為了全面獲得和發(fā)掘薏苡的基因數(shù)據(jù)、功能信息以及潛在的SSR標(biāo)記,本研究采用PacBio SequelTM第三代測(cè)序平臺(tái)對(duì)干旱脅迫下薏苡苗期葉片進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與分析,獲得總計(jì)98 858條非冗余的高質(zhì)量Unigenes,其平均長(zhǎng)度為2 318 bp,1 kb以上Unigenes占91.74%。利用BLAST等軟件在NR、Swiss Prot、eggNOG、GO和KEGG等公共數(shù)據(jù)中注釋了90 339個(gè)Unigenes,占91.50%。NR注釋表明,在90 093個(gè)被注釋的Unigenes中,與之匹配數(shù)量最多是來(lái)源于高粱的序列,其次是玉米和谷子,這與它們之間在進(jìn)化上的親緣關(guān)系相一致。GO注釋顯示,34 765個(gè)Unigenes被注釋到生物過(guò)程、細(xì)胞組分和分子功能等三大類別;eggNOG注釋的89 158條Unigenes分屬于25個(gè)功能聚類;KEGG代謝通路分析表明,30 579個(gè)Unigenes被注釋到133條已知代謝通路,其中,1 884條Unigenes涉及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和環(huán)境適應(yīng)途徑,包括植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑、MAPK信號(hào)途徑和植物-病原互作信號(hào)途徑,上述代謝通路或途徑均與植物響應(yīng)干... 

【文章來(lái)源】：分子植物育種. 2020,18(15)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：16 頁(yè)

【文章目錄】：
1 結(jié)果與分析
    1.1 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與序列分析
    1.2 Unigenes功能注釋與分析
        1.2.1 NR注釋分析
        1.2.2 GO功能注釋
        1.2.3 eggNOG功能分類
        1.2.4 KEGG代謝途徑分析
    1.3 Unigenes簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SSR)預(yù)測(cè)分析
2 討論
3 材料與方法
    3.1 試驗(yàn)材料及干旱處理
    3.2 RNA提取、轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建、測(cè)序及組裝
    3.3 Unigenes功能注釋與分類
    3.4 SSR位點(diǎn)信息預(yù)測(cè)分析
作者貢獻(xiàn)


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3204059