發(fā)布時(shí)間：2020-12-16 02:15

　　產(chǎn)甲烷菌等有限的古菌類群在農(nóng)田等陸地土壤生態(tài)系統(tǒng)中為數(shù)不多的生態(tài)功能研究,揭示了古菌在土壤生態(tài)系統(tǒng)的物質(zhì)、能量循環(huán)中起著非常重要的功能。為獲得我國(guó)南方常見(jiàn)紅壤中古菌生態(tài)功能信息,本研究采用優(yōu)化的變性梯度凝膠電泳（DGGE）與高通量高通量測(cè)序相結(jié)合的方法,對(duì)江西省南昌市農(nóng)業(yè)科學(xué)院廣福基地（N28°37′,E116°03′）2014年5月（水稻種植前）、7月（水稻分蘗期）、8月（水稻灌漿期）、9月（水稻成熟期）、10月（水稻收獲后）等5個(gè)時(shí)間節(jié)點(diǎn)采集的稻田紅壤樣本進(jìn)行古菌群落結(jié)構(gòu)及多樣性分析。基于古菌16S V4^V5區(qū)對(duì)水稻分蘗期、水稻灌漿期、水稻成熟期的土壤樣品進(jìn)行DGGE分析后,共檢測(cè)到2個(gè)門、4個(gè)綱及5個(gè)目的古菌。產(chǎn)甲烷菌綱（Methanomicrobia）作為稻田土壤的優(yōu)勢(shì)古菌類群豐度達(dá)49.15%,其中甲烷八迭球菌目（Methanosarcinales）豐度達(dá)39.45%。而氨氧化古菌屬（Nitrosotalea）豐度也達(dá)6.07%。水稻分蘗期、灌漿期及成熟期稻田土壤古菌DGGE電泳條帶數(shù)量及序列高度相似,分蘗期、灌漿期香農(nóng)多樣性指數(shù)未檢測(cè)到具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的... 

【文章來(lái)源】：上海交通大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：69 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 中國(guó)紅壤地區(qū)概述
    1.2 土壤生態(tài)系統(tǒng)微生物多樣性概況
    1.3 土壤微生物參與生物地球化學(xué)循環(huán)
        1.3.1 土壤碳循環(huán)
        1.3.2 土壤氮循環(huán)
    1.4 土壤微生物多樣性指標(biāo)
    1.5 土壤微生物多樣性的影響因素
    1.6 土壤微生物多樣性研究方法
        1.6.1 微生物純培養(yǎng)技術(shù)
        1.6.2 變性梯度凝膠電泳（PCR-DGGE）技術(shù)
        1.6.3 高通量測(cè)序（High-throughput sequencing technology）技術(shù)
        1.6.4 實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)
    1.7 古菌研究概況
        1.7.1 產(chǎn)甲烷菌研究概況
        1.7.2 氨氧化古菌（AOA）研究概況
    1.8 本研究的目的、思路和意義
第二章 實(shí)驗(yàn)材料與方法
    2.1 材料
        2.1.1 供試土樣
        2.1.2 試劑與儀器
    2.2 方法
        2.2.1 土壤宏基因組DNA的提取
        2.2.2 土壤含水率的檢測(cè)
        2.2.3 紅壤稻田古菌PCR擴(kuò)增條件
        2.2.4 DGGE實(shí)驗(yàn)條件
        2.2.5 DGGE條帶回收、鑒定
        2.2.6 古菌16S rRNA基因V3-V6 可變區(qū)高通量測(cè)序及優(yōu)質(zhì)序列的獲取
        2.2.7 古菌OTU聚類及注釋
        2.2.8 三類產(chǎn)甲烷古菌定量PCR實(shí)驗(yàn)條件
        2.2.9 定量PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線的制備
        2.2.10 統(tǒng)計(jì)分析
第三章 結(jié)果與討論
    3.1 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
V5 可變區(qū)DNA擴(kuò)增結(jié)果">        3.1.1 古菌16S rRNA V4^V5 可變區(qū)DNA擴(kuò)增結(jié)果
        3.1.2 Gel Red等不同核酸染料DGGE凝膠染色比較
        3.1.3 紅壤稻田古菌DGGE多樣性分析及條帶回收
        3.1.4 高通量測(cè)序獲得序列數(shù)統(tǒng)計(jì)
        3.1.5 紅壤古菌各分類水平注釋結(jié)果
        3.1.6 紅壤古菌多樣性變化分析
        3.1.7 定量PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線制備
        3.1.8 紅壤稻田產(chǎn)甲烷菌在不同水稻種植期定量PCR研究
    3.2 結(jié)論
第四章 結(jié)束語(yǔ)
    4.1 主要工作與創(chuàng)新點(diǎn)
    4.2 后續(xù)研究工作
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀碩士學(xué)位期間已發(fā)表或錄用的論文



本文編號(hào)：2919332