茯苓是多孔菌科真菌（Wolfiporia cocos）的擔子菌類中藥,藥用歷史悠久,具有極高的藥用價值和膳食營養(yǎng)價值,被廣泛應用于中醫(yī)藥及食品保健食品中。茯苓的主要活性成分為多糖和三萜類化合物。由于茯苓的生長主要依賴于寄生在松木之上,松木資源的逐年匱乏限制了茯苓藥材的規(guī)模生產,因此,研究并揭示茯苓菌核形成與寄生松木之間的關系具有十分重要的意義。目前,國內外茯苓研究領域此類研究尚屬空白。本論文對茯苓的高通量轉錄組測序數(shù)據(jù)進行分析研究,分析茯苓菌核形成及發(fā)育相關基因,并進行篩選研究�；贗llumina HiSeq2000高通量測序獲得了茯苓生長7d的菌絲,生長2,4,6個月菌核（M,S1,S2,S3）轉錄組數(shù)據(jù),使用Trinity和TGICL軟件對Unigene的De Novo拼接,基于BLAST得到注釋的轉錄組,對Unigene蛋白功能注釋,GO分類,KOG功能注釋,KEGG代謝通路分析和Heatmap分析�；谲蜍咿D錄組數(shù)據(jù),通過基因表達豐度與實時熒光定量（qRT-PCR）實驗結果的一個對比分,析篩選出與菌核形成及發(fā)育的相關功能基因。研究結果如下:1.通過茯苓轉錄組數(shù)據(jù)的拼接,通過質... 

【文章來源】：武漢輕工大學湖北省

【文章頁數(shù)】：67 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

茯苓候選基因篩選技術路線

第二章 實驗材料和實驗方法第二章 實驗材料和實驗方法2.1 實驗材料2.1.1 植物材料研究實驗所用到的不同時期茯苓菌核（Sclerotia of W. cocos）于 2013 年均采湖北省羅田縣九資河茯苓種植基地。接種菌絲后大約 2 個月左右形成菌核，在苓成熟的過程中，按照菌絲（M1），2 個月（剛形成菌核為 S1），4 個月（沒成熟的子實體 S2），6 個月（完全成熟的子實體）的菌核四個階段作為研究對象每個階段各 3 個菌核作為樣本。不同時期的茯苓見圖 1.1

2.2.4 Unigene 功能注釋將高通量測序拼接后的茯苓的 Unigene 與公共數(shù)據(jù)進行對比[75]，通過 gene的相似性進行功能注釋�；蛳嗨菩员葘χ饕� BLAST 算法。BLAST，全稱是"基于局部比對算法的搜索工具"，由 Altschul 等人在上個世紀 90 年代提出，Blast 能夠將兩段核酸序列，蛋白序列放在一起進行進行同源性對比，發(fā)掘他們相似性功能的工具，通過設定一定的參數(shù)值，將兩段序列放入該工具中，它能夠通過對該序列的相似區(qū)域進行快速的打分，以此來確定兩段序列之間的相似性[76]。然后將高通量測序得到的 unigene 序列，分別與 SWISS-PROT、TREMBL、CDD、PFAM、NR 和 KOG 庫進行比對，取相似度>30%，且 e<1e-5 的注釋，得到具有最高相似性的蛋白序列，從而獲取不同時期茯苓的 Unigene 功能注釋。Unigene 功能注釋流程如圖 2.2。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]新一代測序技術的發(fā)展和應用[J]. 田李,張穎,趙云峰.  生物技術通報. 2015(11)
[2]茯苓藥物成分提取分離及其藥用價值研究進展[J]. 劉惠知,吳勝蓮,張德元,唐少軍,邵晨霞,譚明輝.  中國食用菌. 2015(06)
[3]竹節(jié)參根狀莖總RNA提取方法的研究與優(yōu)化[J]. 吳亞運,張紹鵬,趙小龍,宋佳,陳平.  武漢輕工大學學報. 2015(03)
[4]生物信息學在藥物研究和開發(fā)中的應用[J]. 王可鑒,賀林,楊侖.  中國藥理學與毒理學雜志. 2014(01)
[5]湖北茯苓生產現(xiàn)狀及產業(yè)化發(fā)展對策[J]. 王克勤,尹旭仁,黃鶴,付杰,馮漢鴿,汪琦,孫賡.  中國現(xiàn)代中藥. 2012(12)
[6]棗樹內參基因ZjH3的克隆與篩選[J]. 孟玉平,曹秋芬,孫海峰.  生物技術通報. 2010(11)
[7]實時熒光定量PCR定量方法研究進展[J]. 廉紅霞,高騰云,傅彤,孫宇,李改英.  江西農業(yè)學報. 2010(10)
[8]新一代高通量測序技術及其臨床應用前景[J]. 王升躍.  廣東醫(yī)學. 2010(03)
[9]茯苓菌株生物學特性的研究[J]. 蔡丹鳳,陳美元,郭仲杰,王雪英,林佩瑛,林海芳,林杰.  中國食用菌. 2009(01)
[10]茯苓棚室代料栽培技術研究初報[J]. 李劍,王克勤,蘇瑋,傅杰,熊歡,邊銀丙.  食用菌學報. 2008(04)

碩士論文
[1]茯苓種質資源多樣性與代料栽培技術初步研究[D]. 李劍.華中農業(yè)大學 2007



本文編號：3289128