基于高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的蝶豆花抗菌肽預(yù)測(cè)
發(fā)布時(shí)間:2021-07-25 10:30
蝶豆花(Clitoriaternatea),俗稱(chēng)藍(lán)蝴蝶,鳶尾屬草本植物,因花朵形式蝴蝶而得名,有廣泛的醫(yī)用價(jià)值。在印度的藥物系統(tǒng)中,蝶豆花經(jīng)常被應(yīng)用作為有效的抗抑郁、抗微生物、解熱藥、以及作為神經(jīng)補(bǔ)品來(lái)增強(qiáng)記憶,在美國(guó)和其它熱帶亞洲國(guó)家也有同樣的記載。研究報(bào)道,蝶豆花根和花的煎劑具有促進(jìn)子宮收縮和抗凝血作用。動(dòng)物實(shí)驗(yàn)表明,花和葉的提取物在大鼠中顯示出抗高血糖作用。蝶豆花的這些藥用價(jià)值,和蝶豆花中的抗菌肽有著直接相關(guān)的聯(lián)系。除此之外,蝶豆花中的天然藍(lán)色素,是純天然的食品染料,可用于制作糕點(diǎn)和花茶飲品?咕模ˋntimicrobial peptides,AMPs)是具有抗真菌、細(xì)菌、病毒的小分子物質(zhì),廣泛存在植物、動(dòng)物和昆蟲(chóng)中。抗菌肽通常富含多個(gè)半胱氨酸殘基,這些半胱氨酸殘基會(huì)形成二硫化合物,二硫化合物賦予AMPs復(fù)雜的化學(xué)結(jié)構(gòu)、熱學(xué)和蛋白水解穩(wěn)定性。半胱氨酸的穩(wěn)定結(jié)構(gòu),可以修飾半胱氨酸殘基之間的主鏈部分,使其作為生物活性肽移植到靶細(xì)胞內(nèi),因其穩(wěn)定的支架結(jié)構(gòu)可以抵抗消化酶的抗性和其它不太穩(wěn)定的生理?xiàng)l件。這對(duì)于開(kāi)發(fā)植物AMPs作為潛在的治療劑和通過(guò)轉(zhuǎn)基因方法保護(hù)作物是個(gè)好消息;诎腚装彼...
【文章來(lái)源】:南方醫(yī)科大學(xué)廣東省
【文章頁(yè)數(shù)】:75 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖2-2?unigene長(zhǎng)度分布圖??
將unigene和COG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),33285條unigene在數(shù)據(jù)庫(kù)中找到相似??性序列。unigene根據(jù)功能大致可分為25類(lèi),通過(guò)對(duì)每一類(lèi)的COG注釋的基因??功能進(jìn)行分類(lèi)統(tǒng)計(jì),可獲得蝶豆花轉(zhuǎn)錄組中各類(lèi)功能基因的數(shù)目(圖3-2,表3-3?)。??如圖所示,整體功能類(lèi)的基因數(shù)量較多,有5548條,其次是轉(zhuǎn)錄功能(3342),??復(fù)制、重組和修復(fù)功能(3200),信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制(2400),翻譯后修飾、蛋白質(zhì)??折疊和伴侶蛋白(1999),細(xì)胞核結(jié)構(gòu)相關(guān)基因類(lèi)的數(shù)量最少,只有4條,而未??知功能的序列多達(dá)1580條。??6000?-??5000?-??隨?4000?-??栽??^?3000?-??C??So??!?2000?-??ABCDEFGH?I?J?KLMNOPQRSTUVWYZ??圖3-2?unigene在COG的功能分類(lèi)??Figure?3-2?COG?funciton?categories?of?unigene??27??
多個(gè)模式[57],如環(huán)肽的一種模式為‘CX{3}CX{4}CX{6}CX{1}CX{4}C’,其中C??表示半管氨酸殘基,X表示除了半胱氨酸外的其它氨基酸,花括號(hào)里面的數(shù)字表??示其它氨基酸的數(shù)量范圍。識(shí)別蝶豆花抗菌肽序列,具體過(guò)程如圖4-1:??1)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于家蠶中腸RNA-seq數(shù)據(jù)的新基因發(fā)掘及初步分析[J]. 周凱月,唐健,李玉霞,郝長(zhǎng)富,徐安英. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(24)
[2]辣椒轉(zhuǎn)錄組SNP挖掘及多態(tài)性分析[J]. 劉峰,謝玲玲,弭寶彬,歐陽(yáng)嫻,茆振川,鄒學(xué)校,謝丙炎. 園藝學(xué)報(bào). 2014(02)
[3]植物環(huán)蛋白的結(jié)構(gòu)[J]. 唐軍,譚寧華,許文彥,嵇長(zhǎng)久,潘蓄林,Conan Wang,Norelle L.Daly,David J.Craik. 云南植物研究. 2008(02)
碩士論文
[1]蓮子草轉(zhuǎn)錄組從頭組裝及抗菌肽序列的挖掘[D]. 朱金東.南方醫(yī)科大學(xué) 2017
本文編號(hào):3301860
【文章來(lái)源】:南方醫(yī)科大學(xué)廣東省
【文章頁(yè)數(shù)】:75 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖2-2?unigene長(zhǎng)度分布圖??
將unigene和COG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),33285條unigene在數(shù)據(jù)庫(kù)中找到相似??性序列。unigene根據(jù)功能大致可分為25類(lèi),通過(guò)對(duì)每一類(lèi)的COG注釋的基因??功能進(jìn)行分類(lèi)統(tǒng)計(jì),可獲得蝶豆花轉(zhuǎn)錄組中各類(lèi)功能基因的數(shù)目(圖3-2,表3-3?)。??如圖所示,整體功能類(lèi)的基因數(shù)量較多,有5548條,其次是轉(zhuǎn)錄功能(3342),??復(fù)制、重組和修復(fù)功能(3200),信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制(2400),翻譯后修飾、蛋白質(zhì)??折疊和伴侶蛋白(1999),細(xì)胞核結(jié)構(gòu)相關(guān)基因類(lèi)的數(shù)量最少,只有4條,而未??知功能的序列多達(dá)1580條。??6000?-??5000?-??隨?4000?-??栽??^?3000?-??C??So??!?2000?-??ABCDEFGH?I?J?KLMNOPQRSTUVWYZ??圖3-2?unigene在COG的功能分類(lèi)??Figure?3-2?COG?funciton?categories?of?unigene??27??
多個(gè)模式[57],如環(huán)肽的一種模式為‘CX{3}CX{4}CX{6}CX{1}CX{4}C’,其中C??表示半管氨酸殘基,X表示除了半胱氨酸外的其它氨基酸,花括號(hào)里面的數(shù)字表??示其它氨基酸的數(shù)量范圍。識(shí)別蝶豆花抗菌肽序列,具體過(guò)程如圖4-1:??1)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于家蠶中腸RNA-seq數(shù)據(jù)的新基因發(fā)掘及初步分析[J]. 周凱月,唐健,李玉霞,郝長(zhǎng)富,徐安英. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(24)
[2]辣椒轉(zhuǎn)錄組SNP挖掘及多態(tài)性分析[J]. 劉峰,謝玲玲,弭寶彬,歐陽(yáng)嫻,茆振川,鄒學(xué)校,謝丙炎. 園藝學(xué)報(bào). 2014(02)
[3]植物環(huán)蛋白的結(jié)構(gòu)[J]. 唐軍,譚寧華,許文彥,嵇長(zhǎng)久,潘蓄林,Conan Wang,Norelle L.Daly,David J.Craik. 云南植物研究. 2008(02)
碩士論文
[1]蓮子草轉(zhuǎn)錄組從頭組裝及抗菌肽序列的挖掘[D]. 朱金東.南方醫(yī)科大學(xué) 2017
本文編號(hào):3301860
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