種子萌發(fā)一般是指從種子休眠到植株生長(zhǎng)的一個(gè)過(guò)渡階段,是植物新一輪生命周期的開始。水稻,是世界上最重要的農(nóng)作物之一,也是單子葉植物的模式植物。隨著基因測(cè)序技術(shù)和“組學(xué)”研究手段的快速發(fā)展,轉(zhuǎn)錄組測(cè)序成為了研究種子萌發(fā)機(jī)理的新策略。種子吸脹損傷是影響水稻直播成苗的一個(gè)重要因素。為了揭示與種子吸脹相關(guān)的脅迫響應(yīng)基因,本研究利用RNA測(cè)序技術(shù)對(duì)干燥狀態(tài)（0 h）,吸脹狀態(tài)（24h）和萌發(fā)狀態(tài)（48 h）的韭菜青種子進(jìn)行動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果表明,在種子萌發(fā)早期（0-24h）共檢測(cè)到1452個(gè)差異表達(dá)基因,包括648個(gè)上調(diào)表達(dá)差異基因、804個(gè)下調(diào)表達(dá)差異基因:,在種子萌發(fā)后期（24-48 h）共鑒定到625個(gè)差異表達(dá)基因,包括230個(gè)上調(diào)表達(dá)差異基因、395個(gè)下調(diào)表達(dá)差異基因。GO和MapMan進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),在種子萌發(fā)早期的391個(gè)差異表達(dá)基因,以及在種子萌發(fā)后期的164個(gè)差異表達(dá)基因參與脅迫響應(yīng)。這些與種子吸脹相關(guān)的脅迫響應(yīng)差異表達(dá)基因,包括非生物脅迫（abiotic stress）、激素（hormone）、過(guò)氧化物酶（peroxidases）、信號(hào)（signaling）、轉(zhuǎn)錄（transc... 

【文章來(lái)源】：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：107 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖２．４早期（０－２４ｈ）和晚期（２４－４８ｈ）的差異表達(dá)基因??Ｆｉｇｕｒｅ?２．４?Ｉｎ?ｔｈｅ?ｅａｒｌｙ?（０?ｔｏ?２４?ｈ）?ａｎｄ?ｌａｔｅ?（２４－４８?ｈ）?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ?ｇｅｎｅｓ??注：ｕｐ－ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?表示上調(diào)，ｄｏｗｎ－ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?表示下調(diào)

１?４．５０?Ｅｘｐａｎｓｉｎ?ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ??ｐｅｃｌｉｎｅｓｔｅｒａｓｅｓ?Ｌ〇Ｃ＿ＱｓＱ４ｇ４６７４０．２?－２．ｉｌ?Ｐｅｃｔｉｎｅｓｔｅｒａｓｅ???２．２．５差異表達(dá)基因的ＲＴ－ｑＰＣＲ驗(yàn)證??為了驗(yàn)證ＲＮＡ測(cè)序結(jié)果，并進(jìn)一步探索種子蔭發(fā)階段與細(xì)胞壁相關(guān)的差異表達(dá)??基因，我們用ＲＴ－ｑＰＣＲ來(lái)評(píng)估隨機(jī)選杼的６個(gè)在種子萌發(fā)期間與細(xì)胞壁和關(guān)的差異表??達(dá)基閃的表達(dá)量水平。通過(guò)比較得出，所選擇的接因測(cè)序得到的表達(dá)量趨勢(shì)和ＲＴ－ｑＰＣＲ??實(shí)驗(yàn)所得的表達(dá)量趨勢(shì)一致（圖２．６；表２．９）。??ＬＯＴ?Ｏｓ０－１ｇ５Ｓ０７０?１?ＬＯＣ?０ｓ０４ｇ０５０５０?Ｉ?ＬＯＣ?０ｓ０７ｇｌ０７７０?１??６?－Ｉ?３５０－Ｉ?Ｃ?２０－ｊ?ｃ??ｉ：?１?｜?ｉ：ｉ?ｉ??４．ｉ．ｌｉ：ＬｉｊｈＬｉ—１??０ｈ?２?樸?Ｏｈ?２４ｈ?４８ｈ?Ｏｈ?２４ｈ?４８ｈ??Ｓｅｅｄ?ｉｍｂｉｂｉｔｉｏｎ?Ｓｅｅｄ?ｉｍｂｉｂｉｔｉｏｎ?Ｓｅｅｄ?ｉｍｂｉｂｉｔｉｏｎ??ＬＯＣ?０５０７＾１４８５０?Ｉ?ＬＯＣ＿Ｏｓ０７ｇ２４ｌ９０?Ｉ?ＬＯＣ＿Ｏｓ０３ｇ６０７２０?１??ｉｉｉｉＡｋ??０ｈ?２４ｈ?４Ｓｈ?Ｏｈ?２４ｈ?４８ｈ?Ｏｈ?２４ｈ?４８ｈ??Ｓｅｅｄ?ｉｍｂｉｂｉｔｉｏｎ?Ｓｅｅｄ?ｉｍｂｉｂｉｔｉｏｎ?Ｓｅｅｄ?ｉｍｂｉｂｉｔｉｏｎ??圖２．６?Ｒｌ＇－ｑＰＣＲ實(shí)驗(yàn)中基因的表達(dá)量??Ｆｉｇｕｒｅ２．６?ＲＴ－ｑＰＣＲ?ｇｅｎｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｉｎ?ｔｈｅ?ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ??３５??

?水稻種子萌發(fā)及赤霉素響應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組與�。遥危练治�???３．２實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析??３．２．１�。遥危翜y(cè)序數(shù)據(jù)的初步分析??３．２．１．１序歹丨撤其月處理和ｍａｐｐｉｎｇ??從公司得到的ｃｌｅａｎ?ｄａｔａ后，首先進(jìn)行序列長(zhǎng)度分布分析，結(jié)果如圖３．４，從圖中??司以看出大部分序列分布在２０－２４ｂｐ。??Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｒｉｇｔｈ?ｄ＞ｓｔｒｉｂｕＴｋ＞ｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??（ＣＫ１）?ＧＡ３１?ＰＡＣ１??■Ｋ．ＩＸＯ？?ＫＯｉＯＳＶ?ＳＣｉＸＯＱＨ??？咖?．．．?Ｉ＇?一，?＾?＾?＾??Ｉ—?�。�?．?■：卜￣??Ｓ?＊１；?ｔ?—凌?５?？＊〇■？?．?｜ｌ??Ｉ?…．Ｊ?．．?��？似、．．?．．?．．Ｉ－?．．?．．?．?ｉ?．．．?．．??■ｒ?ＳＭ９Ｓ?ＫＣＣＣＣＶ?２３?（３ＪＸ°，?，…，肩??〇〇〇〇＞＜＞?０３５ｔＣ＼?■?＿?—?？?？?ＤＯＯＫｉ％?—．??ｉ８�。�？２ｊａ：Ｓ？Ｓ２？７７？？Ｋ３：３ｉ?Ｓ３ｌ）３］￡２：２１２？ＳＳ２７ｌ？？９０）｜Ｋ?ＵｌＳＸ２２２３ＵＨＵｉＣ７ｒ？？ＳＪＩ３３??Ｌｅａｊ�。妫簦恚�?ｉｅｎｐｎ（ｎｔ）?ｌｅｎｇｉＮｎｔｔ??Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｉｔｒｌｂｕｔｌｏｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??（ＣＫ２）?ＧＡ３２?ＰＡＣ１??ＫｔＯＷＶ?Ｔ０�。埃�，?

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]降解組測(cè)序技術(shù)在植物miRNA研究中的應(yīng)用[J]. 董淼,黃越,陳文鐸,徐濤,郎秋蕾.  植物學(xué)報(bào). 2013(03)

博士論文
[1]轉(zhuǎn)錄因子和microRNA組成的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)分析[D]. 蘇乃芳.北京大學(xué) 2013

碩士論文
[1]水稻miR393基因家族的表達(dá)模式及其對(duì)植株生長(zhǎng)發(fā)育的影響[D]. 解亞坤.浙江大學(xué) 2011



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