水稻microRNA1876功能驗(yàn)證與生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-05-16 08:39
MicroRNA (miRNA)是一類由內(nèi)源基因組轉(zhuǎn)錄的有基因調(diào)控功能的非編碼短序列RNA,在動(dòng)植物中參與轉(zhuǎn)錄后基因表達(dá)調(diào)控。為了研究Osa-miRNA1876基因功能,本研究對(duì)Osa-miRNA1876進(jìn)行生物信息學(xué)分析,分析出啟動(dòng)子區(qū)間有與逆境相關(guān)的主要順式作用元件ARE、GC-motif、GT1-motif、Sp1和LTR,并預(yù)測(cè)到了靶基因Os02t0476700-01。通過(guò)莖環(huán)法q RT-PCR,以水稻U6基因?yàn)閮?nèi)參基因,對(duì)Osa-miRNA1876在水稻分蘗期進(jìn)行了相對(duì)定量。在水稻基因組中,克隆得到Osa-miRNA1876的前體基因,并根據(jù)Osa-miRNA1876序列設(shè)計(jì)了短串聯(lián)靶標(biāo)模擬物(short tandem target mimic, STTM)功能片段;將二者整合到植物表達(dá)載體pCAMIBA1390,分別獲得了過(guò)表達(dá)載體pOsa-miRNA1876-OE和干擾載體pOsa-miRNA1876-STTM。用于后續(xù)的Osa-miRNA1876基因功能研究。
【文章來(lái)源】:分子植物育種. 2020,18(07)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】:6 頁(yè)
【文章目錄】:
1 結(jié)果與分析
1.1 生物信息學(xué)分析
1.1.1 獲得Osa-miRNA1876和Osa-pre-miRNA1876基因序列
1.1.2 Osa-pre-miRNA1876基因上游500~1 500 nt序列分析
1.1.3 靶基因預(yù)測(cè)
1.2 過(guò)表達(dá)載體和STTM載體目的片段的獲得
1.3 獲得重組質(zhì)粒及陽(yáng)性克隆鑒定分析
1.4 qRT-PCR結(jié)果分析
2 討論
3 材料與方法
3.1 試驗(yàn)材料
3.2 生物信息學(xué)分析
3.3 載體構(gòu)建
3.4 熒光定量
3.5 引物設(shè)計(jì)
作者貢獻(xiàn)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Development and Application of CRISPR/Cas System in Rice[J]. REN Jun,HU Xixun,WANG Kejian,WANG Chun. Rice Science. 2019(02)
[2]抑癌基因miR-195對(duì)口腔癌細(xì)胞CAL27生物學(xué)特性的影響[J]. 程剛,高振. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(10)
[3]microRNA響應(yīng)植物非生物脅迫的研究進(jìn)展[J]. 肖敏敏,陳信波. 分子植物育種. 2018(10)
[4]煙草microRNA171c的功能分析[J]. 張力,沙愛華. 植物科學(xué)學(xué)報(bào). 2016(05)
本文編號(hào):3189367
【文章來(lái)源】:分子植物育種. 2020,18(07)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】:6 頁(yè)
【文章目錄】:
1 結(jié)果與分析
1.1 生物信息學(xué)分析
1.1.1 獲得Osa-miRNA1876和Osa-pre-miRNA1876基因序列
1.1.2 Osa-pre-miRNA1876基因上游500~1 500 nt序列分析
1.1.3 靶基因預(yù)測(cè)
1.2 過(guò)表達(dá)載體和STTM載體目的片段的獲得
1.3 獲得重組質(zhì)粒及陽(yáng)性克隆鑒定分析
1.4 qRT-PCR結(jié)果分析
2 討論
3 材料與方法
3.1 試驗(yàn)材料
3.2 生物信息學(xué)分析
3.3 載體構(gòu)建
3.4 熒光定量
3.5 引物設(shè)計(jì)
作者貢獻(xiàn)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Development and Application of CRISPR/Cas System in Rice[J]. REN Jun,HU Xixun,WANG Kejian,WANG Chun. Rice Science. 2019(02)
[2]抑癌基因miR-195對(duì)口腔癌細(xì)胞CAL27生物學(xué)特性的影響[J]. 程剛,高振. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(10)
[3]microRNA響應(yīng)植物非生物脅迫的研究進(jìn)展[J]. 肖敏敏,陳信波. 分子植物育種. 2018(10)
[4]煙草microRNA171c的功能分析[J]. 張力,沙愛華. 植物科學(xué)學(xué)報(bào). 2016(05)
本文編號(hào):3189367
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