基于表達序列標簽（Expressed Sequence Tags,EST）開發(fā)的單核苷酸多態(tài)性（Single nucleotide polymorphism,SNP）EST-SNP分子標記,具有數(shù)量豐富、多態(tài)性高、適合于高通量分析等優(yōu)點,不僅可用于種質(zhì)資源遺傳多樣性評價、構建遺傳圖譜、品種選育、進化和種群多樣性等研究,且EST-SNP直接與功能基因相關,可為遺傳性狀功能解析和功能基因克隆提供了便利。茶[Caimellia snensis（L.）O Kuntze]是世界三大無酒精飲料之一,也是我國重要的經(jīng)濟作物。飲料植物咖啡（CoffeaL.）在熱帶和亞熱帶亞洲、非洲和拉丁美洲國家大量種植,咖啡目前也是全球最廣泛消費的無酒精飲料之一,代表著全球數(shù)十億美元的產(chǎn)業(yè)。本論文主要利用EST-SNP分子標記技術,以兩大飲料植物茶和咖啡為研究對象,進行了相應物種SNP分子標記的開發(fā)與應用研究,取得的成果如下:1.利用NCBI中茶樹EST和核苷酸序列數(shù)據(jù),開發(fā)了 1786個候選SNP位點,篩選出96個SNP標記;并用中國40個茶樹品種對其進行驗證�；隍炞C結果,篩選出具有多態(tài)性的60個SNP標記。最后... 

【文章來源】：南京農(nóng)業(yè)大學江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：122 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖２－３?４０個茶樹種質(zhì)資源基于模型的遺傳結構圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２－３?Ｍｏｄｅｌ－ｂａｓｅｄ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ｏｆ?４０?Ｃｈｉｎｅｓｅ?ｔｅａ?ａｃｃｅｓｓｉｏｎｓ?ｖａｒｉｅｔｉｅｓ??

?ＥＳＴ－ＳＮＰ分子標記技術在茶和咖啡中的開發(fā)與應用???圖４－１加工福建白茶的形態(tài)特征??（品種ａ?“白毫銀針”，ｂ?“白牡丹”，ｃ?“貢眉”和ｄ?“壽眉”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－１?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｐｒｏｃｅｓｓｅｄ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（ａ）?Ｓｉｌｖｅｒ?Ｎｅｅｄｌｅ，?（ｂ）?Ｗｈｉｔｅ?Ｐｅｏｎｙ，?（ｃ）Ｇｏｎｇｍｅｉ?ａｎｄ?（ｄ）Ｓｈｏｕｍｅｉ）??ｆ?■??圖４－２新鮮福建白茶的形態(tài)特征??（品種Ａ?“福鼎大白”，Ｂ?“福鼎大毫”，Ｃ?“福云６號”和Ｄ?“福安大白”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－２?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｆｒｅｓｈ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（Ａ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｉｂａｉ，?（Ｂ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｈａｏ，（Ｃ）Ｆｕｙｉｉｎ６?ａｎｄ?（Ｄ）Ｆｕａｎ?Ｄａｂａｉ＇）??４．２．２具有多態(tài)性的ＳＮＰ標記的篩選??篩選出的１９２個ＳＮＰ標記中，有１６６個（８６．５％）成功應用于基因分型。剩余??２６個失敗的ＳＮＰ標記可能是由于序列的復雜性或側(cè)翼序列多態(tài)性引起。然而，在??１６６個ＳＮＰ標記中有３５個在１２５個ＤＮＡ樣品中表現(xiàn)出單態(tài)性存在（在所有材料中??僅鑒定出一個ＳＮＰ）；有３５個標記在擴增中有高于５％的缺失。因此，在后續(xù)數(shù)據(jù)??分析不包括這些標記。經(jīng)過驗證后，總共有９６個穩(wěn)定的具有多態(tài)性的ＳＮＰ標記（圖??４－３）被用于后續(xù)分析。側(cè)翼序列和９６個具有多態(tài)性ＳＮＰ標記信息見表４－３，ＳＮＰ??標記對應的側(cè)翼序列信息見附錄１。??５４

?ＥＳＴ－ＳＮＰ分子標記技術在茶和咖啡中的開發(fā)與應用???圖４－１加工福建白茶的形態(tài)特征??（品種ａ?“白毫銀針”，ｂ?“白牡丹”，ｃ?“貢眉”和ｄ?“壽眉”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－１?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｐｒｏｃｅｓｓｅｄ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（ａ）?Ｓｉｌｖｅｒ?Ｎｅｅｄｌｅ，?（ｂ）?Ｗｈｉｔｅ?Ｐｅｏｎｙ，?（ｃ）Ｇｏｎｇｍｅｉ?ａｎｄ?（ｄ）Ｓｈｏｕｍｅｉ）??ｆ?■??圖４－２新鮮福建白茶的形態(tài)特征??（品種Ａ?“福鼎大白”，Ｂ?“福鼎大毫”，Ｃ?“福云６號”和Ｄ?“福安大白”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－２?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｆｒｅｓｈ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（Ａ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｉｂａｉ，?（Ｂ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｈａｏ，（Ｃ）Ｆｕｙｉｉｎ６?ａｎｄ?（Ｄ）Ｆｕａｎ?Ｄａｂａｉ＇）??４．２．２具有多態(tài)性的ＳＮＰ標記的篩選??篩選出的１９２個ＳＮＰ標記中，有１６６個（８６．５％）成功應用于基因分型。剩余??２６個失敗的ＳＮＰ標記可能是由于序列的復雜性或側(cè)翼序列多態(tài)性引起。然而，在??１６６個ＳＮＰ標記中有３５個在１２５個ＤＮＡ樣品中表現(xiàn)出單態(tài)性存在（在所有材料中??僅鑒定出一個ＳＮＰ）；有３５個標記在擴增中有高于５％的缺失。因此，在后續(xù)數(shù)據(jù)??分析不包括這些標記。經(jīng)過驗證后，總共有９６個穩(wěn)定的具有多態(tài)性的ＳＮＰ標記（圖??４－３）被用于后續(xù)分析。側(cè)翼序列和９６個具有多態(tài)性ＳＮＰ標記信息見表４－３，ＳＮＰ??標記對應的側(cè)翼序列信息見附錄１。??５４

【參考文獻】：
期刊論文
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[2]Identification of the varietal origin of processed loose-leaf tea based on analysis of a single leaf by SNP nanofluidic array[J]. Wanping Fang,Lyndel W.Meinhardt,Huawei Tan,Lin Zhou,Sue Mischke,Xinghua Wang,Dapeng Zhang.  The Crop Journal. 2016(04)
[3]咖啡種質(zhì)資源多樣性研究[J]. 周華,張洪波,夏紅云,楊積忠,郭鐵英,李錦紅,白學慧.  中國熱帶農(nóng)業(yè). 2015(05)
[4]SNP檢測方法的研究進展[J]. 許家磊,王宇,后猛,李強.  分子植物育種. 2015(02)
[5]利用RAPD標記分析咖啡種質(zhì)資源的遺傳多樣性[J]. 黃麗芳,董云萍,王曉陽,陳鵬,林興軍,范睿,閆林.  熱帶作物學報. 2014(12)
[6]利用SSR分子標記快速鑒別中粒種與小粒種咖啡[J]. 王曉陽,董云萍,黃麗芳,閆林,周華,陳金煥,孫燕,林興軍.  熱帶作物學報. 2014(04)
[7]菊花EST-SNP的發(fā)掘與特征分析[J]. 萬志兵,王言言,陳黎.  東北林業(yè)大學學報. 2013(05)
[8]EST-SSR分子標記在茶樹品種鑒別中的應用[J]. 張毅,胡定金.  湖北農(nóng)業(yè)科學. 2012(23)
[9]基于EST數(shù)據(jù)庫進行SNP分子標記開發(fā)的研究進展及在獼猴桃屬植物中的應用研究[J]. 周錦,劉義飛,黃宏文.  熱帶亞熱帶植物學報. 2011(02)
[10]應用AFLP技術鑒別不同地區(qū)的普洱茶曬青毛茶[J]. 季鵬章,呂才有,梁名志,張俊,黃興奇.  食品科學. 2010(24)

碩士論文
[1]茶樹SSR分子標記開發(fā)及遺傳連鎖圖譜構建[D]. 譚禮強.四川農(nóng)業(yè)大學 2013
[2]茶樹SNP標記的開發(fā)與應用[D]. 張成才.中國農(nóng)業(yè)科學院 2012
[3]葡萄EST-SNP標記的開發(fā)及應用[D]. 李猛.河南科技大學 2012
[4]14個茶樹新品種在杭州的適應性及EST-SSR分子指紋圖譜建立[D]. 章志芳.中國農(nóng)業(yè)科學院 2011
[5]利用SSR標記研究我國茶樹無性系品種的遺傳多樣性和親緣關系[D]. 段云裳.南京農(nóng)業(yè)大學 2009
[6]綠茶在貯藏過程中品質(zhì)變化規(guī)律及影響因素研究[D]. 崔峰.浙江大學 2008



本文編號：3263070