發(fā)布時(shí)間：2021-03-03 03:13

　　全基因組關(guān)聯(lián)分析（genome-wide association studies,GWAS）通過建立全基因組高密度分子標(biāo)記以檢測基因型與表型間的關(guān)聯(lián)性,已成為動(dòng)植物數(shù)量性狀遺傳解析的主要方法。然而,以往GWAS方法只注重于個(gè)別主要QTL的檢測,而且使用僅有2個(gè)等位變異的SNP標(biāo)記不能檢測自然群體中廣泛存在的復(fù)等位變異,一定程度限制了GWAS的應(yīng)用。限制性兩階段多位點(diǎn)全基因組關(guān)聯(lián)分析方法（RTM-GWAS）首先根據(jù)全基因組高密度SNP標(biāo)記間的連鎖不平衡程度,將多個(gè)相鄰且緊密連鎖的SNP標(biāo)記組成為具有復(fù)等位變異（單倍型）的連鎖不平衡區(qū)段（SNPLDB）標(biāo)記。其次,RTM-GWAS使用由SNPLDB標(biāo)記計(jì)算的遺傳相似系數(shù)矩陣作為群體結(jié)構(gòu)偏差的通用估計(jì),并提取該矩陣的特征向量作為模型協(xié)變量以降低由群體結(jié)構(gòu)偏差導(dǎo)致的假陽性。最后,利用具有復(fù)等位變異的SNPLDB標(biāo)記與建立的多位點(diǎn)復(fù)等位變異模型,RTM-GWAS將性狀遺傳率作為QTL表型變異解釋率的上限,通過兩階段分析策略高效地進(jìn)行全基因組QTL及其復(fù)等位變異的檢測,并最終構(gòu)建多QTL遺傳模型。該法還可以基于性狀小區(qū)觀測值,建立QTL與環(huán)境互作多... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,53(09)北大核心

【文章頁數(shù)】：13 頁

【部分圖文】：

中國大豆種質(zhì)資源群體百粒重全基因組關(guān)聯(lián)分析Q-Q圖

中國大豆種質(zhì)資源群體百粒重RTM-GWAS分析Manhattan圖

中國大豆種質(zhì)資源群體百粒重QTL-allele矩陣

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]限制性兩階段多位點(diǎn)全基因組關(guān)聯(lián)分析方法的特點(diǎn)與計(jì)算程序[J]. 賀建波,劉方東,邢光南,王吳彬,趙團(tuán)結(jié),管榮展,蓋鈞鎰.  作物學(xué)報(bào). 2018(09)

博士論文
[1]中國大豆地方品種群體籽粒性狀的遺傳解析及其在設(shè)計(jì)育種中的應(yīng)用[D]. 張英虎.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014



本文編號：3060484