紫花苜蓿冷脅迫轉(zhuǎn)錄組分析及MsMYB144基因的功能鑒定
發(fā)布時間:2021-08-07 07:46
紫花苜蓿(Medicago sativa subsp.sativa L.)是一種廣泛種植的豆科牧草,因其較高的營養(yǎng)價值被譽為“牧草之王”。然而,非生物逆境嚴(yán)重阻礙著紫花苜蓿的生長和生產(chǎn)。由于基因組信息的不完整以及表達(dá)譜數(shù)據(jù)的匱乏,與傳統(tǒng)作物相比,關(guān)于紫花苜?鼓婊虻耐诰騽倓偲鸩。為了全面的揭示紫花苜蓿在響應(yīng)冷脅迫過程中基因表達(dá)的變化,本研究利用高通量測序BGISEQ-500技術(shù)并結(jié)合全長轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),比較了 4℃冷脅迫條件下紫花苜蓿的轉(zhuǎn)錄組動態(tài)特征。MYB基因家族在植物響應(yīng)非生物逆境中扮演著重要作用,但是在紫花苜蓿中尚未進(jìn)行系統(tǒng)研究。在前期轉(zhuǎn)錄組實驗的基礎(chǔ)上,本研究對紫花苜蓿MYB基因家族進(jìn)行了識別與鑒定,分析了不同成員在冷等非生物脅迫條件下的表達(dá)模式,并通過遺傳轉(zhuǎn)化在擬南芥和紫花苜蓿中鑒定了MsMYB144的基因功能。主要研究結(jié)果如下:1、分析了冷脅迫條件下紫花苜蓿8個生理指標(biāo)的變化特征。結(jié)果表明,與對照相比,冷脅迫條件下紫花苜蓿中的離子泄漏水平、過氧化氫酶(CAT)和過氧化物酶(POD)活性、還原型谷胱甘肽(GSH)含量、過氧化氫(H202)含量、丙二醛(MDA)含量以及脯氨酸(P...
【文章來源】:蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:151 頁
【學(xué)位級別】:博士
【部分圖文】:
圖3.2冷脅迫Oh、2?h、6?h、24?h和48?h后紫花苜蓿整株幼苗生理指標(biāo)變化
?紫花苜蓿冷脅迫轉(zhuǎn)錄組分析及MvMygj;虻墓δ荑b定??組分”、“分子功能”和“生化過程”(圖3.5),其中以“生化過程”類別中的unigenes??數(shù)量最多,其次為“分子功能”和“細(xì)胞組分”。??表3.3非冗余unigene與公共數(shù)據(jù)庫的BLAST分析??Table?3.3?BLAST?analysis?of?the?non-redundant?unigenes?against?public?databases??注釋基因的數(shù)量(%)??數(shù)據(jù)庫??Number?of?annotated?unigenes?(Percentage)??Database????CO?Cl?C2?C3?C4?All??在?Nr?注釋的數(shù)量?20,470?20,863?20,611?20,643?20,732?21,947??Annotated?in?Nr?(44.80%)?(44.33%)?(45.04%)?(45.09%)?(44.40%)?(43.20%)??在?GO?中注釋的數(shù)量?43
為了驗證測序結(jié)果的準(zhǔn)確性和可重_性,本實驗隨機(jī)選擇了?9個unigenes??進(jìn)行qRT-PCR驗證(表3.1)。結(jié)果表明,這9個unigenes的qRT-PCR結(jié)果與測??序數(shù)據(jù)相一致,這說明本實驗的測序結(jié)杲可靠(圖3.6),可用于后續(xù)相關(guān)研宄。??3.2.4差異表達(dá)基因的識別和聚類分析??在本實驗中,利用不同冷處理時間點文庫中的FPKM值來調(diào)査基閨的表達(dá)??變化,并揭示紫花苜蓿在響應(yīng)冷脅迫過程中的關(guān)鍵基因《在進(jìn)行差異表達(dá)分析時,??以冷處理和對照樣品間基囡表達(dá)水平的差異倍數(shù)大于等;于4作為篩選條件,最后??共獲得5,283個差異表達(dá)_因(圖3.7)。與對照相比,冷處理時間點Cl、C2、??C3和C4分別含有U47?(966個上調(diào),81個下調(diào))、1,033?(936個上調(diào),97個??下調(diào))、2638?(1,663上調(diào)、975個下調(diào))和3,473?(1,987個上調(diào),1,486個下調(diào))??個差異表達(dá)基因(圖3.8),其中C3和C4時間點的差異表達(dá)基因多于C1和C2??時間點的數(shù)量*此外
本文編號:3327383
【文章來源】:蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:151 頁
【學(xué)位級別】:博士
【部分圖文】:
圖3.2冷脅迫Oh、2?h、6?h、24?h和48?h后紫花苜蓿整株幼苗生理指標(biāo)變化
?紫花苜蓿冷脅迫轉(zhuǎn)錄組分析及MvMygj;虻墓δ荑b定??組分”、“分子功能”和“生化過程”(圖3.5),其中以“生化過程”類別中的unigenes??數(shù)量最多,其次為“分子功能”和“細(xì)胞組分”。??表3.3非冗余unigene與公共數(shù)據(jù)庫的BLAST分析??Table?3.3?BLAST?analysis?of?the?non-redundant?unigenes?against?public?databases??注釋基因的數(shù)量(%)??數(shù)據(jù)庫??Number?of?annotated?unigenes?(Percentage)??Database????CO?Cl?C2?C3?C4?All??在?Nr?注釋的數(shù)量?20,470?20,863?20,611?20,643?20,732?21,947??Annotated?in?Nr?(44.80%)?(44.33%)?(45.04%)?(45.09%)?(44.40%)?(43.20%)??在?GO?中注釋的數(shù)量?43
為了驗證測序結(jié)果的準(zhǔn)確性和可重_性,本實驗隨機(jī)選擇了?9個unigenes??進(jìn)行qRT-PCR驗證(表3.1)。結(jié)果表明,這9個unigenes的qRT-PCR結(jié)果與測??序數(shù)據(jù)相一致,這說明本實驗的測序結(jié)杲可靠(圖3.6),可用于后續(xù)相關(guān)研宄。??3.2.4差異表達(dá)基因的識別和聚類分析??在本實驗中,利用不同冷處理時間點文庫中的FPKM值來調(diào)査基閨的表達(dá)??變化,并揭示紫花苜蓿在響應(yīng)冷脅迫過程中的關(guān)鍵基因《在進(jìn)行差異表達(dá)分析時,??以冷處理和對照樣品間基囡表達(dá)水平的差異倍數(shù)大于等;于4作為篩選條件,最后??共獲得5,283個差異表達(dá)_因(圖3.7)。與對照相比,冷處理時間點Cl、C2、??C3和C4分別含有U47?(966個上調(diào),81個下調(diào))、1,033?(936個上調(diào),97個??下調(diào))、2638?(1,663上調(diào)、975個下調(diào))和3,473?(1,987個上調(diào),1,486個下調(diào))??個差異表達(dá)基因(圖3.8),其中C3和C4時間點的差異表達(dá)基因多于C1和C2??時間點的數(shù)量*此外
本文編號:3327383
本文鏈接:http://sikaile.net/nykjlw/nzwlw/3327383.html
最近更新
教材專著