長鏈非編碼RNA（lncRNA）是細(xì)胞內(nèi)潛在的一類功能性RNA分子,其長度大于200個(gè)核苷酸,位于細(xì)胞質(zhì)或者細(xì)胞核內(nèi),沒有過長的開放閱讀框（ORF）,同時(shí)也沒有編碼蛋白質(zhì)的能力,卻在基因印記、基因表達(dá)、招募染色質(zhì)修飾物、調(diào)節(jié)染色體失活等生物活動中起著重要的作用。近年來,人們在人和動物基因組中發(fā)現(xiàn)大量的lncRNA,但是在植物中進(jìn)展卻相對較少。lncRNA識別是研究其分類、功能和作用機(jī)制的基礎(chǔ),因此,研究有效的lncRNA識別算法具有重要意義。目前缺少有效的lncRNA識別算法,導(dǎo)致植物中發(fā)現(xiàn)的lncRNA較少而影響植物lncRNA研究進(jìn)展。目前已有的識別算法主要存在假陽性問題。本文通過引入二級結(jié)構(gòu)特征可以有效減少假陽性結(jié)果的產(chǎn)生。為引入二級結(jié)構(gòu)特征,本文首先需要預(yù)測lncRNA二級結(jié)構(gòu),然而目前的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測局限于序列整體結(jié)構(gòu)的準(zhǔn)確性,忽略局部結(jié)構(gòu)保守的功能組件,不適用于長序列的預(yù)測需求。為滿足lncRNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測的需求,本文提出lncRNA分段二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法,對獲得的二級結(jié)構(gòu)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,提取二級結(jié)構(gòu)特征。由于玉米是重要的糧食作物和工業(yè)原料,因此本文以玉米為例,挖掘lncRNA... 

【文章來源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：57 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 研究背景
    1.2 研究意義
    1.3 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
    1.4 論文整體結(jié)構(gòu)
第2章 lncRNA相關(guān)研究
    2.1 lncRNA形成方式
    2.2 lncRNA分類與作用機(jī)制
    2.3 lncRNA結(jié)構(gòu)分類與比較算法研究
    2.4 本章小結(jié)
第3章 玉米lncRNA二級結(jié)構(gòu)特征識別
    3.1 RNA二級結(jié)構(gòu)及表示方法
    3.2 RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測算法
    3.3 lncRNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測算法
    3.4 玉米lncRNA結(jié)構(gòu)特征識別
    3.5 本章小結(jié)
第4章 玉米lncRNA識別建模
    4.1 lncRNA識別模型總體設(shè)計(jì)
    4.2 lncRNA序列特征和結(jié)構(gòu)特征
    4.3 長鏈非編碼RNA識別算法
        4.3.1 環(huán)境搭建與數(shù)據(jù)收集
        4.3.2 基于序列長度和CPC的篩選
        4.3.3 基于開放閱讀框的序列篩選
        4.3.4 基于與已知蛋白同源性的篩選
        4.3.5 基于和小RNA序列比對的篩選
        4.3.6 基于二級結(jié)構(gòu)特征的篩選
    4.4 結(jié)果驗(yàn)證及分析
    4.5 本章小結(jié)
第5章 總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
致謝



本文編號：3161975