【摘要】：甜葉菊是原產(chǎn)于南美的多年生草本植物,以其高甜度、低熱能的特點逐漸走進人們的視野。我國是世界上最大的甜葉菊生產(chǎn)國和出口國,有關(guān)甜菊重要農(nóng)藝性狀遺傳分析以及改良跟不上生產(chǎn)的需求。RAD-seq技術(shù)可以擺脫參考基因組的限制,并能快速鑒定出高密度的單核苷酸多態(tài)性標記(SNPs),非常適合大群體的研究。本研究以甜葉菊大葉親本和小葉親本雜交產(chǎn)生F_1分離群體為作圖群體,利用高通量RAD-seq技術(shù)大規(guī)模地分離甜葉菊SNP分子標記;我們采用GATK等軟件進行群體SNP的檢測,共開發(fā)出親本多態(tài)性位點378,285個,并完成子代的基因分型;經(jīng)過異常堿基檢查、完整度過濾、偏分離標記過濾3個步驟,對檢測的SNP標記篩選;對篩選后得到的高質(zhì)量遺傳標記,使用Joinmap4.0進行連鎖群劃分,采用最大似然法進行標記排序,排序后使用smooth算法對標記進行校正及推斷,然后去除校正后出現(xiàn)的相似度為1的標記位點,使用Joinmap4.0回歸算法對標記進行排序,采用Kosambi函數(shù)計算遺傳距離,構(gòu)建甜葉菊高密度遺傳圖譜。結(jié)果表明,父本圖總標記數(shù)為2,521,遺傳距離1,632cM,平均距離0.65cM,最大遺傳間距9.34cM;母本圖總標記數(shù)為3,363,遺傳距離1,367cM,平均距離0.41cM,最大遺傳間距6.06cM;整合圖譜連鎖群標記5,839個,總遺傳距離為1,921cM,平均距離為0.33cM,最大遺傳間距為9.35cM。最后再繪制相鄰標記間連鎖關(guān)系的熱圖,評價標記間連鎖關(guān)系。構(gòu)建甜葉菊高密度遺傳圖譜,為下一步發(fā)掘與甜菊重要性狀有關(guān)的緊密連鎖分子標記、開展分子標記輔助育種技術(shù)奠定了基礎(chǔ),為特種經(jīng)濟作物的遺傳改良和分子育種開辟一條道路。
【圖文】：

圖 1 RAD 實驗流程Figure 1 The experimental process of RAD3.結(jié)果3.1 測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計及質(zhì)量評估檢測合格的 DNA 文庫進行 Illumina HiseqTM測序，產(chǎn)出原始數(shù)據(jù)（即 Rawdata 或 Raw reads），結(jié)果以 FASTQ 文件格式存儲 （文件名：*.fq）。原始測序數(shù)據(jù)中會包含接頭信息，低質(zhì)量堿基，未測出的堿基（以 N 表示），為保證信息分析質(zhì)量，這些信息會對后續(xù)的信息分析造成很大的干擾，分析前需將這些干擾信息去除掉，，最終得到的數(shù)據(jù)即為有效數(shù)據(jù)，我們稱之為 Clean data 或Clean reads。原始數(shù)據(jù)過濾方法如下：(1) 需要過濾掉含有接頭序列的 reads pair；(2) 當單端測序 read 中含有的 N 的含量超過該條 read 長度比例的 10% 時，需要去除此對 paired reads；(3) 當單端測序 read 中含有的低質(zhì)量（質(zhì)量值 Q≤5）堿基數(shù)超過該條 read

父本連鎖群標記分布圖
【學位授予單位】：浙江農(nóng)林大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：S566.9

【參考文獻】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 陳祥平;呂銀;劉玲;柯皓天;劉凱旋;王茜齡;任艷紅;陳仁芳;;中國桑屬15個種RAD-seq高通量測序[J];蠶學通訊;2016年03期

2 劉玲;柯皓天;呂銀;陳仁芳;;一種用于桑RAD-Seq高通量測序的基因組DNA提取方法[J];安徽農(nóng)業(yè)科學;2016年21期

3 魏書軍;李冰艷;曹利軍;朱家穎;;RAD-seq技術(shù)及其在昆蟲學研究中的應(yīng)用[J];昆蟲學報;2016年07期

4 郎麗娜;趙娜;馬兵;劉亞萍;田正書;劉璐;盧虹;劉霞;王陽;徐愛遐;黃鎮(zhèn);;甘藍型油菜花葉性狀的遺傳及基因定位[J];華北農(nóng)學報;2016年04期

5 吳則東;張文彬;吳玉梅;劉乃新;;世界甜葉菊發(fā)展概況[J];中國糖料;2016年04期

6 許理文;段民孝;田紅麗;宋偉;王鳳格;趙久然;劉保林;王守才;;基于SNP標記的玉米容重QTL分析[J];玉米科學;2015年05期

7 黎裕;李英慧;楊慶文;張錦鵬;張金梅;邱麗娟;王天宇;;基于基因組學的作物種質(zhì)資源研究:現(xiàn)狀與展望[J];中國農(nóng)業(yè)科學;2015年17期

8 楊悅;杜欣軍;梁彬;郭季冬;程曉真;王碩;;第三代DNA測序及其相關(guān)生物信息學技術(shù)發(fā)展概況[J];食品研究與開發(fā);2015年10期

9 劉宇軒;張文瓊;黃代新;;測序新技術(shù)Ion Torrent PGM及其法醫(yī)學應(yīng)用[J];中國法醫(yī)學雜志;2015年01期

10 張鳳啟;劉越英;程曉輝;童超波;董彩華;唐敏強;黃軍艷;劉勝毅;;利用高密度SNP標記定位甘藍型油菜株高QTL[J];中國油料作物學報;2014年06期

相關(guān)會議論文 前2條

1 高芳琳;;InDeI多態(tài)性遺傳標記的研究進展[A];第一次全國中西醫(yī)結(jié)合檢驗醫(yī)學學術(shù)會議暨中國中西醫(yī)結(jié)合學會檢驗醫(yī)學專業(yè)委員會成立大會論文匯編[C];2014年

2 何彪;涂長春;;下一代測序技術(shù)的應(yīng)用及展望[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜傳染病學分會第八屆全國會員代表大會暨第十五次學術(shù)研討會論文集[C];2013年

相關(guān)碩士學位論文 前4條

1 鄭洪華;基于SNP標記的小麥磷效率性狀的關(guān)聯(lián)分析[D];山東農(nóng)業(yè)大學;2015年

2 蔡雯雯;人工甜味劑長期暴露引起葡萄糖耐受性的改變及其分子機制研究[D];浙江工商大學;2015年

3 翟正曉;基于RAD簡化基因組測序技術(shù)的13種中國地方優(yōu)良雞品種SNPs多態(tài)性圖譜構(gòu)建及群體遺傳學分析[D];上海交通大學;2014年

4 周金燕;甜菊糖甜味特性與食品應(yīng)用研究[D];江南大學;2011年

本文編號：2708363