基于DNA條形碼的三種藥用植物分子系統(tǒng)學(xué)研究
【學(xué)位授予單位】:廣東藥科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號(hào)】:S567
【圖文】:
廣東藥科大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文R 擴(kuò)增良 CTAB 法進(jìn)行提取后,用 1%瓊脂糖凝,電泳結(jié)果見圖 2-1,可見總 DNA 主條帶純化后再使用各引物進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增,各樣,部分沉香樣品 PCR 擴(kuò)增結(jié)果見圖 2-2,可序結(jié)果表明,由于 trnL-trnF 序列含有大于,高頻率的單核苷酸重復(fù)干擾相關(guān)酶的功接后手動(dòng)校正,其余 4 個(gè)條形碼序列的測(cè)
圖 2-2 部分沉香樣品 PCR 電泳圖Figure 2-2 Electrophoresis result of different barcodes of partial Aquilaria samples注:M:Marker DL 2000;1-3:ML-10 ~ ML-122.3.2 序列特征本實(shí)驗(yàn)總共 350 條序列,部分序列已提交至 NCBI GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù),登錄號(hào)為KY817942 - KY817985,KY927165 - KY927340。從 GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)獲取 272 條序列,匯總實(shí)驗(yàn)得到的序列后總共 622 條序列,涵蓋 16 個(gè)沉香屬物種、7 個(gè)擬沉香屬物種及 3 個(gè)外類群物種(附表 1)。其中 ITS 的序列數(shù)及變異位點(diǎn)最多,種內(nèi)、種間距離最高;trnL-trnF 序列所占物種數(shù)最多,變異位點(diǎn)、種內(nèi)種間距離均比 ITS 序列低,但均比 matK、psbA-trnH 和 rbcL 序列高(表 2-3)。由于 trnL-trnF 序列在瑞香科植物中的進(jìn)化速率較快[84],且基于物種數(shù)、變異位點(diǎn)數(shù)量及遺傳距離等方面的考慮,本實(shí)驗(yàn)決定串聯(lián)拼接 ITS 及 trnL-trnF 序列為一條組合條形碼,結(jié)果表明 ITS +trnL-trnF 能提供較多變異位點(diǎn)且種內(nèi)、種間距離較大。
【參考文獻(xiàn)】
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本文編號(hào):2729044
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