玉米株高和穗位高及其一般配合力的全基因組關(guān)聯(lián)分析
發(fā)布時間:2021-07-29 13:14
在玉米育種和生產(chǎn)過程中,株高(PH)和穗位高(EH)是重要的農(nóng)藝性狀,在抗倒伏性狀上起到非常重要的作用,進而影響玉米的產(chǎn)量和品質(zhì),從分子水平對玉米PH和EH及其一般配合力(GCA)效應進行遺傳解析對這些性狀的遺傳改良具有重要意義。前期研究中,我們利用美國Illumina公司生產(chǎn)的maizeSNP50BeadChip芯片(包含56110個SNP標記)對362份玉米自交系的基因型進行了檢測,本研究以其中340份自交系為材料,通過一年多點田間試驗對供試自交系的PH和EH進行鑒定;同時以一個綜合種CZ1302為母本,以供試自交系為父本,按頂交法配制測交種;通過多年多點田間試驗,對供試自交系PH和EH的GCA效應進行測定;結(jié)合SNP分子標記數(shù)據(jù)與PH和EH表型鑒定結(jié)果及其GCA測定結(jié)果,進行全基因組關(guān)聯(lián)分析。主要結(jié)果如下:1 通過篩選獲得43979個具有多態(tài)性的高質(zhì)量SNP,相鄰標記間平均距離為47Kb,在全基因組上的連鎖不平衡(LD)衰減距離為450-50QKb。群體結(jié)構(gòu)分析結(jié)果表明,可將340份自交系材料分為三個亞群:Tropical群、NSS群和SS群,分別包括124、67和149份自交系...
【文章來源】:四川農(nóng)業(yè)大學四川省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:97 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1關(guān)聯(lián)分析基本原理(引自陳秀辰2012[45])??
另外,GWAS可以對控制II標性狀的基因更加精細的預測,精確度可以達到80%,??因此做為一個全新的且先進的研究方法得到了國際上的認可。GWAS的技術(shù)路線圖如??圖2。??種質(zhì)資源收集和選擇??全基因組分子標記?確定目標性狀??標記間LD分析j?群體結(jié)構(gòu)分析j?|表型性狀鑒定??標記與表型性狀間關(guān)聯(lián)分析??圖2全基因組關(guān)聯(lián)分析技術(shù)路線(引自陳秀辰2012)?[451??Fig.2?The?technology?roadmap?of?GWAS??候選基因關(guān)聯(lián)分析需要提前確定與P標相關(guān)的候選基因,包括候選坫?的功能預??測信息,這些資料只是關(guān)于被確定的候選蕋因本身而B。候選基因關(guān)聯(lián)分析的技術(shù)路??線如圖3。??11??
候選基因關(guān)聯(lián)分析需要提前確定與P標相關(guān)的候選基因,包括候選坫?的功能預??測信息,這些資料只是關(guān)于被確定的候選蕋因本身而B。候選基因關(guān)聯(lián)分析的技術(shù)路??線如圖3。??11??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]Genome-Wide Expression Profile of Maize Root Response to Phosphorus Deficiency Revealed by Deep Sequencing[J]. SU Shun-zhong,WU Ling,LIU Dan,LU Yan-li,LIN Hai-jian,ZHANG Shu-zhi,SHEN Ya-ou,LIU Hai-lan,ZHANG Zhi-ming,RONG Ting-zhao,ZHANG Xiao,TIAN Yue-hui,NIE Zhi,GAO Shi-bin. Journal of Integrative Agriculture. 2014(06)
[2]基于QTL定位分析策略的一般配合力遺傳基礎(chǔ)研究[J]. 胡文明,徐揚,張恩盈,徐辰武. 中國農(nóng)業(yè)科學. 2013(16)
[3]中國玉米生產(chǎn)發(fā)展歷程、存在問題及對策[J]. 趙久然,王榮煥. 中國農(nóng)業(yè)科技導報. 2013(03)
[4]玉米穗位高全基因組關(guān)聯(lián)分析及其候選基因預測[J]. 李博,張煥欣,楊小艷,呂穎穎,江培順,郝轉(zhuǎn)芳,呂香玲,王宏偉,翁建峰. 作物雜志. 2013(02)
[5]數(shù)量性狀關(guān)聯(lián)分析及其在蔬菜中的應用[J]. 陳秀辰,楊旭,成玉富,薛林寶,陳學好. 中國蔬菜. 2012(16)
[6]玉米論略[J]. 韓長賦. 農(nóng)業(yè)經(jīng)濟問題. 2012(06)
[7]Conversion of the Statistical Combining Ability into a Genetic Concept[J]. LV Ai-zhi1, 2, ZHANG Hao1, ZHANG Zu-xin1, 2, TAO Yong-sheng1, YUE Bing2 and ZHENG Yong-lian2 1 College of Agronomy, Hebei Agricultural University/Hebei Sub-Center of National Maize Improvement Center, Baoding 071001, P.R. China 2 National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, P.R.China. Journal of Integrative Agriculture. 2012(01)
[8]Stability of QTL Across Environments and QTL-by-Environment Interactions for Plant and Ear Height in Maize[J]. ZHANG Yan1,LI Yong-xiang1,WANG Yang1,LIU Zhi-zhai1,3,LIU Cheng2,PENG Bo1,TAN Wei-wei1,WANG Di1,SHI Yun-su1,SUN Bao-cheng2,SONG Yan-chun1,WANG Tian-yu1 and LI Yu1 1 Institute of Crop Sciences,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Beijing 100081,P.R.China 2 Institute of Food Crops,Xinjiang Academy of Agricultural Sciences,Urumqi 830000,P.R.China 3 Maize Research Institute,Southwest University,Chongqing 400716,P.R.China. Agricultural Sciences in China. 2010(10)
[9]玉米株高和穗位高的QTL定位[J]. 楊曉軍,路明,張世煌,周芳,曲延英,謝傳曉. 遺傳. 2008(11)
[10]玉米自交系主要數(shù)量性狀配合力及利用潛力分析[J]. 趙保獻,陳潤玲,雷曉兵,梁曉偉,王向陽,李林,衛(wèi)勇強. 中國農(nóng)學通報. 2008(10)
博士論文
[1]玉米自交系遺傳多樣性與表型性狀關(guān)聯(lián)分析及分子ID構(gòu)建[D]. 李偉忠.東北農(nóng)業(yè)大學 2011
碩士論文
[1]利用重組自交系群體定位一般配合力相關(guān)性狀QTL[D]. 張慶路.華中農(nóng)業(yè)大學 2010
[2]玉米DH群體株高、節(jié)間長、穗部性狀和一般配合力的分析及QTL定位[D]. 張建華.河北農(nóng)業(yè)大學 2009
[3]利用水稻重組自交系進行配合力遺傳效應分析[D]. 付新民.華中農(nóng)業(yè)大學 2009
[4]玉米DH系的一般配合力分析及其QTL定位[D]. 顧麗香.河北農(nóng)業(yè)大學 2007
本文編號:3309390
【文章來源】:四川農(nóng)業(yè)大學四川省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:97 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1關(guān)聯(lián)分析基本原理(引自陳秀辰2012[45])??
另外,GWAS可以對控制II標性狀的基因更加精細的預測,精確度可以達到80%,??因此做為一個全新的且先進的研究方法得到了國際上的認可。GWAS的技術(shù)路線圖如??圖2。??種質(zhì)資源收集和選擇??全基因組分子標記?確定目標性狀??標記間LD分析j?群體結(jié)構(gòu)分析j?|表型性狀鑒定??標記與表型性狀間關(guān)聯(lián)分析??圖2全基因組關(guān)聯(lián)分析技術(shù)路線(引自陳秀辰2012)?[451??Fig.2?The?technology?roadmap?of?GWAS??候選基因關(guān)聯(lián)分析需要提前確定與P標相關(guān)的候選基因,包括候選坫?的功能預??測信息,這些資料只是關(guān)于被確定的候選蕋因本身而B。候選基因關(guān)聯(lián)分析的技術(shù)路??線如圖3。??11??
候選基因關(guān)聯(lián)分析需要提前確定與P標相關(guān)的候選基因,包括候選坫?的功能預??測信息,這些資料只是關(guān)于被確定的候選蕋因本身而B。候選基因關(guān)聯(lián)分析的技術(shù)路??線如圖3。??11??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]Genome-Wide Expression Profile of Maize Root Response to Phosphorus Deficiency Revealed by Deep Sequencing[J]. SU Shun-zhong,WU Ling,LIU Dan,LU Yan-li,LIN Hai-jian,ZHANG Shu-zhi,SHEN Ya-ou,LIU Hai-lan,ZHANG Zhi-ming,RONG Ting-zhao,ZHANG Xiao,TIAN Yue-hui,NIE Zhi,GAO Shi-bin. Journal of Integrative Agriculture. 2014(06)
[2]基于QTL定位分析策略的一般配合力遺傳基礎(chǔ)研究[J]. 胡文明,徐揚,張恩盈,徐辰武. 中國農(nóng)業(yè)科學. 2013(16)
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[4]玉米穗位高全基因組關(guān)聯(lián)分析及其候選基因預測[J]. 李博,張煥欣,楊小艷,呂穎穎,江培順,郝轉(zhuǎn)芳,呂香玲,王宏偉,翁建峰. 作物雜志. 2013(02)
[5]數(shù)量性狀關(guān)聯(lián)分析及其在蔬菜中的應用[J]. 陳秀辰,楊旭,成玉富,薛林寶,陳學好. 中國蔬菜. 2012(16)
[6]玉米論略[J]. 韓長賦. 農(nóng)業(yè)經(jīng)濟問題. 2012(06)
[7]Conversion of the Statistical Combining Ability into a Genetic Concept[J]. LV Ai-zhi1, 2, ZHANG Hao1, ZHANG Zu-xin1, 2, TAO Yong-sheng1, YUE Bing2 and ZHENG Yong-lian2 1 College of Agronomy, Hebei Agricultural University/Hebei Sub-Center of National Maize Improvement Center, Baoding 071001, P.R. China 2 National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, P.R.China. Journal of Integrative Agriculture. 2012(01)
[8]Stability of QTL Across Environments and QTL-by-Environment Interactions for Plant and Ear Height in Maize[J]. ZHANG Yan1,LI Yong-xiang1,WANG Yang1,LIU Zhi-zhai1,3,LIU Cheng2,PENG Bo1,TAN Wei-wei1,WANG Di1,SHI Yun-su1,SUN Bao-cheng2,SONG Yan-chun1,WANG Tian-yu1 and LI Yu1 1 Institute of Crop Sciences,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Beijing 100081,P.R.China 2 Institute of Food Crops,Xinjiang Academy of Agricultural Sciences,Urumqi 830000,P.R.China 3 Maize Research Institute,Southwest University,Chongqing 400716,P.R.China. Agricultural Sciences in China. 2010(10)
[9]玉米株高和穗位高的QTL定位[J]. 楊曉軍,路明,張世煌,周芳,曲延英,謝傳曉. 遺傳. 2008(11)
[10]玉米自交系主要數(shù)量性狀配合力及利用潛力分析[J]. 趙保獻,陳潤玲,雷曉兵,梁曉偉,王向陽,李林,衛(wèi)勇強. 中國農(nóng)學通報. 2008(10)
博士論文
[1]玉米自交系遺傳多樣性與表型性狀關(guān)聯(lián)分析及分子ID構(gòu)建[D]. 李偉忠.東北農(nóng)業(yè)大學 2011
碩士論文
[1]利用重組自交系群體定位一般配合力相關(guān)性狀QTL[D]. 張慶路.華中農(nóng)業(yè)大學 2010
[2]玉米DH群體株高、節(jié)間長、穗部性狀和一般配合力的分析及QTL定位[D]. 張建華.河北農(nóng)業(yè)大學 2009
[3]利用水稻重組自交系進行配合力遺傳效應分析[D]. 付新民.華中農(nóng)業(yè)大學 2009
[4]玉米DH系的一般配合力分析及其QTL定位[D]. 顧麗香.河北農(nóng)業(yè)大學 2007
本文編號:3309390
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