發(fā)布時間：2021-06-28 12:57

　　水稻是世界上最重要的糧食作物之一,對高產(chǎn)品種產(chǎn)量性狀的解析在保證糧食安全上有重要意義。水稻產(chǎn)量三要素為有效穗數(shù)、每穗粒數(shù)和千粒重。內(nèi)2優(yōu)6號是一個高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)的三系超級秈稻品種,本研究利用其親本內(nèi)2B（Nei2B）和中恢8006（R8006）創(chuàng)新性地構(gòu)建了重組自交姊妹系群體,隨后利用全基因組重測序技術(shù)構(gòu)建高密度遺傳圖譜并對產(chǎn)量性狀QTL進(jìn)行定位以及驗證,所得主要結(jié)果如下:1、構(gòu)建來源于雜交稻親本內(nèi)2B/R8006的重組自交姊妹系,自F₇代一個家系從中挑選2個單株繼續(xù)自交至F₁₅代完全無分離為止。在F₁₅從重組自交姊妹系中選取386個單株進(jìn)行全基因組重測序。一共獲得了1.05T的數(shù)據(jù)。雙親內(nèi)2B和R8006平均測序深度分別為60.48-fold和79.38-fold。386個重組自交姊妹系的平均測序深度是8.10-fold,一共比對到4983203個SNP和1232964個InDel位點。過濾偏分離及覆蓋度低于75%的標(biāo)記,一共得到了3203個有效Bin標(biāo)記,包含902969個SNP標(biāo)記。最終得到遺傳圖譜的總圖距為1951.1... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：82 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

重組自交姊妹系群體的構(gòu)建Fig.2-1Theconstructionprocessofrecombinantsisterinbredlines

中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第二章內(nèi)2優(yōu)6號高密度遺傳圖譜的構(gòu)建14圖2-2親本測序深度分布圖Fig.2-2Parentalsequencingdepthmap(a-b)是測序深度分布，橫坐標(biāo)表示單堿基測序深度，縱坐標(biāo)表示特定深度的堿基數(shù)占比，單堿基深度符合正態(tài)分布。（c-d）是測序深度累積分布，橫坐標(biāo)表示單堿基累積測序深度，縱坐標(biāo)表示特定累積深度的堿基占總數(shù)的百分比。(a-b)Thesequencingdepthdistribution.Theabscissaindicatesthesequencingdepthofasinglebase.Theordinateindicatestheproportionofbasesataspecificdepth.Thesinglebasedepthconformstothenormaldistribution.(c-d)Thecumulativedistributionofsequencingdepth.Theabscissareprentssinglebasecumulativesequencingdepth,theordinaterepresentsthepercentageofthetotalcumulativebasesataspecificcumulativedepth.2.2.2基因組變異分析2.2.2.1親本間變異分析親本內(nèi)2B和R8006的測序數(shù)據(jù)分別同R498（蜀恢498，http://www.mbkbase.org/R498/）參考基因組做比對，內(nèi)2B和R498之間一共有1140658個SNP，其中有34853個同義替換的SNP（占3.06%），有46692個非同義替換的SNP（占4.09%）。R8006和R498之間一共有816386個SNP，其中同義替換的位點25698個，非同義替換的有33261個，分別占3.15%和4.07%（表2-3）。對于InDel變異，內(nèi)2B和R498之間有270741個InDel突變，4.09%的位于基因的外顯子上，6739個造成移碼突變；R8006和R498之間有203676個InDel變異，3.93%位于外顯子上，5109個造成移碼突變。經(jīng)過比對內(nèi)2B同R8006基因組差異，篩選出來內(nèi)2B和R8006之間的可靠SNP有1589836個，同義替換的占3.11%，非同義替換的占4.13%，位于外顯子的SNP占總數(shù)的7.37%，在5′UTR和3′UTR的分別有48255和24151。內(nèi)2B和R8006之間

中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第二章內(nèi)2優(yōu)6號高密度遺傳圖譜的構(gòu)建16表2-4重組自交姊妹系群體SNP和InDel位點統(tǒng)計Table2-4SNPandInDelamongRISLpopulationChr.SNPInDelChr1459897122502Chr2489811122492Chr3461353109393Chr4480919113804Chr535304084490Chr635640994217Chr742216797720Chr8407525101806Chr933956578558Chr1030406373266Chr11530876131992Chr12377578102724Total49832031232964圖2-3SNP在全基因組中的分布Fig.2-3DistributionofSNPmarkersonchromosomes注：橫坐標(biāo)表示物理距離，縱坐標(biāo)表示染色體；不同顏色表示SNP密度。Annotation:Thehorizontalaxisrepresentsthephysicaldistance,andtheverticalaxisrepresentsthechromosome;DifferentcolorsindicateSNPdensity.

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]日本晴/中嘉早17重組自交系產(chǎn)量性狀QTL定位[J]. 張應(yīng)洲,羅榮劍,圣忠華,焦桂愛,唐紹清,胡培松,魏祥進(jìn).  中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(19)
[2]水稻穗粒數(shù)遺傳基礎(chǔ)研究進(jìn)展[J]. 郭澤西,馬海燕,馬亞飛,袁雪.  天津農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(07)
[3]水稻穗長和有效穗數(shù)的QTL定位分析[J]. 劉穎,葉生鑫,彭強,張大雙,吳健強,王際鳳,黃培英,朱速松.  江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(04)
[4]超級雜交稻兩優(yōu)培九產(chǎn)量雜種優(yōu)勢標(biāo)記與QTL分析[J]. 辛業(yè)蕓,袁隆平.  中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(14)
[5]全球水稻生產(chǎn)現(xiàn)狀與制約因素分析[J]. 朱德峰,程式華,張玉屏,林賢青,陳惠哲.  中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2010(03)
[6]提高水稻成穗率的化學(xué)調(diào)控技術(shù)研究[J]. 張祖德.  福建稻麥科技. 2006(02)
[7]插秧量與行距配置對水稻分蘗及穗重的影響[J]. 王建林,徐正進(jìn).  沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2003(06)
[8]水稻株高、抽穗期和有效穗數(shù)的QTL與環(huán)境的互作分析[J]. 袁愛平,曹立勇,莊杰云,李潤植,鄭康樂,朱軍,程式華.  遺傳學(xué)報. 2003(10)
[9]水稻分蘗的分子機理研究[J]. 李學(xué)勇,錢前,李家洋.  中國科學(xué)院院刊. 2003(04)
[10]水稻單株有效穗數(shù)和每穗粒數(shù)的QTL剖析[J]. 徐建龍,薛慶中,羅利軍,黎志康.  遺傳學(xué)報. 2001(08)

博士論文
[1]水稻每穗穎花數(shù)的遺傳基礎(chǔ)剖析及其主效QTLs精細(xì)定位[D]. 劉頭明.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[2]分子標(biāo)記遺傳圖譜構(gòu)建和稻米品質(zhì)性狀的遺傳分析[D]. 王令強.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007



本文編號：3254363