基于表達(dá)序列標(biāo)簽（Expressed Sequence Tags,EST）開發(fā)的單核苷酸多態(tài)性（Single nucleotide polymorphism,SNP）EST-SNP分子標(biāo)記,具有數(shù)量豐富、多態(tài)性高、適合于高通量分析等優(yōu)點(diǎn),不僅可用于種質(zhì)資源遺傳多樣性評(píng)價(jià)、構(gòu)建遺傳圖譜、品種選育、進(jìn)化和種群多樣性等研究,且EST-SNP直接與功能基因相關(guān),可為遺傳性狀功能解析和功能基因克隆提供了便利。茶[Caimellia snensis（L.）O Kuntze]是世界三大無酒精飲料之一,也是我國(guó)重要的經(jīng)濟(jì)作物。飲料植物咖啡（CoffeaL.）在熱帶和亞熱帶亞洲、非洲和拉丁美洲國(guó)家大量種植,咖啡目前也是全球最廣泛消費(fèi)的無酒精飲料之一,代表著全球數(shù)十億美元的產(chǎn)業(yè)。本論文主要利用EST-SNP分子標(biāo)記技術(shù),以兩大飲料植物茶和咖啡為研究對(duì)象,進(jìn)行了相應(yīng)物種SNP分子標(biāo)記的開發(fā)與應(yīng)用研究,取得的成果如下:1.利用NCBI中茶樹EST和核苷酸序列數(shù)據(jù),開發(fā)了 1786個(gè)候選SNP位點(diǎn),篩選出96個(gè)SNP標(biāo)記;并用中國(guó)40個(gè)茶樹品種對(duì)其進(jìn)行驗(yàn)證。基于驗(yàn)證結(jié)果,篩選出具有多態(tài)性的60個(gè)SNP標(biāo)記。最后... 

【文章來源】：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：122 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖２－３?４０個(gè)茶樹種質(zhì)資源基于模型的遺傳結(jié)構(gòu)圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２－３?Ｍｏｄｅｌ－ｂａｓｅｄ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ｏｆ?４０?Ｃｈｉｎｅｓｅ?ｔｅａ?ａｃｃｅｓｓｉｏｎｓ?ｖａｒｉｅｔｉｅｓ??

?ＥＳＴ－ＳＮＰ分子標(biāo)記技術(shù)在茶和咖啡中的開發(fā)與應(yīng)用???圖４－１加工福建白茶的形態(tài)特征??（品種ａ?“白毫銀針”，ｂ?“白牡丹”，ｃ?“貢眉”和ｄ?“壽眉”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－１?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｐｒｏｃｅｓｓｅｄ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（ａ）?Ｓｉｌｖｅｒ?Ｎｅｅｄｌｅ，?（ｂ）?Ｗｈｉｔｅ?Ｐｅｏｎｙ，?（ｃ）Ｇｏｎｇｍｅｉ?ａｎｄ?（ｄ）Ｓｈｏｕｍｅｉ）??ｆ?■??圖４－２新鮮福建白茶的形態(tài)特征??（品種Ａ?“福鼎大白”，Ｂ?“福鼎大毫”，Ｃ?“福云６號(hào)”和Ｄ?“福安大白”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－２?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｆｒｅｓｈ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（Ａ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｉｂａｉ，?（Ｂ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｈａｏ，（Ｃ）Ｆｕｙｉｉｎ６?ａｎｄ?（Ｄ）Ｆｕａｎ?Ｄａｂａｉ＇）??４．２．２具有多態(tài)性的ＳＮＰ標(biāo)記的篩選??篩選出的１９２個(gè)ＳＮＰ標(biāo)記中，有１６６個(gè)（８６．５％）成功應(yīng)用于基因分型。剩余??２６個(gè)失敗的ＳＮＰ標(biāo)記可能是由于序列的復(fù)雜性或側(cè)翼序列多態(tài)性引起。然而，在??１６６個(gè)ＳＮＰ標(biāo)記中有３５個(gè)在１２５個(gè)ＤＮＡ樣品中表現(xiàn)出單態(tài)性存在（在所有材料中??僅鑒定出一個(gè)ＳＮＰ）；有３５個(gè)標(biāo)記在擴(kuò)增中有高于５％的缺失。因此，在后續(xù)數(shù)據(jù)??分析不包括這些標(biāo)記。經(jīng)過驗(yàn)證后，總共有９６個(gè)穩(wěn)定的具有多態(tài)性的ＳＮＰ標(biāo)記（圖??４－３）被用于后續(xù)分析。側(cè)翼序列和９６個(gè)具有多態(tài)性ＳＮＰ標(biāo)記信息見表４－３，ＳＮＰ??標(biāo)記對(duì)應(yīng)的側(cè)翼序列信息見附錄１。??５４

?ＥＳＴ－ＳＮＰ分子標(biāo)記技術(shù)在茶和咖啡中的開發(fā)與應(yīng)用???圖４－１加工福建白茶的形態(tài)特征??（品種ａ?“白毫銀針”，ｂ?“白牡丹”，ｃ?“貢眉”和ｄ?“壽眉”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－１?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｐｒｏｃｅｓｓｅｄ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（ａ）?Ｓｉｌｖｅｒ?Ｎｅｅｄｌｅ，?（ｂ）?Ｗｈｉｔｅ?Ｐｅｏｎｙ，?（ｃ）Ｇｏｎｇｍｅｉ?ａｎｄ?（ｄ）Ｓｈｏｕｍｅｉ）??ｆ?■??圖４－２新鮮福建白茶的形態(tài)特征??（品種Ａ?“福鼎大白”，Ｂ?“福鼎大毫”，Ｃ?“福云６號(hào)”和Ｄ?“福安大白”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－２?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｆｒｅｓｈ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（Ａ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｉｂａｉ，?（Ｂ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｈａｏ，（Ｃ）Ｆｕｙｉｉｎ６?ａｎｄ?（Ｄ）Ｆｕａｎ?Ｄａｂａｉ＇）??４．２．２具有多態(tài)性的ＳＮＰ標(biāo)記的篩選??篩選出的１９２個(gè)ＳＮＰ標(biāo)記中，有１６６個(gè)（８６．５％）成功應(yīng)用于基因分型。剩余??２６個(gè)失敗的ＳＮＰ標(biāo)記可能是由于序列的復(fù)雜性或側(cè)翼序列多態(tài)性引起。然而，在??１６６個(gè)ＳＮＰ標(biāo)記中有３５個(gè)在１２５個(gè)ＤＮＡ樣品中表現(xiàn)出單態(tài)性存在（在所有材料中??僅鑒定出一個(gè)ＳＮＰ）；有３５個(gè)標(biāo)記在擴(kuò)增中有高于５％的缺失。因此，在后續(xù)數(shù)據(jù)??分析不包括這些標(biāo)記。經(jīng)過驗(yàn)證后，總共有９６個(gè)穩(wěn)定的具有多態(tài)性的ＳＮＰ標(biāo)記（圖??４－３）被用于后續(xù)分析。側(cè)翼序列和９６個(gè)具有多態(tài)性ＳＮＰ標(biāo)記信息見表４－３，ＳＮＰ??標(biāo)記對(duì)應(yīng)的側(cè)翼序列信息見附錄１。??５４

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[6]利用SSR分子標(biāo)記快速鑒別中粒種與小粒種咖啡[J]. 王曉陽(yáng),董云萍,黃麗芳,閆林,周華,陳金煥,孫燕,林興軍.  熱帶作物學(xué)報(bào). 2014(04)
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[9]基于EST數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行SNP分子標(biāo)記開發(fā)的研究進(jìn)展及在獼猴桃屬植物中的應(yīng)用研究[J]. 周錦,劉義飛,黃宏文.  熱帶亞熱帶植物學(xué)報(bào). 2011(02)
[10]應(yīng)用AFLP技術(shù)鑒別不同地區(qū)的普洱茶曬青毛茶[J]. 季鵬章,呂才有,梁名志,張俊,黃興奇.  食品科學(xué). 2010(24)

碩士論文
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[2]茶樹SNP標(biāo)記的開發(fā)與應(yīng)用[D]. 張成才.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2012
[3]葡萄EST-SNP標(biāo)記的開發(fā)及應(yīng)用[D]. 李猛.河南科技大學(xué) 2012
[4]14個(gè)茶樹新品種在杭州的適應(yīng)性及EST-SSR分子指紋圖譜建立[D]. 章志芳.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2011
[5]利用SSR標(biāo)記研究我國(guó)茶樹無性系品種的遺傳多樣性和親緣關(guān)系[D]. 段云裳.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[6]綠茶在貯藏過程中品質(zhì)變化規(guī)律及影響因素研究[D]. 崔峰.浙江大學(xué) 2008



本文編號(hào)：3263070