]. 王盈盈,劉玉新,汪俊君,潘海濤,齊照良,李斯深. 麥類作物學報. 2008(05)
[8]小麥EST-SSR標記的開發(fā)和染色體定位及其在追蹤黑麥染色體中的應用[J]. 莊麗芳,宋立曉,馮祎高,錢保俐,徐海濱,裴自友,亓增軍. 作物學報. 2008(06)
[9]普通小麥SSR和EST-SSR引物對冰草通用性的比較分析[J]. 宿俊吉,柴守誠,劉偉華,楊欣明,李立會. 西北植物學報. 2007(07)
[10]普通小麥Genomic-SSR和EST-SSR分子標記遺傳差異及其與系譜遺傳距離的比較研究[J]. 楊新泉,劉鵬,韓宗福,倪中福,劉旺清,孫其信. 遺傳學報. 2005(04)
碩士論文
[1]小麥EST標記的開發(fā)及其應用研究[D]. 梅銘鳳.南京農業(yè)大學 2006
本文編號：3389391
【文章來源】：河南農業(yè)科學. 2020,49(05)北大核心
【文章頁數】：16 頁
【部分圖文】：
部分EST-SSR引物有效性檢測的電泳結果
表5 EST-SSR位點分布情況Tab.5 The distribution of EST-SSR sites個 同源群Homologous group 染色體組 Chromosome set 總計 Total A B D 1 21 18 — 39 2 12 12 7 31 3 — — 11 11 4 11 — 9 20 5 — 23 9 32 6 4 11 15 30 7 15 8 15 38 總計 Total 63 72 66 2012.3 52份小麥材料的EST-SSR遺傳多樣性分析
選用53對在貴紫麥1號和ZY96-3間具有多態(tài)性的EST-SSR引物,對52份小麥材料進行PCR擴增檢測(圖3),能夠在52份小麥材料中擴增出穩(wěn)定清晰且具多態(tài)性條帶的EST-SSR引物18對(多態(tài)率為34%)。由表6可知,18對EST-SSR引物在52份小麥材料中檢測到100個等位基因位點,變幅為3～10個,平均等位基因數5.6個;PIC值為0.303～0.791,平均為0.568。引物GZES652的等位基因位點最多,達10個,其PIC值也較高,為0.663;引物GZES529的PIC值最高,達0.791,等位基因位點也較多;引物GZES040的PIC值最低,為0.303,僅3個等位基因位點。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]貴紫麥1號籽粒色素形成相關基因的差異表達[J]. 徐熙,任明見,李魯華,楊喜翠,徐如宏. 中國農業(yè)科學. 2018(02)
[2]小麥EST-SSR標記在偃麥草中的通用性分析[J]. 王瑞晶,李培英. 分子植物育種. 2016(06)
[3]基于轉錄組序列的小麥ETS-SSR標記篩選與染色體定位[J]. 楊會,楊在君,魏淑紅,廖明莉,楊宇鳳,王育偉,王清海,彭正松. 西華師范大學學報(自然科學版). 2014(04)
[4]基于EST的普通小麥近緣物種第二部分同源群染色體特異分子標記[J]. 覃碧,王海燕,紀劍輝,曹愛忠,黃倬,王秀娥. 南京農業(yè)大學學報. 2011(02)
[5]EST-SSR標記在冬小麥品種DUS測試中的應用[J]. 張晗,姚鳳霞,劉永杰,宋衛(wèi)華,許金芳,王東建,李汝玉. 麥類作物學報. 2010(05)
[6]小麥EST-SSR標記的開發(fā)和遺傳作圖[J]. 潘海濤,汪俊君,王盈盈,齊照良,李斯深. 中國農業(yè)科學. 2010(03)
[7]62個小麥品種基于EST-SSR標記的遺傳多樣性分析[J]. 王盈盈,劉玉新,汪俊君,潘海濤,齊照良,李斯深. 麥類作物學報. 2008(05)
[8]小麥EST-SSR標記的開發(fā)和染色體定位及其在追蹤黑麥染色體中的應用[J]. 莊麗芳,宋立曉,馮祎高,錢保俐,徐海濱,裴自友,亓增軍. 作物學報. 2008(06)
[9]普通小麥SSR和EST-SSR引物對冰草通用性的比較分析[J]. 宿俊吉,柴守誠,劉偉華,楊欣明,李立會. 西北植物學報. 2007(07)
[10]普通小麥Genomic-SSR和EST-SSR分子標記遺傳差異及其與系譜遺傳距離的比較研究[J]. 楊新泉,劉鵬,韓宗福,倪中福,劉旺清,孫其信. 遺傳學報. 2005(04)
碩士論文
[1]小麥EST標記的開發(fā)及其應用研究[D]. 梅銘鳳.南京農業(yè)大學 2006
本文編號：3389391
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